原理
基因是由平均1000~3000核苷酸组成的序列,在光学显微镜下是难以识别的。为显示染色体上特定基因必须具备以下三个重要条件:
1. 需要具有能与目的基因相特异接合(互补)的核苷酸序列即探针(Probe);
2. 需要有能与探针相结合的标记物(常用同位素和荧光素);
3. 制备出良好的染色体标本。
在进行定位时,首先要使标记物与探针相接合(Lable:标记),形成探针/标记物复合物,然后再使复合物与染色体DNA 进行杂交(Hybridization)。所谓杂交,即两条来源不同的单链DNA能互补形成双链DNA的过程。在一般情况下,染色体上被定位的目的基因和探针都是双链状态的DNA,两者杂交只有在解链状态下,即都变成单链时才能发生。温度是使双链DNA解链的条件,在80 ℃温度下DNA即发生解链(变性)。因此当把染色体与探针置于同温条件下,两者便同时解链成为单链DNA;当温度下降时,两者DNA又重新恢复双链状态(复性);在复性中探针的单链即可与目的基因单链发生杂交。由于探针DNA 携有标记物,用相应的方法能使标记物显现成为可见形态。在用同位素作标记物时,可用放射自显影法显现探针/同位素;用荧光素作标记物时,探针/荧光素能在荧光显微镜下发光,从而可观察到和确定探针的位点(也即目的基因存在位点)。标记探针与染色体基因(或细胞质mRNA)杂交定位法称原位杂交(In Situ Hybridization)。
1. 需要具有能与目的基因相特异接合(互补)的核苷酸序列即探针(Probe);
2. 需要有能与探针相结合的标记物(常用同位素和荧光素);
3. 制备出良好的染色体标本。
在进行定位时,首先要使标记物与探针相接合(Lable:标记),形成探针/标记物复合物,然后再使复合物与染色体DNA 进行杂交(Hybridization)。所谓杂交,即两条来源不同的单链DNA能互补形成双链DNA的过程。在一般情况下,染色体上被定位的目的基因和探针都是双链状态的DNA,两者杂交只有在解链状态下,即都变成单链时才能发生。温度是使双链DNA解链的条件,在80 ℃温度下DNA即发生解链(变性)。因此当把染色体与探针置于同温条件下,两者便同时解链成为单链DNA;当温度下降时,两者DNA又重新恢复双链状态(复性);在复性中探针的单链即可与目的基因单链发生杂交。由于探针DNA 携有标记物,用相应的方法能使标记物显现成为可见形态。在用同位素作标记物时,可用放射自显影法显现探针/同位素;用荧光素作标记物时,探针/荧光素能在荧光显微镜下发光,从而可观察到和确定探针的位点(也即目的基因存在位点)。标记探针与染色体基因(或细胞质mRNA)杂交定位法称原位杂交(In Situ Hybridization)。
材料与仪器
染色体标本
放射性核素
放射性核素
步骤
一、放射性核素探针掺入程序
1. 探针制备
2. 缺口翻译
(1)同位素减压浓缩
取3H-dTTP(1 μC/ml)50 μl~100 μl,置入Eppendorf管中真空中减压抽干;
(2)缺口翻译反应
另取探针DNA1 μg加入Eppendorf管中,再加入10×缺口翻译缓冲液5 μl;
缺口翻译缓冲液组成为
MgSO4 0.1 M
二硫苏糖醇 1 mM
牛血清白蛋白 500 μg/ml
(3)再加入dATP、dGTP、dCTP 各1 mM;用蒸馏水稀释至50 μl;
(4)混合
移入已真空干燥含有3H-dTTP的Eppendorf管中,混匀;
(5)加酶
加入DNA 聚合酶I、DNA多聚酶I各1 ml,封口;
(6)反应
16 ℃中反应10 分钟,加0.5 M EDTA终上反应;
(7)探针分离
将上述反应液加入Sephadex G50层析柱中,用TE洗脱分离。
二、探针与染色体分子原位杂交
1. 杂交液配制
甲酰胺 50.0 %
硫酸葡萄糖 10.0 %
EDTA 5.0 mM
聚乙烯吡咯烷酮 0.04 %
聚蔗糖 0.04 %
牛血清白蛋白 0.04 %
氯化钠 300 mM
柠檬酸钠 300 mM
磷酸盐缓冲液 20 mM
小牛胸腺DNA 50 μg/ml
以上成分相混合,pH7.0±0.1。
3. 染色体DNA 变性
(2)脱水
过70%、80%,90%、100%酒精脱水;
(3)变性
置染色体标本入2×SSC 甲酰胺溶液中,70 ℃处理2 分钟(不能过长);
(4)迅速投入30%冷乙醇溶液中;
(5)脱水
同(2);
(6)干燥
自然干燥。
4. 探针与染色体杂交
(1)每一染色体标本上加杂交液50 μl,覆一盖片;42 ℃于潮湿皿中杂交16 小时;
(2)洗脱
30~40 ℃下,50%甲酰胺溶液中洗5 次、2×SSC 溶液中洗5 次,0.1×SSC溶液洗3 次(洗脱过分影响杂交率);
(3)脱水
与前相同;
(4)干燥
自然干燥。
5. 放射自显影
(2)曝光
4 ℃冰箱中曝光10 天后(比活性107 cpm/μg 以上),取出;
(3)显影
用D19B 显影液,显影2~5 分钟;
(4)定影
柯达F-5 定影液定影10 分钟;
(5)水洗
15 分钟。
6. 染色体显带
(2)染色
迅速漫入10%Giemsa染色液中染2~3 分钟;
(3)水洗、干燥、镜下观察。
1. 探针制备
2. 缺口翻译
(1)同位素减压浓缩
取3H-dTTP(1 μC/ml)50 μl~100 μl,置入Eppendorf管中真空中减压抽干;
(2)缺口翻译反应
另取探针DNA1 μg加入Eppendorf管中,再加入10×缺口翻译缓冲液5 μl;
缺口翻译缓冲液组成为
Tris-Cl 缓冲液 0.5 M
MgSO4 0.1 M
二硫苏糖醇 1 mM
牛血清白蛋白 500 μg/ml
(3)再加入dATP、dGTP、dCTP 各1 mM;用蒸馏水稀释至50 μl;
(4)混合
移入已真空干燥含有3H-dTTP的Eppendorf管中,混匀;
(5)加酶
加入DNA 聚合酶I、DNA多聚酶I各1 ml,封口;
(6)反应
16 ℃中反应10 分钟,加0.5 M EDTA终上反应;
(7)探针分离
将上述反应液加入Sephadex G50层析柱中,用TE洗脱分离。
二、探针与染色体分子原位杂交
1. 杂交液配制
3H 标记探针 1.0 μg/ml
甲酰胺 50.0 %
硫酸葡萄糖 10.0 %
EDTA 5.0 mM
聚乙烯吡咯烷酮 0.04 %
聚蔗糖 0.04 %
牛血清白蛋白 0.04 %
氯化钠 300 mM
柠檬酸钠 300 mM
磷酸盐缓冲液 20 mM
小牛胸腺DNA 50 μg/ml
以上成分相混合,pH7.0±0.1。
2. 探针变性
将杂交液混合,置于70 ℃水浴中,作用5 分钟后,再把含有杂交液的小管插入碎冰中。
将杂交液混合,置于70 ℃水浴中,作用5 分钟后,再把含有杂交液的小管插入碎冰中。
3. 染色体DNA 变性
(1)在每张染色体标本上,加100 μg/ml RNA酶50 μl(为去除RNA),置一盖玻片,置于潮湿皿中,37 ℃孵育1 小时;去除盖片,浸入2×SSC 缸中漂洗4 次;
(2)脱水
过70%、80%,90%、100%酒精脱水;
(3)变性
置染色体标本入2×SSC 甲酰胺溶液中,70 ℃处理2 分钟(不能过长);
(4)迅速投入30%冷乙醇溶液中;
(5)脱水
同(2);
(6)干燥
自然干燥。
4. 探针与染色体杂交
(1)每一染色体标本上加杂交液50 μl,覆一盖片;42 ℃于潮湿皿中杂交16 小时;
(2)洗脱
30~40 ℃下,50%甲酰胺溶液中洗5 次、2×SSC 溶液中洗5 次,0.1×SSC溶液洗3 次(洗脱过分影响杂交率);
(3)脱水
与前相同;
(4)干燥
自然干燥。
5. 放射自显影
(1)涂片
用国产核子乳胶(1:1)稀释液涂片;
用国产核子乳胶(1:1)稀释液涂片;
(2)曝光
4 ℃冰箱中曝光10 天后(比活性107 cpm/μg 以上),取出;
(3)显影
用D19B 显影液,显影2~5 分钟;
(4)定影
柯达F-5 定影液定影10 分钟;
(5)水洗
15 分钟。
6. 染色体显带
(1)置已曝光片子浸入下液中
Na2SO4 50.0 mM
Na2B4O7 2.5 mM
37 ℃,预处理10~30 秒;
(2)染色
迅速漫入10%Giemsa染色液中染2~3 分钟;
(3)水洗、干燥、镜下观察。
常见问题
一、结果
二、讨论
染色体DNA变性充分,利于与探针杂交,但变性过度不利显带。变性中加70%甲酰胺效果较好,能保证在较低温度下进行变性和维持染色体形态。杂交液中加10%的硫酸葡聚糖较好,有提高杂交率作用,但不能过高,否则本底亦高。探针浓度亦应适当,过低需延长曝光时间,本底随之增加;过高探针可自相结合影响杂交率。加入探针的量与DNA片段大小有关,经验数值是,10 kb片段DNA浓度应为0.5~0.05 mg/L。
成功情况下可见:染色体分带良好、除染色体外,在各处可见散在的、直径1~3 微米的黑色圆形颗粒,有的颗粒位于染色体上,有的位于染色体间。观察50~100 个分裂相,并统计颗粒存在于某号染色体上规律性位点、统计、在特定染色体的特定位点出现机率占8%~40%以上者,可视为该基因的位点。
二、讨论
染色体DNA变性充分,利于与探针杂交,但变性过度不利显带。变性中加70%甲酰胺效果较好,能保证在较低温度下进行变性和维持染色体形态。杂交液中加10%的硫酸葡聚糖较好,有提高杂交率作用,但不能过高,否则本底亦高。探针浓度亦应适当,过低需延长曝光时间,本底随之增加;过高探针可自相结合影响杂交率。加入探针的量与DNA片段大小有关,经验数值是,10 kb片段DNA浓度应为0.5~0.05 mg/L。
来源:丁香实验