SDS-PAGE失败实例及分析第五期——混杂因素

接上一期 SDS-PAGE失败实例及分析第四期—— 条带仅在凝胶顶部，本期就来讲讲由于条带仅在凝胶顶部，而在产生的问题

扭曲的条带

有这个问题的凝胶在整个“失误大全”中到处可见。这是由于分离胶的表面不平所造成的，因此当样品浓缩之后所有的条带都变扭曲的形状。

扭曲的条带也可以见于电场的不均一，但是这种条带的扭曲应该是对称的。

加样孔不成形

当样品溢出至邻近加样孔，你就会观察到横贯几个孔的连续的蛋白条带（箭头所示）。事实上，这种情况通常发生在加样孔深度不够或者样品不慎漏至加样孔外。

此外，我们也很可能用陈旧的上样缓冲液。使用Cleland试剂（DTT）的好处就是它可以减少二硫键的形成但是却没有二巯基乙醇的难闻。但是二巯基乙醇却要稳定得多。二硫键将各个单独的多肽链接在一起并在非变性条件下维持一些蛋白的折叠状态。这可以造成某些蛋白泳动异常。

高密度胶

这块胶明显是非正确聚合的。聚丙烯酰胺的密度相当高以至于只有少数小分子蛋白可以进入分离胶。条带也由于上样量过大发生扭曲，事实上大多数凝胶在超过一个合理的浓度范围之后都不能均匀的聚合。

破碎胶

这个结果可能非常令人沮丧。你做了一个非常好的实验，但是在处理凝胶的时候却发生了破裂。记住如果你收集了足够多的碎片这块胶仍然是可以用的。

电场效应

在一定程度上来说这个现象是正常的，只是在这里电场被夸大了。两块挡板在凝胶边缘处干扰了电场，因此这种拉力使得样品的靠近边缘的一端被加强，结果就产生了这种“皱眉效应”。

可能某些条带会出现“微笑现象”，但是只要整块胶都有蛋白条带，则肯定是皱眉的形状。我猜如果把你浸在蓝色染料中然后拉着你在电场中跑，你也一定会皱眉的。

 

感谢战友：lee800265   ；原文见：丁香园论坛 蛋白质和糖学技术讨论版