光爱吃鱼
想请教一下大家,编码细菌的耐药基因是都要完整的CDS才能发挥耐药性吗,还是含有部分序列就可以?
土井挞克树
建议使用全部的序列,部分序列非常不稳定,容易变异
光爱吃鱼
那检测细菌耐药性是不是只需要下载完整的序列比对找到保守区设计引物即可
huarenqiang5
大多数都是全基因测序。细菌对抗菌药物的耐药性通常是由耐药基因编码的,可通过多种机制介导,如基因的点突变、插入、丢失或通过基因水平转移(horizontal gene transfer,HGT)的方式获得外源耐药基因。从全基因组测序数据中识别耐药基因主要分为2种分析模式:一种是序列组装后比对分析(assembly-based),另外一种是直接利用测序读段映射分析(read-based)。
Dr_劉医生
最好是CDS序列,CDS在编码基因的功能注释上表现更好,能够避免部分序列产生变异。