siRNA Oligo设计原则

1． 希望软件可以在 web 上使用。 即用户可以访问我们的网站， 输入基因代码， 即可自行在网上设计 siRNA Oligo 。

2． 可参照的软件形式.

3． 希望能就每一个所指定的基因找到至少四对以上可合成的双链 RNA oligo 。

4． 软件设计中的几个关键步骤如下：

A ． 进入 Gene Bank 调出指定基因序列；

B ． 根据特定的一些规则选出一个基因片段；

C ． 再根据一些规则写出正义和反义两段各 21 个碱基的序列；

D ． 最后通过反转，替代，空格得出最后结果。

具体设计原则：

1． 在所选基因的启动子后 50-100 个碱基自 5’- 端开始

2． 寻找基因序列中的 23 个碱基， 最好是 5 ‘ - AA （ N 19 ） TT -3’ （ N 是任何碱基）

3． 如果找不到四个以上 AA （ N 19 ） TT ，则用 AA （ N 21 ）补足。

4． 如果 找不到四个以上 AA （ N 21 ）， 则用 NA （ N 21 ）补足。

5． 所选定序列中， G 和 C 的数目的总和在总数（ 23 ）的 35-55%.

6． 满足以上 1-5 项要求的片段数目如果不足四个，将 G 和 C 的数目的总和放宽至总数（ 23 ）的 30-70%.

7． 选好上述序列后，以此确定所需合成双链 RNA oligo 的序列如下：

8． 正义序列 （ N 19 ） TT 与上述选定的 23 个碱基序列中的第 3-23 个碱基相同

9． 反义 序列的 3’----5’ 的序列与目标序列中的第 1-21 个碱基互补， 即 A 变成 T ， C 变成 G ， T 变成 A ， G 变成 C 。

10． 将反义 序列 3’----5’ 改写成 5’----3’。

11． 将最后所得序列中除 3’- 末端的两个 碱基之外的所有碱基中的 T 都用 U 来替代。 最后每三个组成一个字节，中间断开。

12． 将所选定的正义 序列和反 义 序列与 gene bank 中已知同物种的基因序列进行比较，确定其唯一性（ B LAST ）。

13． 上述 7-10 项可见如下例子：

假如通过 1-5 项的条件选出的一段 23 个碱基的序列是

5’- AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

正义序列就应该是： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

反义 序列就应该是 : 3’- TTCGATCAGTACCGGTAACTG -5’

反转处理后即得：

正义序列： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’

反义 序列： 5’- GTCAATGGCCATGACTAGCTT -3’

U 替代 T 以后得到：

正义序列： 5’- GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT - 3’

反义 序列： 5’- GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT -3’

段开字节后最后得到：

正义序列： 5’- GCU AGU CAU GGC CAU UGA CTT - 3’

反义 序列： 5’- GUC AAU GGC CAU GAC UAG CTT -3’