蛋白质相互作用网络分析软件
互联网
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一、Osprey
作者： Bobby-Joe Breitkreutz, Chris Stark, Mike Tyers
编程语言：Java
操作平台：Window2000/xp/9x; Linux,Unix;
介绍：a network visualization system. A software platform called Osprey has been developed for visualization and manipulation of complex interaction networks. (一个相互作用网络的可视化系统)
这个软件是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，其中的Chris Stark, Mike Tyers 都是在蛋白质组研究中的大牛人，这个Osprey的软件平台目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。我们知道在研究一个基因及其表达产物-蛋白质的功能时，绝对不可以孤立的、静止地研究其本身，一定要同时研究和它有相互作用的一些蛋白质/核酸，这就是蛋白质相互作用谱(protein interaction profile) 产生的由来！这个和蛋白质表达谱一样，会给研究者提供大量的功能信息！例如：蛋白质A(pA)和pB,pC,pD有紧密的相互作用，即相互作用谱一致，那么如果pB,pC,pD的功能是和mRNA转录相关的话，pA的功能也和此功能相关! 这是一个很好的功能预测的方法。在研究功能的战友一定要试一试！
软件本身和自己的两个数据库整合在一起，(BIND,GRID)数据较全，功能全面，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接，使用户很方便。其中的GRID为Stanfor Universtiy定为默认的查询库！
功能：蛋白质相互作用网络的可视化系统，可以查询,添加自己的数据
优势：界面友好，功能全面，和数据库整合较好
数据库：有关数据库会有专题介绍
BIND:The Biomolecular Interaction Network Database
GRID: General Repository for Interaction Datasets
参考文献：Osprey: a network visualization system Bobby-Joe Breitkreutz1, 2, Chris Stark1, 2 and Mike Tyers1
1Address: Samuel Lunenfeld Research Institute, Mount Sinai Hospital, University Avenue, Toronto, M5G 1X5, Canada
Genome Biology 2003 4(3):R22 Correspondence: Mike Tyers. E-mail: tyers@mshri.on.ca
二、PIN
作者：Shiwei Sun, et al.
开发语言：Java
介绍：a bioinformatics software package to visualize the protein's interaction and function annotations. The software allows the user to search for information on putative protein interactions and function classes identified by our algorithm or reported in the literature. Yeast protein interaction datasets are included in the software package-PIN(for win9x/2000):
数据：Datasets:
Quasi-clique datasets: download
Quasi-bipartite datasets: download
文献参考：Topological Analysis Results of protein-protein Interaction Networks in yeast, Nucl. Acids. Res. 2003 31: 2443-2450 |
三、pajek
介绍：Program for Large Network Analysis
这是一个专业的大型网络分析软件，它不仅仅可以分析蛋白质相互作用网络，什么pathway，代谢网络都可以用它试一试，只要你的数据复合他的格式就行！
优势：程序中内含多种高级分析方法(算法)，如cluster,vector,hierarchy等
缺点：不是专门为生物、医学研究设计的，所以对数据库支持很差
文献参考：An improved version of the paper presented at Sunbelt'97 was published in Connections 21(1998)2, 47-57 - V. Batagelj, A. Mrvar: Pajek - Program for Large Network Analysis (PDF; PRISON.KIN).
四、InterViewer
作者：B.-H. Ju, B. Park, J. H. Park, and K. Han
介绍：运行速度快，界面良好，支持数据库查询，支持多种数据格式！
Support dividing a graph by the distance from a current node
Support coloring a graph
Implement a new layout algorithm
Support find subset (find subset of graph by template)
Support union graph (by index or label)
文献参考：B.-H. Ju, B. Park, J. H. Park, and K. Han, Visualization and Analysis of Protein Interactions, Bioinformatics, Vol. 19, 317-318, 2003.
五、VGJ Graph Drawing Tool
作者：Dr. Carolyn McCreary Larry Barowski, Jon Fouss, Shawn Stutzman
开发语言：Java, Java Applet
介绍：此软件包是个专业layout软件，但是界面良好，支持多种数据格式！所以用来layout相互作用网络还是不错的，可以画tree,CDG,其中的spring(弹簧平衡)算法很有意思,支持有向图分析！有Java Applet(基于浏览器的Java小程序)和Java application（Java运行程序)，都有源代码，学习Java编程的战友可以研究研究！
文献参考：N/A
