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三句话读懂一篇 CNS:​为什么有人总是容易饿、吃得多​;AI 发现 165 个新的癌基因...

丁香学术

201
春暖花开,波光粼粼。实验之余,靠着绿树阅读文献、了解最新研究进展也是一件惬意的事。本周学术君继续带你遨游科研之海吧!

1. Nature: 解密太平洋地区的人类血统
太平洋地区包括近大洋洲和远大洋洲,人类约在 4.5 万年前在近大洋洲定居。
2021 年 4 月 14 日,法国巴斯德研究所 Lluis Quintana-Murci 教授团队在 Nature 杂志上发表研究论文 Genomic insights into population history and biological adaptation in Oceania 该研究详细地分析了太平洋地区的人群历史,阐释了人类演化、古人类种群间的基因交流和古人类对岛屿环境的适应性
该工作揭开了太平洋地区人类血统的神秘面纱,对于人类厘清自身规律具有重要的指导意义!

图 1:来源 Nature

2. Nature Metabolism: 为什么有的人总是容易饿、吃得多
目前,肥胖影响着全世界 38% 的成年人、16% 的儿童和青少年的健康。
2021 年 4 月 12 日,在 Nature Metabolism 杂志上发表研究论文 Postprandial glycaemic dips predict appetite and energy intake in healthy individuals。该研究表明进食数小时后血糖水平大幅下降的人,比其他人更加容易感觉饥饿且更多地摄入数百卡路里能量。

该工作对血糖水平与所吃食物之间关系提出了新的见解,解开了饮食和健康之间的密钥

图 2:来源站酷海洛 Plus
3. Nature Machine Intelligence: AI 技术发现 165 个新的癌基因
癌细胞失去控制后,能够快速地增殖并转移到人体的其他组织。

2021 年 4 月 12 日,德国马克斯・普朗克分子遗传学研究所 Annalisa Marsico 教授团队在 Nature Machine Intelligence 杂志上发表研究论文 Integration of multiomics data with graph convolutional networks to identify new cancer genes and their associated molecular mechanisms
研究团队基于 AI 技术开发出 EMOGI 新算法,成功识别到 165 个以往未知的癌基因,这类基因并非发生突变后才致癌,其通过表达失调致癌。
该工作为开发生物标记物和靶向癌症治疗及开辟了新的前景,人类离战胜癌症又近了一步!

图 3:来源 Nature machine intelligence
4. Cell Stem Cell: 建立患者来源的首个宫颈癌类器官模型
宫颈癌是由人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的妇科恶性肿瘤,目前还没有研究人类宫颈组织的良好模型。
2021 年 4 月 13 日,荷兰乌德勒支大学 Hans Clevers 教授团队在 Cell Stem Cell 杂志发表研究论文 Patient-derived organoids model cervical tissue dynamics and viral oncogenesis in cervical cancer。该团队基于患者的宫颈癌类器官模型,对健康的人类子宫颈进行建模,同时使用该平台探究了疱疹病毒和人类乳头瘤病毒(HPV)的感染机制。
该研究为推进宫颈生物学及相关疾病的研究提供新的技术手段,期待其拂去宫颈癌患者的病痛阴影!

图 4:来源 Cell Stem Cell

5. Cell: 揭示颅脑外伤导致阿茨海默氏病的分子机理
颅脑外伤(TBI)是导致阿尔茨海默氏病(AD)的非遗传和非衰老的最大危险因素,但是潜在机理尚不清楚。
2021 年 4 月 13 日,美国克利夫兰大学 Andrew A. Pieper 教授团队在 Cell 杂志发表研究论文 Reducing acetylated tau is neuroprotective in brain injury。该研究发现 颅脑外伤诱导 tau 乙酰化(ac-tau),这些位点在阿茨海默氏病患者脑组织也被乙酰化。阿茨海默氏病患者遭受颅脑外伤后,其大脑中 ac-tau 的会进一步增加。
该重大发现对于揭示颅脑外伤和阿茨海默氏病相关机理具有重要意义!

图 5:来源 Cell

6. Nature genetics: 揭示生菜的驯化历程,解析相关遗传性状
生菜配烤肉,越吃越香,作为国人餐桌上广受欢迎的蔬菜,掌握生菜的遗传性状并进行改良对农业经济的发展有重要的价值。
2021 年 4 月 13 日,深圳华大生命科学研究院、荷兰瓦赫宁根大学、华中农业大学等多家单位联合在 Nature Genetics 杂志发表论文 Whole-genomeresequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history ofcultivated lettuce,对全球 445 份生菜种质资源展开全基因组重测序工作,精细定位了生菜重要的驯化和农艺性状相关基因,全面揭示了栽培生菜的完整驯化进程,对培育抗病育种的生菜、提高生菜种植效率、发展农业新经济起到重要的指导意义!
图 6:来源 Nature genetics
7. Cell: 发现参与癌症发生过程新型、无膜亚细胞结构
2021 年 4 月 12 日,加利福尼亚大学旧金山分校黄波团队联合 Trever G. Bivona 团队共同通讯在 Cell 杂志发表论文 Kinase-mediated RAS signaling via membraneless cytoplasmic protein granules,研究发现了 一种无膜的、能主动发出信号的基于蛋白质颗粒的亚细胞结构,该结构可以组织癌症中的 RTK / RAS / MAPK 信号传导,并建立了定义 RTK 癌蛋白形成无膜蛋白质颗粒的结构规则,对深入探索癌症发生机制提供了理论基础!

攻克癌症之路道阻且长,科学研究的一小步是人类健康的一大步!
图 7. 来源 Cell

8. Nature Cancer: lcRNA 调控人体化疗后巨噬细胞的功能转化
2021 年 4 月 12 日,中山大学孙逸仙纪念医院宋尔卫苏士成合作课题组在 Nature Cancer 杂志上发表论文 The IRENA lncRNA converts Chemotherapy-polarized tumor-suppressing Macrophages to Tumor-promoting Phenotypes in Breast Cancer,通过比较化疗前和化疗后肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的 mRNA 的表达以及蛋白组学的差异,发现 化疗后的巨噬细胞同时具有促进肿瘤进展及抗肿瘤免疫两种作用
该研究首次构建了巨噬细胞条件敲除 IRENA 的小鼠,鉴定出 lncRNA IRENA 在促进肿瘤进展中具有重要作用,对开发化疗新型靶点提供了新思路!

图 8. 来源站酷海洛 Plus


9. Nature Biotechnology: 揭晓一流水平的基因检测技术标准
2021 年 4 月 12 日,美国 FDA 领衔的基因芯片 / 测序质控(MicroArray/Sequencing Quality Control,MAQC)协会在 Nature Biotechnology 发表论文 Evaluating the analytical validity of circulating tumor DNA sequencing assays for precision oncology,该研究利用 Roche Sequencing Solutions、Illumina、Integrated DNA technologies、Thermo Fisher Scientific 和燃石医学在内的 5 家全球领先肿瘤靶向二代基因测序检测试剂盒厂商的液体活检产品,对 SEQC2 项目进行全方位、客观、真实的评价!
基因检测作为诊断和筛查人类潜在疾病的重要手段,质量一流的产品可为基因检测的准确性保驾护航!
图 9. 来源 Nature Biotechnology

10. Nature Genetics:解析棉花纤维品质性状
棉花是世界上最主要的农作物之一,良好的纤维品质是棉花的重要性状。
2021 年 4 月 15 日,由中国农业科学院棉花研究所杜雄明课题主导在 Nature Genetics 杂志发表论文 The genomic basis of geographic differentiation and fiber improvement in cultivated cotton,本研究 以通过分析 1245 份陆地棉基因型数据和近 8 万个纤维品质数据,发现栽培陆地棉的地理分化和生态适应性主要和两条染色体的大规模倒位相关,同时发掘了陆地棉种质资源中与纤维品质密切相关的新位点,优异等位变异数量不足可能是限制其品质改良的瓶颈

图片
图 10. 来源站酷海洛 Plus


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参考文献:
1. Choin, J., Mendoza-Revilla, J., Arauna, L.R. et al. Genomic insights into population history and biological adaptation in Oceania. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03236-5
2. Wyatt, P., Berry, S.E., Finlayson, G. et al. Postprandial glycaemic dips predict appetite and energy intake in healthy individuals. Nat Metab (2021). https://doi.org/10.1038/s42255-021-00383-x
3. Schulte-Sasse, R., Budach, S., Hnisz, D. et al. Integration of multiomics data with graph convolutional networks to identify new cancer genes and their associated molecular mechanisms. Nat Mach Intell (2021). https://doi.org/10.1038/s42256-021-00325-y
4. Kadi Lõhmussaar, et al. Patient-derived organoids model cervical tissue dynamics and viral oncogenesis in cervical cancer, Cell Stem Cell (2021).https://doi.org/10.1016/j.stem.2021.03.012
5. Min-Kyoo Shin, Edwin Va´ zquez-Rosa,Yeojung Koh et al. Cell (2021).DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.032
6. Wei, T., van Treuren, R., Liu, X. et al. Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce. Nat Genet (2021). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00831-0
7. Asmin Tulpule et al. Kinase-mediated RAS signaling via membraneless cytoplasmic protein granules. Cell (2021). https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)00362-7#%20
8. Liu, J., Lao, L., Chen, J. et al. The IRENA lncRNA converts chemotherapy-polarized tumor-suppressing macrophages to tumor-promoting phenotypes in breast cancer. Nat Cancer (2021). https://doi.org/10.1038/s43018-021-00196-7
9. Deveson, I.W., Gong, B., Lai, K. et al. Evaluating the analytical validity of circulating tumor DNA sequencing assays for precision oncology. Nat Biotechnol (2021). https://doi.org/10.1038/s41587-021-00857-z
10. He, S., Sun, G., Geng, X. et al. The genomic basis of geographic differentiation and fiber improvement in cultivated cotton. Nat Genet (2021). https://doi.org/10.1038/s41588-021-00844-9


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