二维凝胶的定量分析
丁香园
1296
1. 前言
揭示在不同生理、发育或遗传法则背景下发挥不同生物功能的蛋白质量的变化是比较蛋白质组学研究的重要内容。大多数研究基于对蛋白考马斯亮蓝或银染二维凝胶电泳的比较。尽管人类双眼对凝胶上的点有很强的分辨能力，大部分预期蛋白质的变化可以定量，但这种用于定量评估的方法仍显得相对粗糙。不能顾及到超过二或三倍强度的种类 ，甚至若没有可以揭示多个凝胶中有统计意义上差异的软件帮助，连简单的实验设计也不可能。目前已经开发出了用于检测、定量和匹配相应蛋白质点的几个软件。本章的主要目的不是对比不同软件产品，而是将注意力集中在不同蛋白点的图像采集和实验设计上，因为获得髙质量的数据和设计出不同程序进行初步数据分析，才是我们需要关心的。尽管多数二维凝胶专用软件提供有统计分析工具，但比平常的统计软件包有更多的限制，在此不作详细解释。事实上，一旦蛋白质点已正确量化和匹配，对它们可以像分析任何其他变量一样进行分析，并且有必要用像 SAS 或 R 统计软件包提供的多重功能进行分析。
揭示在不同生理、发育或遗传法则背景下发挥不同生物功能的蛋白质量的变化是比较蛋白质组学研究的重要内容。大多数研究基于对蛋白考马斯亮蓝或银染二维凝胶电泳的比较。尽管人类双眼对凝胶上的点有很强的分辨能力，大部分预期蛋白质的变化可以定量，但这种用于定量评估的方法仍显得相对粗糙。不能顾及到超过二或三倍强度的种类 ，甚至若没有可以揭示多个凝胶中有统计意义上差异的软件帮助，连简单的实验设计也不可能。目前已经开发出了用于检测、定量和匹配相应蛋白质点的几个软件。本章的主要目的不是对比不同软件产品，而是将注意力集中在不同蛋白点的图像采集和实验设计上，因为获得髙质量的数据和设计出不同程序进行初步数据分析，才是我们需要关心的。尽管多数二维凝胶专用软件提供有统计分析工具，但比平常的统计软件包有更多的限制，在此不作详细解释。事实上，一旦蛋白质点已正确量化和匹配，对它们可以像分析任何其他变量一样进行分析，并且有必要用像 SAS 或 R 统计软件包提供的多重功能进行分析。
