COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大

COBALT是一个蛋白的多序列 比对工具，其实用法跟ClustalW 是很像的。算法应该是不一样的。在我看来，COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多序列比对 的同时，也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成系统进化树 。COBALT算是NCBI 在线Blast功能的一个的延伸。

COBALT的用法与结果分析

进入COBALT的界面，跟Blast的界面是相似的，比较简单，也是用Fasta 格式的序列，这里就不多讲了。在最下面”Advanced parameters”也可以设置比对的参数，一般来讲，默认的参数是保证结果质量和比对速度最优化的参数，乱改的话反而会使比对的性能下降。

从COBALT序列比对的结果，可以看出其中有条序列(XP_511495)跟其它序列的差别很大，使整个比对的结果多了好多Gap，并且打断了可能的蛋白结构域。XP_511495是一个预测的序列，这样的序列对序列比对是没有任何参考作用的，反而对比对的结果造成影响。

COBALT另一个好的功能就是可以把不好的序列去掉再重新比对，把XP_511495前面的勾去掉，然后点击Re-align，这样多次的筛选与比对，才能达到精确的结果。

从NCBI 在线Blast结果运行COBALT

另外，也可以从在线Blast运行后的结果中再接着运行COBALT，这样子可以更容易地收集同源蛋白。例如以人的参考序列NP_000939为例做Blastp找bony fishes的同源蛋白，参数选择如下：Database = Reference proteins (refseq_protein); Organism = bony fishes; Entrez query = srcdb RefSeq known[properties]; Expect threshold = 1e-6。点击“Multiple alignment”就链接到COBALT接着做多序列比对 。

生成系统进化树

Blast的结果跟COBALT的结果都是可以直接生成系统进化树的，点击“Phylogenetic tree”就能显示进化树。

重新找回COBALT运行的结果

COBALT运行的结果会生成一个Cobalt RID值，并且这个结果会在NCBI保存36个小时，如果在这段时间，你需要重新看回这个结果，你可以根据这个Cobalt RID找回COBALT运行的结果。保存的结果页面在COBALT页面最顶端的左边，点击”Recent Results”进入。

总结与COBALT接下来的改进方向

COBALT是一个新的蛋折分析工具，是对Blast的一个补充。COBALT接下来需要改进的是，可以重新设定和下载比对结果的格式。

参考文献：Papadopoulos JS and Agarwala R, Bioinformatics 23:1073-79, 2007 (PMID: 17332019)