原理
经过氯化铯梯度离心所纯化的 DNA 中的溴化乙锭可以通过离子交换层析法去除,随后则用乙醇沉淀去除氯化铯。
材料与仪器
DNA 样品
乙醇 HCl NaCl 酚 氯仿 TE TEN 缓冲液
Dowex AG50W-X8
乙醇 HCl NaCl 酚 氯仿 TE TEN 缓冲液
Dowex AG50W-X8
步骤
一、材料
1. 缓冲液和溶液
乙醇,HCl (1 mol/L) ,NaCl ( 5 mol/L),酚,酚:氯仿(1:1,V/V) ,TE ( pH 8.0),TEN 缓冲液,含 0.2% 叠氮钠的 TEN 缓冲液。
2. 核酸和寡核苷酸
经过氯化铯梯度离心纯化的 DNA 样品。
3. 离心机和转子
Sorvall SS-34 转子或相当产品
4. 专用设备
Dowex AG50W-X8 ( 100~200 目,干燥尺寸)(Dowex AG50W-X8 为一种阳离子交换树脂,可从 BioRad 公司获得。),玻璃棉,折光仪(可选)(尽管并非必需,但在估计氯化铯溶液密度时折光仪十分有用。)。
二、方法
1. 使用前,平衡 Dowex AG50 树脂:
(1) 将约 20 g Dowex AG50 树脂溶于约 100 ml 的 1 moI/L NaCI 中,搅拌 5 min。待树脂下沉后,吸出上清弃去。
(2) 加入约 100 ml 的 1 mol/L HCl 继续搅拌悬浮液 5 min。树脂下沉后,吸出上清弃去。
(3) 用水继续重复此步骤两次(每次 100 ml ),再用 100 ml TEN 缓冲液洗一次。
(4) 于 4℃ 将树脂贮存于含 0.2% 叠氮钠的 TEN 缓冲液中。
2. 如图所示,在巴斯德吸管中装成一个 1 ml 的 Dowex AG50 小柱。
3. 去掉树脂上的缓冲液,用 2 倍体积的 TE ( pH 8.0 ) 洗柱,再将含溴化乙锭和氯化铯的 DNA 直接加到树脂上。
4. 立即开始收集层析柱的流出液。当所有的 DNA 溶液进入柱子后,用 1.2 倍柱床体积的 TE ( pH 8.0 ) 洗脱树脂,继续收集流出液于 30 ml Corex 管中。
5. 层析柱流干以后,用 2.5 倍体积的水稀释流出液。
6. 加入 8 倍体积的乙醇,于 4℃ 置 15 min 使 DNA 沉淀。然后于 4℃ 以 17000 g ( 12000 r/min,Sorvall SS-34 转子)离心 15 min 收集 DNA。
7. 将上清倒入一个洁净的离心管,加入等体积的无水乙醇。4℃ 静置至少 15 min,然后以 20000 g ( 13000 r/min,Sorvall SS-34 转子)离心 15 min 收集 DNA。
如果第一次沉淀不能因收所有的质粒 DNA,则再加一次乙醇(Hildeman and Muller 1997)。
8. 用 70% 的乙醇洗涤上述两次所得的 DNA 沉淀,然后尽可能去除所加的 70% 的乙醇, 并让残留液体于室温下挥发。
9. 用 2 ml H2O 或 TE ( pH 8.0 ) 溶解 DNA 沉淀。
若用于 DNA 测序,DNA 应溶于 H2O 中;若 DNA 需长期保存,TE ( pH 8.0 ) 是更好的选择。
10. 若此重溶后的 DNA 从其颜色或当在紫外线照射时发出的荧光判断还明显含有溴化乙锭,则再次用酚或酚:氯仿抽提一次,然后再用乙醇沉淀 DNA。
11. 测定 DNA 终溶液的 OD260 值,计算 DNA 的浓度。分装成小份贮存于 -20℃。
1. 缓冲液和溶液
乙醇,HCl (1 mol/L) ,NaCl ( 5 mol/L),酚,酚:氯仿(1:1,V/V) ,TE ( pH 8.0),TEN 缓冲液,含 0.2% 叠氮钠的 TEN 缓冲液。
2. 核酸和寡核苷酸
经过氯化铯梯度离心纯化的 DNA 样品。
3. 离心机和转子
Sorvall SS-34 转子或相当产品
4. 专用设备
Dowex AG50W-X8 ( 100~200 目,干燥尺寸)(Dowex AG50W-X8 为一种阳离子交换树脂,可从 BioRad 公司获得。),玻璃棉,折光仪(可选)(尽管并非必需,但在估计氯化铯溶液密度时折光仪十分有用。)。
二、方法
1. 使用前,平衡 Dowex AG50 树脂:
(1) 将约 20 g Dowex AG50 树脂溶于约 100 ml 的 1 moI/L NaCI 中,搅拌 5 min。待树脂下沉后,吸出上清弃去。
(2) 加入约 100 ml 的 1 mol/L HCl 继续搅拌悬浮液 5 min。树脂下沉后,吸出上清弃去。
(3) 用水继续重复此步骤两次(每次 100 ml ),再用 100 ml TEN 缓冲液洗一次。
(4) 于 4℃ 将树脂贮存于含 0.2% 叠氮钠的 TEN 缓冲液中。
2. 如图所示,在巴斯德吸管中装成一个 1 ml 的 Dowex AG50 小柱。
3. 去掉树脂上的缓冲液,用 2 倍体积的 TE ( pH 8.0 ) 洗柱,再将含溴化乙锭和氯化铯的 DNA 直接加到树脂上。
4. 立即开始收集层析柱的流出液。当所有的 DNA 溶液进入柱子后,用 1.2 倍柱床体积的 TE ( pH 8.0 ) 洗脱树脂,继续收集流出液于 30 ml Corex 管中。
5. 层析柱流干以后,用 2.5 倍体积的水稀释流出液。
6. 加入 8 倍体积的乙醇,于 4℃ 置 15 min 使 DNA 沉淀。然后于 4℃ 以 17000 g ( 12000 r/min,Sorvall SS-34 转子)离心 15 min 收集 DNA。
7. 将上清倒入一个洁净的离心管,加入等体积的无水乙醇。4℃ 静置至少 15 min,然后以 20000 g ( 13000 r/min,Sorvall SS-34 转子)离心 15 min 收集 DNA。
如果第一次沉淀不能因收所有的质粒 DNA,则再加一次乙醇(Hildeman and Muller 1997)。
8. 用 70% 的乙醇洗涤上述两次所得的 DNA 沉淀,然后尽可能去除所加的 70% 的乙醇, 并让残留液体于室温下挥发。
9. 用 2 ml H2O 或 TE ( pH 8.0 ) 溶解 DNA 沉淀。
若用于 DNA 测序,DNA 应溶于 H2O 中;若 DNA 需长期保存,TE ( pH 8.0 ) 是更好的选择。
10. 若此重溶后的 DNA 从其颜色或当在紫外线照射时发出的荧光判断还明显含有溴化乙锭,则再次用酚或酚:氯仿抽提一次,然后再用乙醇沉淀 DNA。
11. 测定 DNA 终溶液的 OD260 值,计算 DNA 的浓度。分装成小份贮存于 -20℃。
来源:丁香实验