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放射性核素标记染色体原位杂交基因定位法

相关实验:染色体基因定位实验

最新修订时间:

原理

基因是由平均1000~3000核苷酸组成的序列,在光学显微镜下是难以识别的。为显示染色体上特定基因必须具备以下三个重要条件:

1.  需要具有能与目的基因相特异接
合(互补)的核苷酸序列即探针(Probe);

2.  需要有能与探针相结合的标记物(常用同位素
和荧光素);

3.  制备出良好的染色体标本。

在进行定位时,首先要使标记物与探针相接合(Lable:标记),形成探针/标记物复合物,然后再使复合物与染色体DNA 进行杂交(Hybridization)。所谓杂交,即两条来源不同的单链DNA能互补形成双链DNA的过程。在一般情况下,染色体上被定位的目的基因和探针都是双链状态的DNA,两者杂交只有在解链状态下,即都变成单链时才能发生。温度是使双链DNA解链的条件,在80 ℃温度下DNA即发生解链(变性)。因此当把染色体与探针置于同温条件下,两者便同时解链成为单链DNA;当温度下降时,两者DNA又重新恢复双链状态(复性);在复性中探针的单链即可与目的基因单链发生杂交。由于探针DNA 携有标记物,用相应的方法能使标记物显现成为可见形态。在用同位素作标记物时,可用放射自显影法显现探针/同位素;用荧光素作标记物时,探针/荧光素能在荧光显微镜下发光,从而可观察到和确定探针的位点(也即目的基因存在位点)。标记探针与染色体基因(或细胞质mRNA)杂交定位法称原位杂交(In Situ Hybridization)。

材料与仪器

染色体标本
放射性核素

步骤

一、放射性核素探针掺入程序

1.  探针制备

2.  缺口翻译

(1)同位素减压浓缩

取3H-dTTP(1 μC/ml)50 μl~100 μl,置入Eppendorf管中真
空中减压抽干;

(2)缺口翻译反应

另取探针DNA1 μg加入Eppendorf管中,再加入10×缺口翻译
缓冲液5 μl;

缺口翻译缓冲液组成为

 
Tris-Cl 缓冲液 0.5 M

MgSO4 0.1 M

二硫苏糖醇 1 mM

牛血清白蛋白 500 μg/ml

(3)再加入dATP、dGTP、dCTP 各1 mM;用蒸馏水稀释至50 μl;

(4)混合

移入已真空干燥含有3H-dTTP的Eppendorf管中,混匀;

(5)加酶

加入DNA 聚合酶I、DNA多聚酶I各1 ml,封口;

(6)反应

16 ℃中反应10 分钟,加0.5 M EDTA终上反应;

(7)探针分离

将上述反应液加入Sephadex G50层析柱中,用TE洗脱分离。

二、探针与染色体分子原位杂交

1.  杂交液配制
 
3H 标记探针 1.0 μg/ml

甲酰胺 50.0 %

硫酸葡萄糖 10.0 %

EDTA 5.0 mM

聚乙烯吡咯烷酮 0.04 %

聚蔗糖 0.04 %

牛血清白蛋白 0.04 %

氯化钠 300 mM

柠檬酸钠 300 mM

磷酸盐缓冲液 20 mM

小牛胸腺DNA 50 μg/ml

以上成分相混合,pH7.0±0.1。
 
2.  探针变性

将杂交液混合,置于70 ℃水浴中,作用5 分钟后,再把含有杂交液的小管插入碎冰中。

3.  染色体DNA 变性
 
(1)在每张染色体标本上,加100 μg/ml RNA酶50 μl(为去除RNA),置一盖玻片,置于潮湿皿中,37 ℃孵育1 小时;去除盖片,浸入2×SSC 缸中漂洗4 次;

(2)脱水

过70%、80%,90%、100%酒精脱水;

(3)变性

置染色体标本入2×SSC 甲酰胺溶液中,70 ℃处理2 分钟(不能过长);

(4)迅速投入30%冷乙醇溶液中;

(5)脱水

同(2);

(6)干燥

自然干燥。

4.  探针与染色体杂交

(1)每一染色体标本上加杂交液50 μl,覆一盖片;42 ℃于潮湿皿中杂交16 小时;

(2)洗脱

30~40 ℃下,50%甲酰胺溶液中洗5 次、2×SSC 溶液中洗5 次,0.1×SSC
溶液洗3 次(洗脱过分影响杂交率);

(3)脱水

与前相同;

(4)干燥

自然干燥。

5.  放射自显影
 
(1)涂片

用国产核子乳胶(1:1)稀释液涂片;

(2)曝光

4 ℃冰箱中曝光10 天后(比活性10cpm/μg 以上),取出;

(3)显影

用D19B 显影液,显影2~5 分钟;

(4)定影

柯达F-5 定影液定影10 分钟;

(5)水洗

15 分钟。

6.  染色体显带
 
(1)置已曝光片子浸入下液中
 
Na2SO4 50.0 mM
 
Na2B4O7 2.5 mM
 
37 ℃,预处理10~30 秒;

(2)染色

迅速漫入10%Giemsa染色液中染2~3 分钟;

(3)水洗、干燥、镜下观察。

常见问题

一、结果

成功情况下可见:染色体分带良好、除染色体外,在各处可见散在的、直径1~3 微米的黑色圆形颗粒,有的颗粒位于染色体上,有的位于染色体间。观察50~100 个分裂相,并统计颗粒存在于某号染色体上规律性位点、统计、在特定染色体的特定位点出现机率占8%~40%以上者,可视为该基因的位点。


二、讨论

染色体DNA变性充分,利于与探针杂交,但变性过度不利显带。变性中加70
%甲酰胺效果较好,能保证在较低温度下进行变性和维持染色体形态。杂交液中加10%的硫酸葡聚糖较好,有提高杂交率作用,但不能过高,否则本底亦高。探针浓度亦应适当,过低需延长曝光时间,本底随之增加;过高探针可自相结合影响杂交率。加入探针的量与DNA片段大小有关,经验数值是,10 kb片段DNA浓度应为0.5~0.05 mg/L。

来源:丁香实验

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