第八章：常用引物设计工具大集合

Oligo 6

作为目前最好、最为专业的引物设计软件，Oligo 的功能很强大，他主要功能有：普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估「引物对」质量的功能。

如何使用Oligo6 请参看：「两分钟教你学会 Oligo 7」

BLAST

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或 DNA 数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST 程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

不仅如此，BLAST 还可以衍生出许多其他用途，但都是建立在找到相似性序列（片段）的基础上的。

BLAST 的基本使用教程请参看，「BLAST 新手基本使用教程及结果解读」。

如何利用 BLAST 进行引物设计，请点击：「这里」

Primer3

Primer3 是一款使用最为广泛的引物设计软件，鉴于其的开源性和更新速度快，目前已被

Beacon Designer 7.0

Beacon Designer 7.0 是 PREMIER 生物软件公司研发的一种实时 PCR 引物和探针设计 软件，可以设计分子信标和 TaqMan 探针，所设计的探针可用于多元和等位基因鉴定实验。

该软件可以用来设计带有适宜长度的茎的信标探针，可以自动调整至理想的二值，检测与 扩增引物间形成的交叉二聚体，因而可防止多元反应之间的竞争。该程序还可推测二级结构和相互杂交，以保证足够强的信号。

发夹结构的 Tm 值采用高精度的 Mfold 运算法则计算。 此外，还可以设计野生型和突变体信标探针，用于研究基因型。该软件在 Windows 和 Macinosh 操作系统中均可使用。

Primer Express 3. 0

Primer Express 3.0 是 Applied Biosystem 研发的基于 NT 的寡核苷酸设计程序，用于支持 Applied Biosystem PCR 和 Sequence Detection System 设备，该软件可以设计标准的 DNAPCR 引物、RT-PCR 引物、嵌套 PCR 引物、等位基因特异引物、多元 PCR 引物和随 TaqMan 探针使用的 DNAPCR 引物。

该软件带有引物检验系统，可以基于：Tm 值、二级结 构和形成引物二聚体的可能性对初步设计的引物进行检验。利用该软件还可以进行引物 注释。

Primer Express 3.0 还可以设计 TaqMan MGB 探针和 TaqMan 探针，可以设计用于单 一序列和多序列（最多可达 48 个）的探针，该程序在 Windows 和 Macinosh 操作系统中均 可使用。

中文使用教程见：「丁香文档」

Primer Premier 5

Primer Premier 5 是 PREMIER 生物软件公司整合多重序列比对和引物设计功能而研发 的一套程序，以设计近源种引物。该程序采用了一套具有版权的运算法则推演出一致性较少区域并在目的序列保守性最髙区设计引物。一个基因家族的一致性较少序列的等位基因特异 性引物可以绘图方式设计。

Primer Premiers 提供了一套全面的引物设计方案，可以自动设计也可以手动设计，多 元和嵌套 PCR 引物设计可保证不形成交叉同源序列。检索结果可以保存在内在的数据库中， 且能提供引物的合成顺序形式以方便定购。该软件在 Windows 和 Macinosh 操作系统中均可使用。

中文实验教程见：「丁香文档」

Primer Designer-M

Primer Designer-M 可辅助设计测序引物、PCR 引物和寡核苷酸探针。该程序可以阅读 GenBank、EMBL、FASTA 或 Clone Manager 格式文件和 ASC II 纯文本形式的序列数据 文件，而且可以将引物检索信息保存在内在的数据库中，然后用与其成一体的整套最近邻参 数（SantaLiida 1998) 估算引物 Tm 值。

引物设计地址：http://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/PRIMER_DESIGN/primer_design.html

以下是一些商用的real-time PCR 引物设计软件及其地址

名称	地址
ABI PRISM Primer Express	http: //www.lifetechnologies.com/order/catalog/ product/4363993?ICID=search-product
AlignMiner	http://www.scbi.uma.es/alignminer/
ConservedPrimers 2.0	http:/ /probes.pw.usda.gov/ConservedPrimers/
EasyExonPrimer	http://129.43.22.27/~primer/EasyExonPrimer.html
EcoPrimer	http: //www.grenoble .prabi .fr/trac /ecoPrimers
DATFAP	http:/ / cgi-www.daimi .au.dk/cgi-chili/datfap/frontdoor.py
DFold	http://dfold.cgb.ki.se/
Gemi	http: //sourceforge .net/projects /gemi /
GETPrime	http://updeplalsrvlxpfl.ch/getprirne/
Java Web Tools	http://primerdigital.com/tools/
MultiPriDe (Multiple Primer Design)	Available upon request to aziesel@emory.edu
OLIGO 7	http://www.oligo.net/
PerlPrimer	http://perlprimer.sourceforge .net/
PRaTo	http://prato.daapv.unipd.it/
Primer3	http://biotools.umassmed.edu/bioapps/primer3_www.cgi
Primer3Plus	http://primer3plus.com
Primer3web	http: / / primer3 .wi .mit.edu http: //bioinfo .ut_ee/primer3/
PrimerBank	http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
Primer-Blast	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primerblast/index.  cgi>LINK_LOC=BlastHomeAd
PrimerCE	http://tch.hd3auxdu.cn/sl1engm/download/down.html
PrimerDesign	http://www.hiv.lanl.gov/tools/primer/main
PUNS (Primer-UniGene Selectivity)	http://okeylabimac.med.utoronto.ca/PUNS
RTPrimerDB	http://me dgen. ugen t. be /r tprimerdb/
QPrimerDepot	http://primerdepot.nci.nih.gov/ http: //mouseprimerdepot. nci .nih.gov/
QuantPrime	http://www.quantprime.de/
RASE	http://designs.lgfus.ca/cgi-bin/bsp_designs/index.pl
TOPSI	http://www.bhsai.org/downloads/topsi.tar.gz

 

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