无毒核酸染料之DuRed

DuRed核酸染料特点

● 无毒性：DuRed 独特的油性和大分子量特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内，艾姆斯氏试验结果也表明，该染料的诱变性远远小于EB。

● 灵敏度高：适用于各种大小片段的电泳染色，对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。

● 稳定性高： 适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶；室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定，耐光性强。

● 信噪比高：样品荧光信号强，背景信号低。

● 操作简单：与 EB 一样，在预制胶和电泳过程中染料不降解；而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗 ，即可直接用紫外凝胶透射仪观察。

● 适用范围广：可选择电泳前染色（胶染法）或电泳后染色（泡染法）；适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳；可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。

● 与EB有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置：标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用，使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可，在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。但是DuRed不能被488 nm氩离子激光器或相似波长的可见光完全激发，因此不推荐使用此类激发装置的成像系统。对于此类装置，我们推荐您使用DuGreen（Cat# 011或012），它和SYBR Green I的光谱相似，灵敏度相当，但更加稳定。

DuRed使用方法简介

1．胶染法（用法同EB）（推荐方法）

（1） 制胶时加入DuRed 核酸染料（例如：每50mL 琼脂糖溶液中加入5μL DuRed 10,000× 储液，

以此比例类推）。

（2） 按照常规方法进行电泳。

注意事项：

♦ 此方法染色染料用量相对较少。500 μL染料大约可以做100块 50mL的胶。

♦ 由于DuRed具有良好的热稳定性，可以在热的琼脂糖溶液中直接添加，而不需要等待溶液冷却。摇晃，振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将DuRed储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中，然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。DuRed兼容所有常用的电泳缓冲溶液。

♦ 如果总是看到条带弥散或分离不理想，建议使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在，则说明问题与染料无关，请尝试：降低琼脂糖浓度；选用更长的凝胶；延长凝胶时间以保证边缘清晰；改进上样技巧或选择泡染法染色。

♦ 此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶，对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。

2．泡染法

（1） 按照常规方法进行电泳。

（2） 用H2O将DuRed 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl中，制成3× 染色液。（例如将15μL DuRed 10,000× 储液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中）。

（3） 将凝胶小心地放入合适的容器中，如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3× 染色液浸没凝胶。室温振荡染色30min左右，最佳染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5～10％丙烯酰胺的凝胶，染色时间通常介于30min到1h，并随丙烯酰胺含量增加而延长。

注意事项：

♦ 用泡染法染色时，染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右。

♦ 3× DuRed染色液可以大量制备，在室温下避光保存直至用完。

几种核酸染料比较

名称	灵敏度	稳定性	对DNA迁移的影响	安全性	适用性
DuRed	高	高	条带不弯曲，DNA片段不迁移	是一种独特的油性大分子，不易挥发升华，不易吸入人体，不能穿透细胞膜进入活体细胞内，安全无毒。 艾姆斯氏测试结果表明，DuRed在凝胶染色浓度下完全没有诱变性，因此完全没有致癌毒性。	通用大小片段电泳染色，与EB有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置。标准的EB滤光片或SYBR滤光片都适用，使用普通紫外凝胶透射仪观察即可，在300nm紫外光附近可得到最佳激发。
DuGreen	高	高	条带不弯曲，DNA片段不迁移	①  是一种独特的油性大分子，不易挥发升华，不易吸入人体，不能穿透细胞膜进入活体细胞内，安全无毒。 ②  艾姆斯氏测试结果表明，DuGreen在凝胶染色浓度下完全没有诱变性，因此完全没有致癌毒性。	通用大小片段电泳染色，适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。
SYBR Green I	高	低	染料浓度较高时，条带容易弯曲，DNA片段迁移的现象明显	属花箐染料，能透过细胞膜进入活体细胞内，但容易生物降解，不会在体内残留，安全无毒。	100bp以上电泳染色，适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。
EB	低	高	条带不弯曲，DNA片段不迁移	①  分子量小，易挥发升华，易吸入人体，不易生物降解，在体内长期残留。 ②  艾姆斯氏测试结果表明，EB容易引起有机体突变，是一种强诱变剂，具有高致癌性。	100bp以上电泳染色，背景荧光信号高；使用普通紫外凝胶透射仪观察。
Goldview	低	高	条带不弯曲，DNA片段不迁移	①  主要成分为吖啶橙，是一种煤焦油提取物，具有高毒，致癌，高诱变性。 ②  易挥发升华，易吸入人体，能穿透细胞膜进入活体细胞内，不易生物降解，在体内长期残留。	100bp以上电泳染色，背景荧光信号高；适用于使用254nm激发的紫外凝胶透射仪或可见光凝胶透射仪观察。

特别提醒：

♦ 如果您使用的是紫外成像仪，请选择DuRed；如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测，请选择 DuGreen。

♦ 在极少数情况下，质粒经某些酶切后的DNA样品会出现拖尾和分辨率降低，此时建议同时尝试两种染色方法以决定哪种方法更加合适。