【原创】popgene文件格式输入的简单教程-高手就不必看了

为了突破0，今天上来贡献点，小生最近在做分子标记的分析，用popgene做种群的聚类分析，想必做过popgene的都知道分析挺简单的，就是popgene文件要求的格式输入比较严重，有一点不对，就算不了，闲言少述，下面我将自己的经验全盘奉上：

1.dominant Marker

例如:AFLP、ISSR、RAPD这些标记都属于此类，在数据输入中，表头的格式都是固定的，如：
~undefinedAFLP dipiolad populationundefined/
number of populations=3
number of loci=216
locus name:

r1 r2 r3 r4 r5 r6 r7 r8
locus name:下面输入loci名称，接下来才是关键。空一行，输入“name = ”即你第一个群的名称。接着按照如下规则来输入数据：行代表种群中的个本在位占上的扩增，有带记为1，无为0，无值用“.”代替。一个样品一行；列代表扩增的位点。只要按照这个方法输入你会发现很简单了输数据最快捷的方式就是借用EXCEL中的“选择性粘贴”中的“转置”，你选好样品的01矩阵后copy到新的excel中，右击出现选择性粘贴的选项。接下来的分析你只要按说明进行即可。

2.con-dominant Marker

例如：SSR标记，在此处与dominant Marker不同之处就是数据用基因型来代替。如一个loci有4个alleles,只需将四个alleles按从小到大的顺序排列，分别用A,B,C,D四个字母来替代。这样loci的扩增则表示为AA、BB、AB、BD等，相同字母为纯合子，不同即为杂合子，无扩增则用“..”表示。例如：

~undefinedSSR dipiolad populationundefined/
number of populations=1
number of loci=4
locus name:
XHPRBT SRY AMEL X22

CC AA AC AA
AC AA AC AA
AD AA BC ..
注：以上分析均只用于Diploid,Haploid我还不会，还请高手们不奢赐教！附上中英文说明，对照着看理解会更深些Good Luck ！