leeAYZ9
做了给药前后老鼠血浆代谢组学,用SIMCA处理数据,OPLS-DA模型通过200次置换检验是可信的,然后计算了VIP值,审稿人问计算VIP值是否有考虑置信区间?我找了一些用SIMCA处理代谢组学数据的文章,计算VIP基本没有提置信区间,基本就是用SIMCA软件计算的。是不是置换检验结果可靠就可以直接计算VIP值而不用考虑置信区间?
loveliufudan
在使用SIMCA软件计算VIP值时,并不需要考虑置信区间。VIP值是通过对模型中每个变量(代谢物)的贡献度进行统计计算得出的,而VIP值的大小主要取决于变量的贡献度和数据的样本大小等因素。在已经通过置换检验验证了OPLS-DA模型的可靠性之后,计算VIP值可以被认为是合理的。
然而,置信区间仍然是代谢组学数据分析中的一个重要问题。在样本量较小或噪声较大的情况下,计算VIP值可能会受到较大的偏差,因此一些研究中可能会使用交叉验证或留一验证等方法来进行模型的验证和优化,以提高结果的可靠性。
因此,如果审稿人提出置信区间的问题,可以考虑回答使用了置换检验验证OPLS-DA模型的可靠性,而VIP值的计算是基于该可靠模型的结果,同时也可以附上参考文献说明相关方法的应用和优缺点。
土井挞克树
是的,你可以把置信区间的检测结果发给编辑,可靠的话可以不考虑