Heochst33342可以透过完整的细胞膜，所以正常细胞也会被染上色，但颜色比较浅。凋亡细胞由于DNA断裂可以跟heochst更好地结合，所以染色会比正常组更亮。

图二发生凋亡，Heochst33342染色后，直接在荧光显微镜下观察或封片后荧光显微镜下观察。细胞发生凋亡时，会看到凋亡细胞的细胞核呈致密浓染，或呈碎块状致密浓染

Hoechst 33342在凋亡细胞中的荧光强度要比正常细胞中要高。