英语极其差劲的小编又来了，既然是底子差，那就只能靠辅助了。一般英语词典提供的信息已经不能满足写文章用词造句的多样性，所以最近找到了一个在查单词、写句子、翻译的时候用着很上手的在线词典 Collins，「欲罢不能」说的就是它！网址：https://www.collinsdictionary.com/dictionary/english/这个网站是 Collins 的在线词典，超过 72 万 2 千的词汇、短语、语法等，也是公认「英语词典中的战斗机」。今天主要是讲 Collins 的 Dictionary（词典）、Thesaurus（分类汇编词库）、Translator（翻译器）三个功能。英语不太好的同学在打开网页以后可以翻到首页的最底部，打开这个网站的中文版本～1、词典随便输入一个单词搜索后，以 full 为例，可以看到这个单词的基本信息以及其他相关信息。① 单词基本信息会列出 full 在不同场景下的例句，以及该单词近义词对应解释的例句。信息非常全面详尽，举例经典易懂～② 查看单词相关内容这里第一个板块的是 full 的所有同义词，点开以后会展示所有 full 的同义词以及该同义词的例

这篇文章来自美国威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员，分析了从乌干达基贝尔国家公园的9只黑白疣猴（colobus guereza）身上发现的新猴免疫缺陷病毒（siv）。由于非人类灵长类动物的分类和地理取样有限，特别是在东非，这项研究对SIV的多样性提出了有趣的见解。研究人员使用“无偏”深度测序技术对每种病毒的整个编码区进行测序，这种方法不依赖于与先前鉴定的病毒的遗传相似性。作者鉴定了两种不同的siv，它们只有72%的核苷酸同源性，分别称为SIVkcol-1和SIVkcol-2病毒，分别在三只和四只动物身上检测到。有趣的是，没有发现猴子被联合感染。这些病毒与SIVcol的关系最为密切，SIVcol-1与SIVcol的关系比SIVkcol-2更为密切。这两种siv都含有与复杂逆转录病毒和SIVcol相似的基因组结构，包括三个结构基因（gag、pol和env）和辅助基因（vif、vpr、tat、rev和nef）。比较宿主间的遗传多样性，SIVkcol-1比SIVkcol-2稍有差异（88.7±5.3%核苷酸同源性，93.9±5.9%）。研究人员已经确定了SIVkcol-1和SIVkcol-2的一

我们很容易忘记，我们的个性背后有比遗传学更多的东西。Vlatka Zoldos教授的一篇客座博客关注了聚糖蛋白修饰的表观遗传学，以及这是如何在进化上具有优势的。随着年龄的增长，我们中的许多人开始害怕自己有多像父母。基因似乎是无情的。我们在怀孕的时候得到了他们，他们在我们的余生里都和我们在一起。我们能不能做点什么来改变我们不想听的说法：“如果你想知道一个女孩长大后会是什么样子，那就看看她的母亲吧？”？也许不是从外表上看，但是今天我们意识到我们不仅仅是由基因决定的。排除不需要的突变，基因可以正确地维持和调节对环境的反应，以保持生理稳态。表观遗传学作为基因和环境之间的一种媒介已经建立了一段时间。我们自然而然地会问这样一个问题：我们能否利用基因的表观遗传调控来改善我们的外貌、健康，并可能以一种对我们个人、甚至对我们的后代都有益的方式“改变”我们的遗传遗产？看来我们可以。化妆品巨头欧莱雅（L'Oreal）目前在广告中称，聚糖是“你从未听说过的神奇成分，可以让你看起来年轻很多年”。硬核科学也承认聚糖在癌症和其他复杂疾病的研究中是有价值的。美国国家科学院最近批准的一份综合报告指出，“聚糖直接参与每一

摘要是科技论文的重要组成部分，作用是客观地对论文进行简短陈述，使读者快速了解论文的论文的大概内容。对于论文作者来说，摘要具有很大的价值。摘要可与论文标题、关键词一起录入数据库，作为检索要素之一。当读者面对海量的文献时必定会先选择泛读文章摘要，如果摘要不够有吸引力，则你的文章就会被重新扔回数据库中；其次，如果读者所在单位未订阅相关数据库，只能获取文章摘要，这种情况下摘要等于文章。摘要写作五步走目的（purposes）开篇第一个句子就是要写清楚「What I want to do」，让读者明白这项工作的前提和目的或明确文章的主题范围。但注意要尽量避免谈论背景信息，不要重复文章标题的信息。方法（methods）摘要中的方法对应着文章正文中方法与材料的部分，简要说明实验所采用的原理、条件和手段等。但注意不要讲述详细的工作过程。结果（results）读者最感兴趣的就是「What results did I get？ 」因此研究结果要重点突出，客观陈述实验的结果和数据。结论（conclusions）结论是研究结果的升华，在结论中对研究结果进行分析评价、提出问题以及对后续课题的设想。其他（other

如果大量的寄生虫基因组是为了对抗疾病和生产疫苗和药物而产生的，但是没有人能比较这些基因组会发生什么？Sascha Steinbiss&Thomas Otto在这个博客中回答了这个问题，最初发布在Wellcome Trust Sanger Institute网站上。在过去的十年里，基因组测序和组装技术有了巨大的进步，到目前为止，研究人员能够在较短的时间内以相对较低的成本获得细菌和小型真核生物近乎完美的基因组序列。即使对小型研究实验室来说，廉价制作好的组装也能使测序民主化，并产生许多新的基因组草案，包括各种新的寄生虫基因组。这一趋势反映在序列装配可用工具的数量不断增加（到2016年超过60个）然而，为这些生物体生成高质量的标准化注释，即基因的位置和功能以及其他相关特征的问题仍然存在。详细和完整注释的可用性是使随后的比较跨物种分析能够识别单个物种或菌株之间差异的关键。这种差异的例子可能是共同和/或物种特定基因和功能的丧失或获得。在细菌世界中，用于快速注释基因组的软件工具存在，但到目前为止，寄生虫的等效性缺失。介绍一种新的软件工具为了满足这一需求，我们开发了Companion，一个新的

最近，我读到了关于基因镶嵌现象及其对人类疾病发展的影响。从单个合子中产生具有遗传差异的细胞是由新突变事件引起的，包括大的染色体改变（全染色体非整倍体，节段非整倍体）。此外，基于测序的方法的进展表明，在单核苷酸水平上进行更微妙的重排和替换后，镶嵌现象也会出现（Lupski 2013）。通过改变细胞的转录程序，这些基因变异可以诱发癌症的发展，但也存在于许多非癌症疾病中，尤其是皮肤病，其中镶嵌现象直接反映在患者的表型变异中（Biesecker and Spinner 2013）。然而，我们不应该忘记表观遗传修饰的存在，它将我们基因中的信息叠加在一起，从而调节这些信息是如何被读取的。这些修饰有许多不同的味道，很长一段时间以来，人们都知道它们可以分化生物体内的不同细胞类型。因此，我认为，要真正了解镶嵌画的表型和生理后果，就必须同时研究这两个方面。有人想知道，一个“改变”的细胞（如果有的话）是如何处理染色体重排的？它是否可以利用表观遗传学的手段来控制基因的改变，或者减弱它的影响和引发疾病的计划外改变？我很高兴看到一项研究，作者展示了8-三体阳性的成纤维细胞如何表现出与同一患者的二体成纤维细胞不同的

今天给大家介绍 GraphPad Prism 如何绘制柱状图。柱状图通常表示均值 ± 标准差的数据，数据要求符合正态分布，描述数据的特点或者比较各组数据间的差异，多数情况下采用方差分析和 T 检验。举个例子：现有三组实验对象，分别命名为对照组、A 组和 B 组。分别给予生理盐水、A 药和 B 药口服，一段时间后，观察三组实验对象血液中钠离子的浓度。浓度差异用柱形图来表示。现在我们开始作图：1. 打开 graphpad 软件，选择 column 模块，按下图进行选择。2. 键入数据，完善表格。每组数据量可以不一致。3. 点击 Results 下的 New Analysis 或者 Analyze，按下图选择「One-way ANOVA（单方向方差分析）」并勾选三个分组。进入下一步。4. 进行下一步选择。4.1 Experimental Design 下按下图进行选择。4.2 Multiple comparisons 下选择。4.3 Options 下选择。5. 统计分析结果。5.1 单方向方差分析的 P 值和 F 值。5.2 三组中两两分析结果。6. 作图：点击 Graphs 模块中的 D

自体免疫疾病（autoimmune disease）是一类由免疫系统的异常激活引起的疾病。在这种情况下，过度激活的免疫细胞丧失了辨别「自己」与「非己」的能力，从而对自身组织器官展开攻击，并引起发烧和炎症反应。严重情况下，自身免疫反应会对身体重要器官造成不可逆的影响。针对介导自体免疫疾病发生的分子机制，科学家们长期以来在不断努力探索。近日，Nature 杂志在线刊登了两篇重磅级文章，同时揭示了关键蛋白激酶 RIPK1 的突变以及酶活性的改变对炎症反应以及自体免疫疾病发生的影响。文章作者分别是来自浙江大学生命科学研究院的周青博士团队以及来自澳大利亚 The Walter and Eliza Hall Institute 的 John Silke 博士团队。背景介绍此前研究已经表明，RIPK1 是调节细胞凋亡、坏死以及炎症反应的关键元件。在受到 TNFR1 激活的信号之后，RIPK1 的随之激活会引发细胞凋亡（apoptosis）以及细胞坏死性凋亡（necroptosis）1。另一方面，RIPK1 的活性还受到了「细胞凋亡关键激酶」—— Caspase 8 的调控。在自然条件下，Caspas

人体依靠细胞免疫和体液免疫抵抗多种潜在致病因子的能力时，往往取决于一种称为重组的过程如 V (D) J 重组和抗体类别转换重组（class-switch recombination, CSR）。重组操纵 DNA 序列，使我们的身体能够产生多种多样的免疫系统识别成分如：抗体和 T 细胞受体（TCR）。相距甚远的 DNA 区域并列连接在一起，形成了多种编码抗体的免疫系统基因，而这种类型的基因似乎都依赖于通过一种称为黏着蛋白（cohesin）的蛋白质环（ring）DNA 挤压而形成。2019 年 9 月和 10 月，美国波士顿儿童医院同一个实验室的 Yu Zhang 1 和 Xuefei Zhang 2 等人在 Nature 杂志上连续发表了两篇论文，系统性地揭示了 B 细胞中这种类型的重组事件如何以意想不到的方式产生新的抗体，表明染色质环挤压（chromatin-loop extrusion）也是控制 V (D) J 重组和 CSR 重组的基础。图片来源：nature在发育的 B 细胞中，V（D）J 重组过程会使用 V（variable ），D（diversity），J（joining）的

随着生活水平的提高，肥胖已经成为一种常见的疾病。能量摄入过多，会出现脂肪组织过度及积累，严重威胁人类健康。减肥主要是将脂肪组织燃烧，增加白色脂肪细胞的棕色化，产生能量。2019 年 10 月 9 日华中科技大学同济医学院药学院黄昆教授与武汉大学细胞内稳态国家重点实验室郑凌教授合作报导发现：脂肪特异性敲除甲基化 CpG 岛结合蛋白 2（Mecp2）会上调分泌型白细胞蛋白酶抑制因子（Slpi），通过增加脂肪棕色化减少肥胖，结果发表在 Diabetes 上，题为《Fat-Specific Knockout of Mecp2 Upregulates Slpi to Reduce Obesity by Enhancing Browning》。该研究揭示了甲基化 CpG 岛结合蛋白一种非神经性功能机制，为肥胖和代谢紊乱提供新的潜在治疗靶标。黄昆教授主要从事代谢疾病机理及相关创新药物研究，有着长期综合利用多种生物学手段研究疾病病变机理及相关治疗药物的经历。郑凌教授主要研究糖尿病及其并发症，神经退行性疾病相关内容。图片来源：Diabetes具体内容作者首先分析了肥胖人群和高脂料饲养小鼠体内 Mecp2

我们如何从体积测量中推断出单细胞现象呢？这是分子生物学多年来一直面临的一个问题，虽然已经给出了一些实际的答案，但最简单的一个就是我们没有这样做，观察大量细胞的数量一定会给我们一个群体的平均反应。虽然这些信息仍然有用，但有些问题根本无法在人口一级解决。这正是导致单细胞测序领域在大约5年前爆发的原因，并给我们提供了一些极好的典型例子，说明单细胞测序如何告知我们癌症的起源、进化和对治疗的反应。虽然单细胞测序最常被讨论的应用确实来自癌症基因组学领域，但这绝不是从单细胞水平的角度可能受益的唯一领域。这些技术可以让我们从单个细胞的角度来观察DNA序列或基因表达，也可以用于植入前胚胎检测、血统追踪，甚至——正如Sten Linnarsson及其同事最近在科学上所证明的那样——用于发现新的稀有细胞类型。因为两个比一个好尼克纳文是德克萨斯州的单细胞测序专家，他在去年提到，该领域最令人兴奋的发展之一是能够同时观察来自同一个单细胞的DNA和RNA。最近发表在《自然生物技术》（Nature Biotechnology）一月份和《自然方法》（Nature Methods）本周的两篇文章正是对这类进展的描述。今年

急性髓细胞性白血病（AML）是一种骨髓恶性肿瘤，其特征是异常和未成熟的髓母细胞在骨髓中增殖。他是成人中最常见的急性白血病，发病率随着年龄的增长而增加。虽然目前已有一些表观遗传学治疗方法进入了临床试验，但仍然无法有效地根除白血病干细胞（LSC）。因此找到白血病干细胞维持的机制对于急性髓细胞性白血病的治疗具有重要意义。2019 年 12 月 11 日来自澳大利亚墨尔本大学的 Mark A. Dawson 教授研究团队在 Nature 上在线发表了一篇题为《HBO1 is required for the maintenance of leukaemia stem cells》的研究性论文，该文揭示了 MYST 家族乙酰转移酶 HBO1 在白血病干细胞维持中的重要作用。作者针对这种机制设计了一种小分子抑制剂取得了广泛的治疗效果。图片来源：Nature研究内容由于转录调节因子是 AML 中最常见的突变靶点，作者使用 shRNA 库对 270 个已知的染色质修饰因子进行了负筛选以确定维持 LSC 功能所需的转录调节因子。结果显示很少的转录调节因子对 LSC 功能维持是必须的，在为数不多的转录调节

长期低水平的疟疾感染已经被证明通过缩短大芦苇莺和其后代的寿命来影响它们的达尔文适应度，这是由于染色体端粒的缩短。一项对瑞典野生大苇莺种群轻度慢性疟疾感染的长期研究表明，这种感染最终会影响鸟类的健康成本。长期生活史数据显示，受感染的父母生育的后代较少，因为他们的寿命缩短，而这一寿命缩短与缩短覆盖染色体并保护他们免受压力的端粒有关。疟疾在鸟类中广泛传播，现已发现200多种禽疟原虫。在大苇莺中发现的三种最常见的物种是残余疟原虫、核浓缩血蛋白和阿什福德疟原虫，后者是三种中毒性最强的。大芦苇莺在欧洲和西亚繁殖，迁徙到热带非洲越冬，大多数鸟类在非洲的第一个冬天受到感染，或者从未受到感染。急性感染期的幸存者终生保持低水平的慢性感染。1987年以来，在瑞典中南部的科维斯马恩湖对这些鸟类的种群进行了研究。穆罕默德阿斯加尔及其同事报告的工作历时25年。对鸟类进行终生跟踪，其寿命可达9年，雄性平均寿命为2.8年，雌性平均寿命为2.9年；92%的越冬繁殖者重返繁殖。研究人群中未感染禽和无症状感染禽的数量大致相等。男性歌曲率（测量超过15分钟）和女性雏鸟喂养率每小时作为代理，以确定短期成本的慢性疟疾感染。未感染

读取映射是将短序列（也称为“读取”）与参考基因组或从头组装对齐的过程。它几乎是下一代测序（NGS）相关实验（单核苷酸多态性（SNP）调用、RNA序列、芯片序列等）中的一个重要分析步骤，每天都有成千上万的研究人员在进行。确定正确的区域作图的主要问题是确定基因组上最有可能产生某一特定阅读的区域。在我攻读博士学位之初，我认为这是一个看似直截了当的问题。然而，考虑到所有可能的基因组变异，以及PCR或测序人工制品，解决重复区域等问题是具有挑战性的。目前这方面的研究主要集中在加速或减少内存需求上，已经发布了大约100个映射器（对齐读取的程序）。为了从这个长长的列表中为一个给定的研究选择一个映射器，其他人和我经常依赖口碑推荐、引用次数或一些基准论文。然而，这并不是一个严格的过程，一项研究中使用的绘图器可能不是另一项研究的最佳选择，甚至不是一个好的选择。此外，选择最佳参数设置比使用最常优化速度的默认设置更有利。如果没有这种优化，重要的snp可能会丢失，基因表达可能会被错误评估，或者可能引入任何其他可能的人工制品。每次读取都很重要，即使没有映射0.1%的读取也可能导致不准确的结果。然而，通常甚至映射器的

细胞系是生物学家武器库中最有价值的工具之一。但最近的研究表明，多达六分之一的研究人员正在研究被腐蚀或污染的细胞，因此需要进行彻底的改变以保持生物研究的完整性。山姆·弗雷泽解释了更多。 什么是细胞系？细胞系是通过提取一个特定来源的细胞并引入使其无限期分裂的突变而获得的。这些“永生化”细胞可以在实验室中保存，为研究基本的生物过程提供了一个方便的框架。它们也为新药的临床前检测提供了一个平台。在解释实验结果时，必须知道细胞系的确切特性。例如，如果你正在测试一种抗乳腺癌的药物，那么肺癌就不行了。然而，做出这种区分并不总是像凝视显微镜那么简单。不同的细胞类型通常有相似的外观，允许冒名顶替者以相对容易的方式通过网络。怎么了？细胞系的错误鉴定和交叉污染是生物研究界的一个普遍现象。除了耗费时间、劳力和金钱（大量金钱），这些问题还可能产生错误的、人工的或不可复制的数据。国际细胞系认证委员会（ICLAC）拥有一个数据库，其中有400多个已知的细胞系存在交叉污染问题。在某些情况下，入侵细胞来自完全不同的物种（猪细胞出现

对于溃疡性肠炎（ulcerative colitis，UC）患者而言，慢性炎症反应往往伴随着周期性的组织损伤与修复过程，并最终导致肠癌的发生。然而，在「损伤 - 修复」的循环过程中，组织内部的细胞构成发生了怎样的变化，这些变化又是如何导致癌症的发生，目前并没有明确的答案。今天在线发表于 Nature 杂志上的两篇文章从不同角度出发，分析了溃疡性结肠炎患者在从慢性炎症向癌症发展的不同阶段肠道组织内部细胞突变以及组织重塑的特征，进而揭示了在肠炎以及肠癌发展过程中具有关键影响的基因。研究背景「体细胞进化」（somatic evolution）特指癌症发生与发展过程中体细胞突变数量不断增多，突变程度不断累积的过程 1。我们知道，人体内的大多数组织会通过不断自我更新以维持「稳态平衡」。在自我更新的过程中，体细胞「不可避免地」会产生基因突变 2。近年来，测序技术的突破使得我们能够在单细胞水平鉴定出正常组织中的基因突变类型。然而值得注意的是，这些产生突变的基因与「驱动肿瘤产生」的基因存在很高的相似性。遗传学研究也证明，体细胞演化使得细胞产生了「自发性自我更新」的能力，从而有助于肿瘤的产生。这些结果强

在发表了利用基因组生物学中的全基因组测序研究现代牛的起源和进化之后，作者David MacHugh在这个博客中解释了他们的更多发现。达尔文关于牛遗传起源和驯化的思想查尔斯达尔文对驯化过程很感兴趣，他提出了一个极好的例子：征服和对动植物的人工选择与自然世界中通过自然选择的进化相呼应，尽管速度更快。在整理生物进化证据的过程中，达尔文还考虑了家畜的起源，正确地认识到无驼峰的牛磺酸和有驼峰的斑马牛是由人类从生物学上不同的种群中培育出来的，这些种群生活在在冰河时代的最后几天。“关于绵羊和山羊，我没有什么意见。根据布莱斯先生告诉我的事实，就驼背的印度牛的习性、声音和体质而言，我认为这些牛是从我们欧洲牛的另一种土著牛种上遗传下来的；几个称职的专业评判员认为，后者有不止一个野生的父母。”第一章：驯化下的变异，物种起源（1859）这段引自《物种起源》的话表明，19世纪的养牛专家认为，欧洲牛很可能有着多方面的遗传起源，“……不止一个野生亲本。”随着第一个完整的野生原牛核基因组序列的公布，现在很明显，这些维多利亚时代的繁殖者非常有先见之明。我们和其他人提出的基于单亲线粒体和Y染色体DNA分析的家牛进化的简单

在全世界范围内，每年会做超过 2 亿次大型手术，其中至少会有一次手术缝合。常规采用缝线的缝合方案，该技术已有 3000 多年的使用历史。在大约 100 年前，德国发明了更现代的外科钉技术。虽然这些都是临床的标准方法，但其也都有很大的弊端，比如会损伤组织，并且是非连续性封闭，最终可能会让患者产生疤痕或出现伤口渗漏，从而对患者以及整个医疗保健系统造成不良后果。严重的情况下，甚至会危及生命。仅在美国，每年因为缝合问题，就会额外产生高达数十亿美元的临床费用。这些年，学界和医疗界开始关注外科粘合剂和密封剂，但面临的最大问题是如何能够在湿润表面，如生物组织上进行有效粘附，因为在湿润组织界面的水层抑制了分子间键的形成，从而阻止了粘附。另外，在伤口粘合时，所需的时间也较长。近期，麻省理工学院（MIT）的科研团队制备了一种双面胶，可以去除湿润组织界面间的水分子而形成有力粘附，相关结果发表于 Nature 杂志，题为《Dry double-sided tape for adhesion of wet tissues and devices》。图片来源：Nature 官网科研思路科研人员的灵感来自于生活在雨

自从两例基因编辑婴儿诞生以后，贺建奎这个名字，迅速在全世界范围「声名远扬」。可是，声名远扬并没有给这位科学家带来荣誉，相反，带来的却是全球学术圈以及广大非学术圈的口诛笔伐。但是，这个世界从来不缺少疯子和狂人。今年 6 月 10 日《自然》官网报道称，俄罗斯科学家丹尼斯・瑞布里科夫 (Denis Rebrikov)，将计划制造更多的基因编辑婴儿，如果一切顺利，2019 年年底会完成。Nature 报道截图与贺建奎这位疑似科学家不同，Denis 可是正统的生物学家，曾发表多篇研究论文。据他所言，他的技术会带来更大的好处、更小的风险以及更遵循伦理道德规范，可谓「贺建奎强化版」。狂人 or 先驱？Rebrikov 是谁，为什么他能口出狂言，声称自己的技术更好？资料显示，Rebrikov 是俄罗斯国立皮罗戈夫医科大学副校长。主业是分子生物学，曾发表相关论文八十多篇，被引用次数达八千多次，所发论文涉及人体免疫、疾病等多个领域。他早在 2018 年就发表基因编辑受精卵的相关研究，并成功删除 CCR5 基因的 32 个碱基。CCR5 基因也是贺建奎基因编辑的靶基因，但根据贺贴出的数据来看，其研究的脱靶

基因突变是癌症发生与发展的重要驱动力，肿瘤内部遗传异质性的产生使得癌细胞能够更好地适应环境中的选择压力。通过对遗传位点进行分析，我们已经找到了对细胞癌化以及癌症进展来讲十分重要的突变类型以及相应蛋白产物的活性瞬时变化特征 1。然而，目前我们并不清楚导致基因组稳定性下降的分子机制。今天发表在 Science 杂志上的一项研究揭示了靶向表皮生长因子受体（EGFR）或 BRAF 信号的药物会导致结直肠癌（CRC）细胞的基因组稳定性下降以及遗传异质性的升高，从而推动了癌细胞耐药性的产生。图片来源：Science研究背景早在 1943 年，Luria 和 Delbrück 等人发现：细菌对噬菌体产生抵抗力是由于自发的随机突变造成的 2。因此，人们理所当然的认为癌细胞对药物产生的耐受性也是由药物治疗之前已经存在的「自发突变」所导致的。基于这一观点，药物治疗后癌症的复发是由于在药物治疗之前该肿瘤组织中已经存在具有耐药性的「亚克隆」。而癌症复发的时间仅仅决定于最初的耐药性亚克隆数量以及其扩增的速度。然而，微生物领域的研究表明：在有选择压力的情况下，细菌与真菌也会因基因组不稳定而产生新的突变，这一现象被