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间接原位PCR(原位杂交PCR)

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与直接原位PCR所不同的是,靶基因在扩增时不进行标记基团的掺入,而是标记一段与扩增片段互补的探针,在扩增结束后,应用此探针进行原位杂交。因此,此处主要介绍原位杂交,其余方法同原位PCR。

一、预杂交

1. 试剂与配制

2×SSC

50%去离子甲酰胺:用4×SSC配制(v/v)

预杂交液:2×SSC,5%硫酸葡聚糖,50%甲酰胺,0.2%脱脂奶粉

2. 操作方法

① 在进行完原位PCR扩增后,用2×SSC预浸经乙醇脱水、空气干燥的玻片,并简洗15min;

② 用50%去离子甲酰胺37℃孵育15min;

③加预杂交液20μl/片,在杂交温度下孵育30min~2hr。

二、杂交

1. 试剂与配制

杂交液:50%去离子甲酰胺,5×SSC,10%硫酸葡聚糖,5×Denhardt’s 液,2%SDS,10mg/ml变性的鲑鱼精DNA

2. 操作方法

① 弃预杂交液,加杂交液(含0.2~5μg/ml探针)10~20μl/片,覆盖经硅化的盖玻片,石蜡膜封片或橡皮泥封片;

② 玻片置于湿盒中,42℃杂交12~18hr(过夜,但不能超过24hr)。

2. 注意事项

① 如果检测mRNA,双链探针应变性处理,方法是95~100℃加热10min后迅速置于冰中骤冷;

② 以单链探针检测DNA时,DNA也需变性处理,将玻片置于70~80℃变性液(70%去离子甲酰胺,即甲酰胺/2×SSC,v/v)中10min;

③ 用双链探针检测DNA时,可按上述方法变性处理。

三、杂交后处理

1. 试剂与配制

2×SSC

Rnase(20μg/ml)

50%去离子甲酰胺

10mmol/L DTT

2. 操作方法

① 杂交完毕,用2×SSC浸泡玻片数分钟,轻轻移去盖玻片,再用2×SSC洗玻片1~2min;

② 2×SSC(含20μg/ml RNase,适宜RNA探针,DNA探针可省略此步)中洗片30min,37℃;

③ 2×SSC/50%去离子甲酰胺,42℃×10min;

④1×SSC/50%去离子甲酰胺,37℃×30min,2次;

⑤ 4×SSC/10mmol/L DTT洗1hr;

⑥ 0.1×SSC洗2次,每次37℃×30min;

⑦ PBS中洗10min,即可进行显色,方法同上。

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