【讨论】microRNA抑制策略----抛砖引玉！
丁香园论坛
10593
microRNA功能研究策略
最近查了点关于miR功能（抑制）研究方面的文献，先说两句，抛砖引玉吧！
1.细胞或在体水平应用AMO抑制miR功能。这是人工合成一段与成熟miR互补的序列与其结合，抑制其作用。优点：作用明确；操作简单。缺点：作用时间有待延长。
2.基于转基因的KD：优点：作用稳定。可用于转基因动物。缺点：设计制作麻烦。
（1）“反义序列”的应用：利用慢病毒合成一段成熟miR互补序列，对目标miR进行抑制。作用相当于AMO。
（2）“海棉”的应用：将miR互补序列做成多个拷贝串联于特定启动子后，与miR靶序列竞争miR，对其起到抑制作用。
3.敲除的应用：这个大概比较难。除了对特定miR敲除，还有特异敲除Dicer等策略。
最近查了点关于miR功能（抑制）研究方面的文献，先说两句，抛砖引玉吧！
1.细胞或在体水平应用AMO抑制miR功能。这是人工合成一段与成熟miR互补的序列与其结合，抑制其作用。优点：作用明确；操作简单。缺点：作用时间有待延长。
2.基于转基因的KD：优点：作用稳定。可用于转基因动物。缺点：设计制作麻烦。
（1）“反义序列”的应用：利用慢病毒合成一段成熟miR互补序列，对目标miR进行抑制。作用相当于AMO。
（2）“海棉”的应用：将miR互补序列做成多个拷贝串联于特定启动子后，与miR靶序列竞争miR，对其起到抑制作用。
3.敲除的应用：这个大概比较难。除了对特定miR敲除，还有特异敲除Dicer等策略。
图解“海面”应用
相关的文献？？楼主能贴上来不？
今天又看了看，细胞水平做的还是很多的。希望大家多提意见！
[1] Michaela Scherr, Letizia Venturini, Karin Battmer,.Lentivirus-mediated antagomir expression for specific inhibition of miRNA function. Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 22 e149
[2] Bernhard Gentner, Giulia Schira,Alice Giustacchini,Stable knockdown of microRNA in vivo by lentiviral vectors. NATURE METHODS VOL.6,2009
[3] Margaret S Ebert, Joel R Neilson,Phillip A Sharp.MicroRNA sponges: competitive inhibitors of small RNAs in mammalian cells. NATURE METHODS VOL.4 NO.9,2007
[4] John Reich, Mark J. Snee, Paul M. Macdonald.miRNA-Dependent Translational Repression in the Drosophila Ovary.2009
[5] Sarah U. Morton, Paul J. Scherz, Kimberly R. Cordes.microRNA-138 modulates cardiac patterning during embryonic development.2008
[6]Lee YS, Kim HK, Chung S. Depletion of human micro-RNA miR-125b reveals that it is critical for the proliferation of differentiated cells but not for the down-regulation of putative targets during differentiation. J Biol Chem 2005;280:16635–16641.
[7]Zhao Y,Ransom JF,Li A,et al. Dysregulation of cardiogenesis, cardiac conduction, and cell cycle in mice lacking miRNA-1-2. Cell,2007,129(2):303～317
[8]van Rooij E,Sutherland LB,Qi X,et al. Control of stress-dependent cardiac growth and gene expression by a microRNA.Science,2007,316(5824):575～579
[1] Michaela Scherr, Letizia Venturini, Karin Battmer,.Lentivirus-mediated antagomir expression for specific inhibition of miRNA function. Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 22 e149
[2] Bernhard Gentner, Giulia Schira,Alice Giustacchini,Stable knockdown of microRNA in vivo by lentiviral vectors. NATURE METHODS VOL.6,2009
[3] Margaret S Ebert, Joel R Neilson,Phillip A Sharp.MicroRNA sponges: competitive inhibitors of small RNAs in mammalian cells. NATURE METHODS VOL.4 NO.9,2007
[4] John Reich, Mark J. Snee, Paul M. Macdonald.miRNA-Dependent Translational Repression in the Drosophila Ovary.2009
[5] Sarah U. Morton, Paul J. Scherz, Kimberly R. Cordes.microRNA-138 modulates cardiac patterning during embryonic development.2008
[6]Lee YS, Kim HK, Chung S. Depletion of human micro-RNA miR-125b reveals that it is critical for the proliferation of differentiated cells but not for the down-regulation of putative targets during differentiation. J Biol Chem 2005;280:16635–16641.
[7]Zhao Y,Ransom JF,Li A,et al. Dysregulation of cardiogenesis, cardiac conduction, and cell cycle in mice lacking miRNA-1-2. Cell,2007,129(2):303～317
[8]van Rooij E,Sutherland LB,Qi X,et al. Control of stress-dependent cardiac growth and gene expression by a microRNA.Science,2007,316(5824):575～579
推荐一篇不错的文章，但是叙述的是利用MicroRNA来抑制肿瘤发生的故事。
Endogenous human microRNAs that suppress breast cancer metastasis
Nature 451, 147-152, 2007
在癌细胞的治疗中，转移一直是一个棘手的问题，但是对于细胞何时转移以及由如何调控如此多转移相关分子表现，我们所知有限。当DNA经过转录后产生一系列的gene 或signatures。有些signatures在之前的研究中发现在某些肿瘤中其表现量较高， 可能与癌细胞的转移及较差的愈后有关联。MicroRNAs 被认为可能是调控癌细胞转移过程的上游分子之一，因为microRNAs可藉由后转录(posttranscriptional)的方式调控一连系列与转移相关的基因。MicoRNAs 一开始是在植物中发现的，但近来在动物中也发现了具功能的microRNAs，microRNA会与特定的mRNAs互补结合，造成mRNA被切掉或转译功能被抑制。
在Sohail F. Tavazoie的研究中发现了三个microRNAs: miR-335, miR-126, miR-206 在转移的癌细胞表现量较少。因些作者假设此三个microRNA可能可以抑制转移相关gene的mRNA表现.。作者将这三个microRNA分别送入易转移的breast cancer cell (LM2 cell line)中表现，发现会抑制癌细胞的转移到lung的数量，尤其以miR-335的抑制效果最明显。进一步探讨其机制: miR-335 透过与一些转移相关的基因: SOX4，extracellular matrix component tenascin C 等的3’UTRs 结合减少蛋白产生，达到抑制转移的目的。
本篇是第一个发现的确有microRNA是与抑制癌细胞转移有关。且在临床的检体中也证实此三个microRNA与病人的愈后有关联，也许未来可利用这些特殊的microRNA当做临床上的指标。
Endogenous human microRNAs that suppress breast cancer metastasis
Nature 451, 147-152, 2007
在癌细胞的治疗中，转移一直是一个棘手的问题，但是对于细胞何时转移以及由如何调控如此多转移相关分子表现，我们所知有限。当DNA经过转录后产生一系列的gene 或signatures。有些signatures在之前的研究中发现在某些肿瘤中其表现量较高， 可能与癌细胞的转移及较差的愈后有关联。MicroRNAs 被认为可能是调控癌细胞转移过程的上游分子之一，因为microRNAs可藉由后转录(posttranscriptional)的方式调控一连系列与转移相关的基因。MicoRNAs 一开始是在植物中发现的，但近来在动物中也发现了具功能的microRNAs，microRNA会与特定的mRNAs互补结合，造成mRNA被切掉或转译功能被抑制。
在Sohail F. Tavazoie的研究中发现了三个microRNAs: miR-335, miR-126, miR-206 在转移的癌细胞表现量较少。因些作者假设此三个microRNA可能可以抑制转移相关gene的mRNA表现.。作者将这三个microRNA分别送入易转移的breast cancer cell (LM2 cell line)中表现，发现会抑制癌细胞的转移到lung的数量，尤其以miR-335的抑制效果最明显。进一步探讨其机制: miR-335 透过与一些转移相关的基因: SOX4，extracellular matrix component tenascin C 等的3’UTRs 结合减少蛋白产生，达到抑制转移的目的。
本篇是第一个发现的确有microRNA是与抑制癌细胞转移有关。且在临床的检体中也证实此三个microRNA与病人的愈后有关联，也许未来可利用这些特殊的microRNA当做临床上的指标。
请教楼主：
在细菌中，利用microRNA策略抑制基因的表达或敲除基因，是否可行？？
最近，老板突发奇想用siRNA来沉默致病菌的毒力基因，看了些文献，只有siRNA调控机制方面的研究, 主动设计siRNA来敲除细菌的毒力基因似乎还没有报道，也许文献看的太少了。
望请楼主指教！
在细菌中，利用microRNA策略抑制基因的表达或敲除基因，是否可行？？
最近，老板突发奇想用siRNA来沉默致病菌的毒力基因，看了些文献，只有siRNA调控机制方面的研究, 主动设计siRNA来敲除细菌的毒力基因似乎还没有报道，也许文献看的太少了。
望请楼主指教！
peteryuanfeng wrote:
请教楼主：
在细菌中，利用microRNA策略抑制基因的表达或敲除基因，是否可行？？
最近，老板突发奇想用siRNA来沉默致病菌的毒力基因，看了些文献，只有siRNA调控机制方面的研究, 主动设计siRNA来敲除细菌的毒力基因似乎还没有报道，也许文献看的太少了。
望请楼主指教！
的确没有搜罗到什么文献。可以看看，microRNA抗病毒方面的研究，或者试试这个：
http://scholar.google.com/scholar?q=antimicrobial+and+microrna+and+bacteria&hl=zh-CN&newwindow=1
路得自己走 wrote:
今天又看了看，细胞水平做的还是很多的。希望大家多提意见！
[1] Michaela Scherr, Letizia Venturini, Karin Battmer,.Lentivirus-mediated antagomir expression for specific inhibition of miRNA function. Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 22 e149
[2] Bernhard Gentner, Giulia Schira,Alice Giustacchini,Stable knockdown of microRNA in vivo by lentiviral vectors. NATURE METHODS VOL.6,2009
[3] Margaret S Ebert, Joel R Neilson,Phillip A Sharp.MicroRNA sponges: competitive inhibitors of small RNAs in mammalian cells. NATURE METHODS VOL.4 NO.9,2007
[4] John Reich, Mark J. Snee, Paul M. Macdonald.miRNA-Dependent Translational Repression in the Drosophila Ovary.2009
[5] Sarah U. Morton, Paul J. Scherz, Kimberly R. Cordes.microRNA-138 modulates cardiac patterning during embryonic development.2008
[6]Lee YS, Kim HK, Chung S. Depletion of human micro-RNA miR-125b reveals that it is critical for the proliferation of differentiated cells but not for the down-regulation of putative targets during differentiation. J Biol Chem 2005;280:16635–16641.
[7]Zhao Y,Ransom JF,Li A,et al. Dysregulation of cardiogenesis, cardiac conduction, and cell cycle in mice lacking miRNA-1-2. Cell,2007,129(2):303～317
[8]van Rooij E,Sutherland LB,Qi X,et al. Control of stress-dependent cardiac growth and gene expression by a microRNA.Science,2007,316(5824):575～579
LZ能找到这些文章么，本人最近才接触小分子RNA的研究，迫切需要这方面的资料，方便的话请发lushengfeng2005@yahoo.com.cn，谢谢！
路得自己走 wrote:
microRNA功能研究策略
最近查了点关于miR功能（抑制）研究方面的文献，先说两句，抛砖引玉吧！
1.细胞或在体水平应用AMO抑制miR功能。这是人工合成一段与成熟miR互补的序列与其结合，抑制其作用。优点：作用明确；操作简单。缺点：作用时间有待延长。
2.基于转基因的KD：优点：作用稳定。可用于转基因动物。缺点：设计制作麻烦。
（1）“抑制序列”的应用：利用慢病毒合成一段成熟miR互补序列，对目标miR进行抑制。作用相当于AMO。
（2）“海面”的应用：将miR互补序列做成多个拷贝串联于特定启动子后，与miR靶序列竞争miR，对其起到抑制作用。
3.敲除的应用：这个大概比较难。除了对特定miR敲除，还有特异敲除Dicer等策略。
当前的miRNA干扰是和SiRNA相似的道理，但是特异性是个大问题，这些导入的序列虽然能够有效降解miRNA，但是他们本身也是一种miRNA，他们也能Target其他基因的3UTR，导致其他基因翻译的调控紊乱。
如果说对于mRNA我们可以运用search特异性siRNA避免特异性低的问题，miRNA本身较短的序列使得特异性问题非常难解决。
海面的应用也是一样的道理，在特异性没有解决之前，这不是一个好的设计。
至于敲除DIcer之类的，饮鸩止渴吧。不能听说出了个”坏人“，就把“人”都杀了。
我个人认为MirRNA是个更为多元和复杂的系统，不仅和肿瘤生物学相关，也是正常生理学，发育生物学中复杂问题。没有精确了解某个mirRNA的功能之前，随随便便将其KO或KD是可怕的事情。
请教一下,这种miRNA Knockdown的技术与RNAi和Artificial miRNA有什么不同?
Re：peteryuanfeng
针对细菌方面的文章本人还真没看过。不过您提的应该属于利用siRNA对基因的表达的干扰作用。其作用对象还应该是mRNA，而不是microRNA。不知道siRNA设计方面的材料会不会对您有帮助。而如freecell所回，如果miR参与毒力基因的表达，那么人为针对该miR的过表达或抑制，应该对毒力基因的表达有影响。
Re：银火虫
这些文献在网上很容易找到。
Re：coldfish
1.特异性问题的确是不可回避的。在设计之前，也应对其可能结合的miR做预测。（不好意思本人也不会这个）
2.miR的作用的确是萦绕在我脑海中的一个问题。比如：miundefined”跑“哪去了，作为siRNA的antagomir或者antagomiundefined（先这么叫着）又怎么作用的。会不会在体内参与其他作用。
3.关于KO。我们正是为了了解其功能才进行的敲除。
4.而本人也认为KODicer不是一个好方法。是在连累太多”无辜“。
Re：biocrysrain
其实都差不多，本人觉得后者的作用对象是针对以往编码基因的mRNA，是调节基因表达的。而对于miR KD应该是针对miR的表的进行调节，实际上是调节一个基因表达调节子。
另外，检索这方面文献也很头疼。以前是搜miR，knockdown，而出来的文章往往是miR对于基因表达的调节，并不是针对该miR的调节。
针对细菌方面的文章本人还真没看过。不过您提的应该属于利用siRNA对基因的表达的干扰作用。其作用对象还应该是mRNA，而不是microRNA。不知道siRNA设计方面的材料会不会对您有帮助。而如freecell所回，如果miR参与毒力基因的表达，那么人为针对该miR的过表达或抑制，应该对毒力基因的表达有影响。
Re：银火虫
这些文献在网上很容易找到。
Re：coldfish
1.特异性问题的确是不可回避的。在设计之前，也应对其可能结合的miR做预测。（不好意思本人也不会这个）
2.miR的作用的确是萦绕在我脑海中的一个问题。比如：miundefined”跑“哪去了，作为siRNA的antagomir或者antagomiundefined（先这么叫着）又怎么作用的。会不会在体内参与其他作用。
3.关于KO。我们正是为了了解其功能才进行的敲除。
4.而本人也认为KODicer不是一个好方法。是在连累太多”无辜“。
Re：biocrysrain
其实都差不多，本人觉得后者的作用对象是针对以往编码基因的mRNA，是调节基因表达的。而对于miR KD应该是针对miR的表的进行调节，实际上是调节一个基因表达调节子。
另外，检索这方面文献也很头疼。以前是搜miR，knockdown，而出来的文章往往是miR对于基因表达的调节，并不是针对该miR的调节。
我来说说植物中天然存在的一个抑制特异microRNA的例子。动物中microRNA普遍通过抑制翻译来调控靶基因，植物中microRNA则主要通过降解靶基因的mRNA来调控（当然，最新的观点认为植物中抑制靶基因翻译这种机制也是普遍存在的，这里不作讨论）。microRNA的10位，11位左右的nt对于靶基因的识别，降解是至关重要的，即要求这两位附近的nt必须和靶基因是完全互补的（类似于seed region）。而当某个潜在"靶基因"中对应于microRNA10位，11位附近nt的nt发生特异改变的时候(mismatched loop)，就产生了令人意想不到的结果，该"靶基因"会抑制microRNA的功能！
IPS1:"靶基因"
miR399:被抑制的microRNA
OE: overexpression
而当把IPS1跟miR319部分互补的序列换作其他microRNA的成熟序列，并且同时也在10位11位留下一个mismatched loop，对其他microRNA也产生了抑制效果。
文章作者认为：the sensitivity of miR-399 activity to IPS1 overexpression could potentially be explained by IPS1 RNA acting like a (noncleavable) pseudosubstrate inhibitor in classical enzyme reactions rather than acting as a competing substrate.
全文：Target mimicry provides a new mechanism for regulation of microRNA activity.Nature Genetics 39, 1033 - 1037 (2007)
IPS1:"靶基因"
miR399:被抑制的microRNA
OE: overexpression
而当把IPS1跟miR319部分互补的序列换作其他microRNA的成熟序列，并且同时也在10位11位留下一个mismatched loop，对其他microRNA也产生了抑制效果。
文章作者认为：the sensitivity of miR-399 activity to IPS1 overexpression could potentially be explained by IPS1 RNA acting like a (noncleavable) pseudosubstrate inhibitor in classical enzyme reactions rather than acting as a competing substrate.
全文：Target mimicry provides a new mechanism for regulation of microRNA activity.Nature Genetics 39, 1033 - 1037 (2007)
不太懂，正好学习学习。感谢！
请教，“海面”是什么意思？
海面：sponges
是一种抑制miR功能的策略，设计一段RNA可以与miR结合，从而与天然靶mRNA竞争miR。
是一种抑制miR功能的策略，设计一段RNA可以与miR结合，从而与天然靶mRNA竞争miR。
freecell wrote:
推荐一篇不错的文章，但是叙述的是利用MicroRNA来抑制肿瘤发生的故事。
Endogenous human microRNAs that suppress breast cancer metastasis
Nature 451, 147-152, 2007
本篇是第一个发现的确有microRNA是与抑制癌细胞转移有关。且在临床的检体中也证实此三个microRNA与病人的愈后有关联，也许未来可利用这些特殊的microRNA当做临床上的指标。
Tumour invasion and metastasis initiated by microRNA-10b in breast cancer
Nature. 2007 Oct 11;449(7163):682-8.
I think this should be the first one, although its clinical implication is still controversial .
alixtardxy wrote:
Tumour invasion and metastasis initiated by microRNA-10b in breast cancer
Nature. 2007 Oct 11;449(7163):682-8.
I think this should be the first one, although its clinical implication is still controversial .
:?)请问这个能得到全文吗， for free!
路得自己走 wrote:
海面：sponges
是一种抑制miR功能的策略，设计一段RNA可以与miR结合，从而与天然靶mRNA竞争miR。
最新设计方法是稍微比互补序列多出几个碱基。
NNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Dharmacon公司RNAi产品资料大全，有需要或是感兴趣的朋友留下邮箱!
microRNA最新研究进展
http://www.cnbiotech.com/html/rnai/index.html
http://www.cnbiotech.com/html/rnai/index.html
biotech8 wrote:
microRNA最新研究进展
http://www.cnbiotech.com/html/rnai/index.html
xx(
留名 初来乍到 谢谢
学习了！
谁能具本说说反义microRNA的策略？因为这毕竟在科研中用的最多
感谢分享，受益匪浅
我发现大家普遍都把miRNA干扰和miRNA的作用混淆了。Invitrogen一直都在做MicroRNA干扰，是类似于siRNA的一种干扰方法。不过这个问题也让我一直头痛。
背景知识3：miRNA靶向疗法
在miRNA相关研究领域中最激动人心的研究方向就是研究基于miRNA的治疗方法了。RNA抑
制方法可以在以下几个方面用于治疗肿瘤转移患者。首先，可以使用RNA或DNA分子作为治疗药物以抑制参与肿瘤转移基因的mRNA分子的表达；其次，可以干预参与肿瘤细胞扩散和浸润的非编码RNA分子。最近在临床前实验和临床研究中使用的大多数RNA抑制剂都是反义寡核苷酸（ASO）、核酶（r ibozyme）、脱氧核酶（DNAzyme）或小干扰RNA（siRNA）和短发夹RNA（shRNA）。miRNA和反义miRNA药物目前尚处于临床前实验和体外毒性实验阶段。
● 反义miRNA寡核苷酸（anti-miRNA oligonucleotide，AMO）是一种单链的由17~22个核
苷酸组成的分子，常伴有化学修饰，通常的修饰方式是2′-O-甲基团修饰。AMO能够直
接抑制某一特殊的miRNA。AMO的作用方式与ASO类似，即通过碱基配对原则与目的
miRNA相结合，然后特异性抑制其功能。
● 铆定核酸（locked nucleic acid，LNA）是对ASO进行LNA修饰后的产物。所谓LNA技术
指的是通过引入2′-O,4-C亚甲基桥形成模拟N型构象的二环高亲和力RNA技术。LNA反
义miRNA的作用机制与ASO和AMO的作用机制相同，但是它具有高稳定性和更高的与靶
标特异性亲和的优势。
● Antagomir是一种由23个碱基构成的单链RNA分子，它能与目的miRNA分子互补。
Antagomir会被部分磷硫酰骨架修饰，以及全链2’-O-甲基化修饰，以增强其稳定性，
从而防止被降解。目前我们还不清楚Antagomir沉默miRNA的作用机制，Antagomir-
miRNA复合体能促使miRNA发生降解，然后Antagomir会被重新利用。
● 模拟miRNA（mimic miRNA）是一种部分双链RNA，它能模拟内源性前体miRNA，经细
胞处理后形成活性miRNA分子，针对特定mRNA发挥作用。
英文句后为参考文献。原文nature网站免费下载地址附后
Bo x 3 | miRnA targeted therapies
One of the most exciting avenues of research related to microRNAs (miRNAs) is their possible use for RNA inhibition-based therapeutics. RNA inhibition could be used to treat cancer patients with metastases in different ways: first, by using RNA or DNA molecules as therapeutic drugs against the mRNA of genes involved in metastases and, second, by directly targeting non-coding RNAs that participate in dissemination and invasion. Most RNA inhibition agents used in recent preclinical and clinical studies have been antisense oligonucleotides (ASOs), ribozymes and
DNAzymes, or small-interfering RNAs and short hairpin RNAs (for extensive reviews see ReF. 84 and ReF. 85). The miRNAs and anti-miRNA agents are still in preclinical studies and the in vitro toxicity studies are under way.
? An anti-miRNA oligonucleotide (AMO) is a single-stranded, chemically modified (usually with a 2′-O-methyl group) 17 to 22 nucleotide long nucleic acid molecule that is directed against a specific miRNA. It works as an ASO, through Watson–Crick binding pairs with the miRNA of interest, thereby specifically inhibiting the function of that miRNA86.
? A locked nucleic acid (LNA) is an ASO modified by LNA technology (bicyclic high-affinity RNA mimicking N-type (C3′-endo) conformation by the introduction of a 2′-O,4-C methylene bridge).LNA anti-miRNAs have the same mechanism of action as the ASOs and AMOs but with the advantages of increased stability and increased strength of target binding87.
? An antagomir is a single-stranded 23-nucleotide RNA molecule complementary to the targeted miRNA that has been modified with a partial phosphorothioate backbone in addition to a 2’-O-methoxyethyl group in order to increase the stability of the RNA and protect it from degradation. The antagomirs silence miRNA by an as yet unknown mechanism; the miRNA–antagomir duplexes induce degradation of the miRNA and recycling of the antagomir88.
? A mimic miRNA represents a partially double-stranded RNA that mimics endogenous precursor miRNA and is processed to form the active miRNA molecule that targets specific mRNAs.
http://www.nature.com/nrc/journal/v9/n4/full/nrc2619.html
在miRNA相关研究领域中最激动人心的研究方向就是研究基于miRNA的治疗方法了。RNA抑
制方法可以在以下几个方面用于治疗肿瘤转移患者。首先，可以使用RNA或DNA分子作为治疗药物以抑制参与肿瘤转移基因的mRNA分子的表达；其次，可以干预参与肿瘤细胞扩散和浸润的非编码RNA分子。最近在临床前实验和临床研究中使用的大多数RNA抑制剂都是反义寡核苷酸（ASO）、核酶（r ibozyme）、脱氧核酶（DNAzyme）或小干扰RNA（siRNA）和短发夹RNA（shRNA）。miRNA和反义miRNA药物目前尚处于临床前实验和体外毒性实验阶段。
● 反义miRNA寡核苷酸（anti-miRNA oligonucleotide，AMO）是一种单链的由17~22个核
苷酸组成的分子，常伴有化学修饰，通常的修饰方式是2′-O-甲基团修饰。AMO能够直
接抑制某一特殊的miRNA。AMO的作用方式与ASO类似，即通过碱基配对原则与目的
miRNA相结合，然后特异性抑制其功能。
● 铆定核酸（locked nucleic acid，LNA）是对ASO进行LNA修饰后的产物。所谓LNA技术
指的是通过引入2′-O,4-C亚甲基桥形成模拟N型构象的二环高亲和力RNA技术。LNA反
义miRNA的作用机制与ASO和AMO的作用机制相同，但是它具有高稳定性和更高的与靶
标特异性亲和的优势。
● Antagomir是一种由23个碱基构成的单链RNA分子，它能与目的miRNA分子互补。
Antagomir会被部分磷硫酰骨架修饰，以及全链2’-O-甲基化修饰，以增强其稳定性，
从而防止被降解。目前我们还不清楚Antagomir沉默miRNA的作用机制，Antagomir-
miRNA复合体能促使miRNA发生降解，然后Antagomir会被重新利用。
● 模拟miRNA（mimic miRNA）是一种部分双链RNA，它能模拟内源性前体miRNA，经细
胞处理后形成活性miRNA分子，针对特定mRNA发挥作用。
英文句后为参考文献。原文nature网站免费下载地址附后
Bo x 3 | miRnA targeted therapies
One of the most exciting avenues of research related to microRNAs (miRNAs) is their possible use for RNA inhibition-based therapeutics. RNA inhibition could be used to treat cancer patients with metastases in different ways: first, by using RNA or DNA molecules as therapeutic drugs against the mRNA of genes involved in metastases and, second, by directly targeting non-coding RNAs that participate in dissemination and invasion. Most RNA inhibition agents used in recent preclinical and clinical studies have been antisense oligonucleotides (ASOs), ribozymes and
DNAzymes, or small-interfering RNAs and short hairpin RNAs (for extensive reviews see ReF. 84 and ReF. 85). The miRNAs and anti-miRNA agents are still in preclinical studies and the in vitro toxicity studies are under way.
? An anti-miRNA oligonucleotide (AMO) is a single-stranded, chemically modified (usually with a 2′-O-methyl group) 17 to 22 nucleotide long nucleic acid molecule that is directed against a specific miRNA. It works as an ASO, through Watson–Crick binding pairs with the miRNA of interest, thereby specifically inhibiting the function of that miRNA86.
? A locked nucleic acid (LNA) is an ASO modified by LNA technology (bicyclic high-affinity RNA mimicking N-type (C3′-endo) conformation by the introduction of a 2′-O,4-C methylene bridge).LNA anti-miRNAs have the same mechanism of action as the ASOs and AMOs but with the advantages of increased stability and increased strength of target binding87.
? An antagomir is a single-stranded 23-nucleotide RNA molecule complementary to the targeted miRNA that has been modified with a partial phosphorothioate backbone in addition to a 2’-O-methoxyethyl group in order to increase the stability of the RNA and protect it from degradation. The antagomirs silence miRNA by an as yet unknown mechanism; the miRNA–antagomir duplexes induce degradation of the miRNA and recycling of the antagomir88.
? A mimic miRNA represents a partially double-stranded RNA that mimics endogenous precursor miRNA and is processed to form the active miRNA molecule that targets specific mRNAs.
http://www.nature.com/nrc/journal/v9/n4/full/nrc2619.html
学习学习,很好的资料
基于种子序列反义LNA的应用
大家好！初次过来请多指教！现在准备做RNA干扰（应该也可以叫miRNA技术吧？），我有些许问题还不明白？1 想把实验中的目标基因沉默，可以先通过软件设计序列，会有好几个备选序列，那么如何选择？请推荐好用的设计软件!!!2 如果序列选择好了，现在要转入细胞内来沉默目标基因，如何转入？我看了一些文献，几乎都用的是Lipfectamine2000,但最后沉默的时间不会太长，大概3-4天后目标基因的表达又会恢复，感觉这种方法沉默目标基因的时间是有限的；还有没其他方法能够使沉默时间持续更长；还是这种RNA干扰就是这样的结果，是一种瞬时的。对于我的目标基因来说，要看在什么时候有最好的沉默效果是不是也得设计好几个时间点（通过RT-PCR结果来看)，在哪个点上的效果最好？多谢了！太久没有再接触过试验了，如果有说的不对的地方请指教！
当前的miRNA干扰是和SiRNA相似的道理，但是特异性是个大问题，这些导入的序列虽然能够有效降解miRNA，但是他们本身也是一种miRNA，他们也能Target其他基因的3UTR，导致其他基因翻译的调控紊乱。
如果说对于mRNA我们可以运用search特异性siRNA避免特异性低的问题，miRNA本身较短的序列使得特异性问题非常难解决。
海面的应用也是一样的道理，在特异性没有解决之前，这不是一个好的设计。
至于敲除DIcer之类的，饮鸩止渴吧。不能听说出了个”坏人“，就把“人”都杀了。
我个人认为MirRNA是个更为多元和复杂的系统，不仅和肿瘤生物学相关，也是正常生理学，发育生物学中复杂问题。没有精确了解某个mirRNA的功能之前，随随便便将其KO或KD是可怕的事情。
的确，特异性的问题确实是个大问题，确实很令人头疼，但是coldfish也不必如此悲观。其实，每一种方法都有局限性，只要我们能深刻认识我们所运用的每一种方法的局限和说能说明的问题，还是能通过实验获得一些可靠的信息的。没有一种方法能尽善尽美的哦。
如果说对于mRNA我们可以运用search特异性siRNA避免特异性低的问题，miRNA本身较短的序列使得特异性问题非常难解决。
海面的应用也是一样的道理，在特异性没有解决之前，这不是一个好的设计。
至于敲除DIcer之类的，饮鸩止渴吧。不能听说出了个”坏人“，就把“人”都杀了。
我个人认为MirRNA是个更为多元和复杂的系统，不仅和肿瘤生物学相关，也是正常生理学，发育生物学中复杂问题。没有精确了解某个mirRNA的功能之前，随随便便将其KO或KD是可怕的事情。
的确，特异性的问题确实是个大问题，确实很令人头疼，但是coldfish也不必如此悲观。其实，每一种方法都有局限性，只要我们能深刻认识我们所运用的每一种方法的局限和说能说明的问题，还是能通过实验获得一些可靠的信息的。没有一种方法能尽善尽美的哦。
谢谢！
本人觉得microRNA策略还行 模拟天然的micr0RNA 将中间的部分用shRNA替换掉 关键的切割位点保留下来；
先后被切割成shRNA iRNA 最后发挥knockdown的作用。
就所做试验看 效果还行。
本人用的是pInducer系列载体 HIV的骨架 筛选基因为双顺分子 四环素操纵子。
先后被切割成shRNA iRNA 最后发挥knockdown的作用。
就所做试验看 效果还行。
本人用的是pInducer系列载体 HIV的骨架 筛选基因为双顺分子 四环素操纵子。
请问如何选取针对某个疾病的miRNA？？在miRBase中可以如何检索到
各位前辈我想请教一下：我是研究生，我的课题也需要测miRNA表达谱，请问您，您是自己买芯片还是拿到公司做的。那买芯片还需要买芯片扫描仪吗？自己做需要多长时间啊？还有我是用血浆提取RNA，我的血样标本存储的时间有些长大都为2年以上，我担心会影响RNA的提取，以及后续测定的miRNA表达谱。此外我还要筛选差异表达的miRNA，标本的时间有些长，可以做出来吗？好担心。。。。。。。我刚接触这个，还不太熟悉，希望得到各位前辈的帮助，不胜感激！
有没有直接可以应用的抑制剂来抑制小RNA
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