密码子的设计实验

1. 为了仿效一个高水平表达的植物基因的密码子频率，用 CODONS 程序计算了番茄Rubisco(核酮糖二磷酸羧化酶/加氧酶）小亚基的密码子。遗憾的是，这个单基因可能是一个太少太极端的样本，因为它没有每个密码子的样例。于是又加入了另外一个在植物中高水平表达的基因 [烟草花叶病毒壳蛋白（TMV) 的基因] 的密码子表和一个来自细菌但已知在植物基因表达中没有问题的基因 [也就是来自 Tn5 的 NPT-Ⅱ(卡那霉素抗性）基因] 的密码子表。CODONS 程序按顺序接受了这几个基因，然后自动创建一个总密码子表。

2. 接下来，用 TRAFIG 程序，以单字母的代码，生成了一个目的蛋白 Ds-Red 和 CryV 的氨基酸列表。将这个输出文档编辑成一个标准的 fasta 形式，然后作为 REVTRANS 程序的输入文档，这个程序不仅需要氨基酸序列，也需要一个用来模仿的密码子表。REVTKANS 可以方便地读入被 CODONS 创建的总表的输出格式。序列生成程序运行则有些慢（无论计算机运行得有多快），因为其每秒仅产生 18 个密码子。这是因为其用从新年到最近的 1/18s 的时间来 seed—个伪随机数生成程序。REVTRANS 程序可以被连续运行，每次都可以得到一个不同（部分同源）的 DNA 序列，但是每个序列都能够编码输入的蛋白，并且在它们的密码子表中有着几乎完全相同的按使用者的要求仿效的密码子使用頻率。