载体构建，测序结果存在突变的原因？

质粒是PX459，插入片段是两端带酶切位点的gRNA片段，内切酶（Bbs1）,酶切连接转化涂布后长菌，挑菌摇菌后送测，显示结果存在突变，包括缺失错配等，突变全在gRNA片段处，前后都正确，想问一下各位，这有可能是什么原因呢？