序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南
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这几天实验需要做多序列比对,很久不做了,一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。在网上搜集了一些资料,做个整理,总结了Clustalx和Clustalw的使用,省得以后久不使用又生疏了,又要去整理了,在此分享给大家,希望有所帮助。
1.先提供下载地址:
Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到,包括linux、Win、Mac...
<center> </center>2.原理:序列同源性分析:
是将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物种 的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等;
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具,由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本,包括linux版,DOS版的clustlw,clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法,先将多个序列两两比对构建距离矩阵,反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化 指导树,对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始,逐步引入临近的序列并不断重新构建比对,直到所有序列都被加入为止。
3.操作
3.1 Clustalx的操作
第一步:输入序列文件。
<center> </center>第二步:设定比对的一些参数。
<center> </center>参数设定窗口。
<center> </center>第三步:开始序列比对。
<center> </center> <center> &NBS p;</center> <center> </center>第四步:比对完成,选择保存结果文件的格式
<center> </center> <center> </center>--------------------------------------------
3.2 Clustalw的使用(一)
第一步:按屏幕提示选择1,输入序列文件
注意:请把你需要比对的多条序列合并为一条,放在一个文件中
<center> <img alt="序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/08/27/A1377591172.jpg" /></center>第二步:选择保存文件的形式,按提示选择,你会的!
第三步:参数设置好后,按Enter返回主界面,开始比对!
<center> <img alt="序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/08/27/A1377591175.jpg" /></center>