蛋白质和三氯乙酸的反应是不可逆的。生物碱是植物中具有显著生理作用的—类含氮的碱性物质。凡能使生物碱沉淀，或能与生物碱作用产生颜色反应的物质，称为生物碱 试剂 。如鞣酸、苦味酸和磷钨酸等。当蛋白质溶液pH值低于其等电点时，蛋白质为阳离子，能与生物碱 试剂 的阴离子结合成性盐而沉淀。溶液中的蛋白亦能被有机酸沉淀，其中以三氯醋酸的作用最为灵敏而且特异

① 在酸性条件下与蛋白质形成不溶性盐；

② 作为蛋白质变性剂使蛋白质构象发生改变，暴露出较多的疏水性基团, 使之聚集沉淀；

③ 随着蛋白质分子量的增大，其结构复杂性与致密性越大，TCA 可能渗入分子内部而使之较难被完全除去，在电泳前样品加热处理时可能使蛋白质结构发生酸水解而形成碎片，而且随时间的延长这一作用愈加明显；

④ 电泳图谱显示，BSA、HSA 单体谱带有较明显的展宽现象，这可能是由于TCA 的结合，使SDS 与蛋白质的结合量产生偏差，从而造成蛋白质所带电荷的不均一性，造成迁移率的不一致。

三氯乙酸与蛋白质之间主要有以下几个方面的作用:
①在酸性条件下与蛋白质形成不溶性盐.
②作为蛋白质变性剂使蛋白质构象发生改变，暴露出较多的疏水性基团，使之聚集沉淀.
③随着蛋白质分子量的增大，其结构复杂性与致密性越大，TCA可能渗入分子内部而使之较难被完全除去，在电泳前样品加热处理时可能使蛋白质结构发生酸水解而形成碎片，而且随时间的延长这一作用愈加明显； 在电泳时使用TCA对蛋白质样品的浓缩或除盐时，对于分子质量大的蛋白质，要慎重选择TCA.

苦味酸，化学名为2，4，6-三硝基苯酚，受硝基吸电子效应的影响而有很强的酸性，并具有强氧化性。在苦味酸的酸性和强氧化性的作用下，会造成蛋白质发生变性。