【共享】测序峰图的高通量分析软件介绍一 Mutation Surveyor

Mutation Surveyor

Mutation Surveyor 是美国Softgenetics公司和中国华生恒业科技有限公司联合开发的Mutation/SNP检测软件，用来实现高通量(high-throughput)，高灵敏度(sensitivity)和准确率(accuracy)的DNA突变/SNP检测。

目前已被全世界数百家知名机构使用(国外著名专家对Mutation Surveyor的评价和意见)，在不到一年的时间内，分别在 Sciences 和 Nature 已经出现了五篇文章报告应用MutationSurveyor（或MutationExplorer）研究 DNA 碱基突变的成果。

Mutation Surveyor在突变检测领域运用了两项世界首创的技术：

a)反相关曲线技术：该技术的运用使软件摆脱了传统突变检测软件对DNA碱基序列读取步骤(base calls)的依赖，Mutation Surveyor直接点对点地对比待测序列(sample sequences)和参考序列(reference sequences)的DNA测序曲线(traces)，产生反相关曲线，在比较待测DNA序列和标准参考序列时，使用5个不同参数作为突变判断标准。

反相关曲线技术可以有效排除背景噪音的干扰，并对不同DNA测序仪产生的DNA测序曲线都可以准确分析。

b)准确识别插入/缺失杂合子突变（heterozygous indels）：heterozygous indels突变的分析判断对于所有mutation检测软件来说都是一个挑战。Mutation Surveyor成功解决了这一世界性难题。

也许您遇到过这样一种情况，在做突变检测的样本序列中，序列5’端一部分测序质量不错，然而从某一位置开始，测序峰图突然变的凌乱，而base call结果中含有大量错误信息或者N; 如果用一般的突变检测软件分析，该序列会产生多个假阳性突变。

您可能会认为这是测序质量过差而抛弃这个结果，且慢，也许这就是一个heterozygous indels突变，即DNA双链中其中一条有一个或多个碱基的插入或缺失，造成其后面的序列峰形交错，无法读取。

Mutation Surveyor会帮您找出其中真相，乱峰被软件经过反相关处理后，将露出本来面目，野生型序列和插入/缺失突变型序列分别依次给出，可以看到突变型序列由于插入或缺失引起序列偏移，偏移的位数即插入碱基的个数。对比两种类型的序列，我们可以清晰看到突变碱基的峰形。

高敏感度

Mutation Surveyor对双向测序的结果分析十分精确，具有极高的敏感度(sensitivity)(>99.9%)，即使对单向测序结果敏感度也达到96%以上。软件对杂合子突变的分析判断更有独到之处，对杂合峰高度大于主峰5%的杂合突变都可以检出。用户从反相关曲线的峰形可以轻松得到突变位置及突变的各项参数。

各种突变结果显示

按DNA双链变异一致性，基因变异可以分为纯合子突变(homozygous)、杂合子突变(heterozygous)；按变异类型可分为插入突变(insertion)，缺失突变(deletion)和碱基置换(substitution)，可以从DNA序列图谱上看出。

高通量分析

Mutation Surveyor既适合分析小样本测序结果，也适合进行高通量分析。软件可一次性同步分析≥400条序列，并且支持先设定组别，自动分组处理任意数量的序列。您只需根据软件提示进行简单设定，剩下的由软件自动处理。

结果报告

Surveyor以3种简明的格式报告分析结果：

1． 按照正向和逆转的序列对

2． 按照所有样本的全局分析

3． 单个样本分析

每种格式都被链接显示到电子影像分析图(electropherograms)中快速确认发现结果。

报告和electropherogram是链接的，electropherograms从上到下包括：正向的参照文件(reference)曲线，正向的样本文件(sample)曲线，正向的突变曲线，反向的参照文件(reference)曲线，反向的样本文件(sample)曲线以及反向的突变曲线。突变以尖峰的形式在正反突变曲线中清晰地表示出。

用户可以选择打印所用的样本也可以选择仅打印发生了突变的样本。

所有的数据能够容易的输出到LIMS系统或者电子数据表中。

Mutation Surveyor利用我们独特的数据压缩技术，以减少存储空间，把所有文件存为一个工程文件。

易用性，用户界面友好

软件充分考虑到功能的复杂性和操作的容易性的统一，虽然在内部通过复杂计算实现其分析功能，但是界面简单易用，适合生物学家及一般研究人员使用。