献给初学者：一款超好用的 DNA 序列比对软件

对于每一个进入生物领域的人，基本都避免不了分子克隆（认知的同胞除外），当然就需要一个称手的 DNA 比对软件。今天给大家强烈推荐一款 DNA 比对软件，APE（a plasmid editor）。

这款软件不仅能做 DNA 序列比对，DNA 序列翻译，还能够做引物设计，酶切位点设计，质粒图谱构建（这个还是 snapgene 更好用，不过人家是收费的），ORF 查找等非常多的实用功能，下面我来详细介绍一下这几个常用的功能。

先发个软件的链接，需要的小伙伴可以去下载使用☟

http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/

1. DNA 序列比对

在对话框中粘贴序列，工具栏有反向互补的工具，图标为双向箭头，当反向测序时可用。再新建另一个文件，将所需序列粘贴，即可进行比对，如下图。

在 Tools 中选择 Align Two Sequence 进行双序列的比对，结果一目了然，mismatch 都被红色标注清楚，双击想看的位置可进入到对话框中，方便找到突变的位置。

2. 对 DNA 序列进行翻译

选中你想翻译的序列，ctrl+T 即可进行对 DNA 序列翻译成蛋白序列，还可自己进行设计每行显示多长以及蛋白简写的方式。

3. 引物设计

输入序列，在 Tools 里找到 find primers，弹出对话框，包含有长度、Tm 值、GC 含量、GC clamp、二级结构等参数可以自行设计。

4. 酶切位点设计

在做分子克隆的时候，要将片段插入到质粒中常用的方法就是酶切连接，这时候就要考虑目的片段选用什么酶切位点合适，同样将序列输入后，单击 Enzymes 选择 Enzyme Seletion 或者快捷方式 ctrl+E，即可弹出一个限制性内切酶列表，里面有常用的酶。单击酶可以对需要的内切酶进行标记，双击酶的名称，即可弹出酶的酶切位点信息。

5. ORF 查找

在将鼠标单击序列的任意位置，然后从该位置开始往后 （Find Next） 或往前 （Find Previous）查找 ORF 的序列，单击 Find Next，软件给出查找的结果。

APE 的 Tools 中还有许多功能，如质粒图谱构建、sgRNA 设计、Golden Gate Reaction 等强大的设计功能，满足实验室大部分常规的使用，大家可就自己的需求进行学习。

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