2019 年 8 月下旬，日本科学家在国际权威病毒学杂志 Journal of Virology 上发表题为 Tyr82 Amino Acid Mutation in PB1 Polymerase Induces an Influenza Virus Mutator Phenotype 的文章，阐述了位于流感病毒 PB1 上氨基酸位点 Y82 的重要作用，为进一步了解流感病毒复制机理、研发抗病毒药物、抗体提供理论参考。图片来源：Journal of Virology本文重点介绍了 RNA 病毒特性，指出：RNA 病毒基因组复制时，突变率为 10 - 4 至 10 - 5，这意味着每轮复制有 0.1 至 1 个基因错配；RNA 病毒依赖的 RNA 聚合酶高错误率，使得其在一个自然种群中保持遗传变异水平；大多数 RNA 病毒缺少 DNA 病毒复制时的高保真机制：校对和错配修复；RNA 病毒的高度遗传多样性，使得它们具有免疫逃避、耐药性、感染宿主能力。与此同时，依赖 RNA 的 RNA 聚合酶（RdRp）在 RNA 病毒复制、突变、进化等生理活动中发挥关键作用，探究 RdRp 上氨基酸位点的

随着基因组数目的增加，挑选「同源基因」和「序列联配计算」的难度都在增加。如何更加充分地利用全基因组信息并且使分类变得更加准确一直困扰着许多科研工作者。今天介绍的这款工具，是由复旦大学基于组分矢量构树法开发的一款软件，组分矢量构树法（Composition vector tree，简称 CVTree）。CVTree 的特点首先统计基因组中特定长度短串组，为每个物种构造了一个「高维代表矢量」，然后用矢量之间的余角余弦计算物种间的遗传距离，最后使用邻接法进行构树。使用起来方便简单，不需要自己来挑选同源基因，也不进行序列比对，所以从根本上避开了人为干预对结果可能产生的影响.具有比传统方法更高的分辨能力，为了更加方便用户使用以及适应基因组数据的增加，该研究组又开发并更新了现如今的 CVTree3 网络服务器，让我们一起去探索吧。如何建树？1. 首先打开网站（http://tlife.fudan.edu.cn/cvtree/cvtree/）。单击「Load-Create Project」，新建自己的项目，然后选择和设置「基本参数」。CVTree3 为大家提供了 338 种古菌、2850 种细菌以及

说起AI大家想起来的是什么？人工智能（Artificial Intelligence）？难道现在的人工智能已经强大到可以自己绘制通路图了嘛？No！No！No！此 AI 非彼 AI，今天我要介绍的是设计师的命根 Adobe 旗下的矢量图设计软件 Adobe Illustrator。Adobe旗下设计软件全家桶谈起代谢模式图真是要大家又爱又恨，看着高分文章里华丽又不失严谨，简洁而又清晰的模式图不禁感叹，别人的手是手，我的手怎么就不听使唤了呢！别人用AI做的图 VS 我用word做的图小编随手在Cell上找了一个代谢通路图Neuroligin-Neurexin Complexes。今天小编就教大家模仿这张通路图的核心部位，就是下面这个部分：具体操作如下：1. 首先是背景，我们需要在百度搜索关键字「纯色纹理背景图片」，选一个你中意的即可，如下，我们框选的纹理图片都比较适合：2. 然后选择一个在 Photoshop 中打开：3. 点击「图像-调整-黑白」：4. 用鼠标处的「污点修除画笔」工具去掉水印：5. 点击「矩形工具」，并绘制一个大到覆盖整个画布

2017年是BMC癌症的又一个精彩的一年;我们发表了许多令人兴奋的论文，涵盖了广泛的主题，并推出了CAR免疫疗法专题系列。让我们来回顾一下2017年最热门的一些文章。评论文章2017年的亮点之一是我们的咨询编辑之一Steve Povoski教授撰写的一篇综述:“与以前的肿瘤治疗相关的上肢和下肢继发性淋巴水肿的手术治疗的全面综述”。肿瘤治疗包括手术、化疗或放疗可能导致继发性淋巴水肿，这是癌症患者长期发病率的一个主要因素。淋巴水肿源于“组织间质腔内富含蛋白质的细胞外液，这是由于淋巴产生和淋巴运输到体循环的不平衡造成的”。妇科癌症、泌尿系统癌症、黑色素瘤和淋巴瘤的肿瘤治疗主要与下肢淋巴水肿有关，而乳腺癌则与上肢淋巴水肿有关。这是一个副作用，目前正在处理的手术和非手术技术。进一步的研究旨在找到解决淋巴水肿的方法。据了解，全世界有9000万人因各种原因受到淋巴水肿的影响。特定基因参与癌症睾丸特异性y样5:基因表达、甲基化和对前列腺癌药物敏感性的影响在2月发表，并描述了睾丸特异性y样5 (TSPYL5)，一个公认的肿瘤抑制基因，属于核小体组装蛋白家族。该基因位于8Q22.1，但其在前列腺癌中的确切

来自猿类和猴子的疟原虫的新取样和测序正在重写人类最致命感染之一的系统发育和起源故事。长期以来，由疟疾引起的寄生虫对人类种群产生了致命的影响。在中国发现的古代文献描述了疟疾感染，我们的基因组有对付疟疾的证据，例如以镰状细胞贫血突变的形式，这种突变在人群中得以维持，因为它提供了一些预防疟疾的保护。时至今日，疟疾每年仍将夺去50万人的生命，到目前为止，还没有商业上可用的疫苗来保护我们。疟疾可以说是影响人类的最严重的寄生虫病之一，导致人类感染疟疾的寄生虫共有五种。在如此巨大的影响下，研究人员一直在寻找这些寄生虫的来源。当人类和黑猩猩从一个共同祖先中分离出来时，感染这个共同祖先的疟原虫是否也会分化，从而导致人类疟疾和黑猩猩疟疾?长期以来，人们一直认为，导致疟疾的恶性疟原虫(Plasmodium falciparum)就是这种情况。恶性疟原虫和间日疟原虫是导致人类疟疾病例和死亡的主要原因。然而，关于间日疟原虫起源的普遍理论是，它的起源要早得多，大约6万年前，它从东南亚的一只猕猴身上转移到了人类身上。如果这些理论是错误的，研究人员需要找到感染人类的疟原虫的真正来源，以便评估未来疟原虫从猴子和猿向我们

做科研的小伙伴们经常需要阅读英文文献，自然也少不了一个翻译软件的配合使用。自从某一天一个朋友给我推荐了这款软件「知云文献翻译」，从此我就爱上了它。好东西不敢独享，今天特意分享给大家！以下是我使用软件的具体感受：1、免费软件没有任何收费的项目，最开始我以为是知网出品的。后来我发现不是。但是咱们作为用户，管它谁出品的，只要好用我们就买账，而且还是免费的，没有理由拒绝。而且界面上没有任何广告。2、方便软件本身就是一款 PDF 阅读器，可以同时打开多篇 PDF。选中一个词或者一段话，不需要点击任何按键，右侧立即给出翻译，翻译速度飕飕地快。软件支持在 EndNote 中直接用知云打开文献，从 Endnote 中直接用知云打开文献就开读，读不懂就让它翻译，从未感觉过科研变得如此轻松！3、翻译质量接近人工翻译此软件内置了百度、谷歌、谷歌生物医学专用三个翻译引擎，尤其是第三种谷歌生物医学专用翻译，通过大量生物医学中英文训练加强了对于文献的翻译结果，翻译结果几乎接近人工翻译。知云 3.0 版本开始新增了中译英引擎，翻译质量也相当了得。另外它还可以直接用它打开 word 文档，没错，它不止能打开 PDF，

「拿起电话，唤醒希望？」图片来源：作者提供还记得当年笔者在读博时第一次见到这张海报时，对其只是嗤之以鼻，觉得科研这么让自己热爱的事，怎么会让人绝望呢？后来，笔者终于才明白，自己确实在一些时候需要寻求外界的帮助，唤醒希望，或许，现在捧着手机的你，也会有同样的感受吧？时隔两年，Nature 再一次对博士生进行了一次大型调查。图片来源：Nature结果显示，36% 的博士生曾因博士学业焦虑或抑郁，21% 的受访者称自己曾被欺凌，21% 的人还表示遭遇过骚扰或歧视。图片来源：微博截图而广大网友对提出了不同的看法，一言以蔽之，数据太保守，抑郁人数或远大于三成！@高冷：我觉得这个数据还是保守数据吧应该不止三成。@丫头 of 有哥：应该是只有不到三成的博士没心理问题。从中不难看出，当前博士抑郁情况确实令人堪忧。回到 Nature 的调查结果，让我们从以下几个层面来简要分析下当前博士生们的生存现状：博士生对博士生涯的满意程度不改初心，但满意度下降75% 的受访者表示，他们至少对自己决定去读博感到满意，其中有 38% 对读博感到十分满意。图片来源：Nature尽管读博让很大一部分博士生感到抑郁或者焦虑，

老话重提，统计图，和科研领域里的大多数图像数据伴生，是一种大家喜闻乐见的，直观表现数据结果的形式。只要是个图如果没有伴随统计，reviewers 总会叨叨「请给出统计结果」。加上统计数据的文章看起来的确更具说服力呢！之前我们推出的第一个教程《手把手教你用软件便捷地数细胞》，既教你认识这个软件 Imaris，又教你怎么数密密麻麻的细胞，区分不同的 marker 阳性的细胞以及计数它们。那么问题来了，如果有人并不关心细胞数量，而关心细胞的面积，那该如何是好呢？一般在研究细胞生长时候非常实用，如评估同等量细胞的生长速度，通过比较体外培养细胞的汇合率来得到初步结论；或研究不同类型细胞的表面积，给细胞分型。举个栗子（为了保护自己的数据隐私，我只是随便拿个废弃的不咋好看的图来演示如何使用软件）1. 打开软件 Imaris，打开图片，在工具栏点击「surface」按钮（红色箭头所示），即可出现如蓝框所示的 Surface 1。2. 让大家看一眼原始的图片，并明确下此行目的：将当前界面红色阳性的区域的表面积计算出来（你也可以计算明场细胞的面积，细胞核的面积 等等）。3. 点击左下方「Next」朝右的箭

过五关、斩六将，历经九九八十一难后，在一个阴雨连绵的下午，终于整理完一个课题的所有数据，仔细的检测一遍后感到非常满意，内心暗想：「嗯，我觉得有望可以投一下 CNS」。随后怀着忐忑的心情将其发送给导师。10 min 后「叮」的一声收到了邮件回复的消息「来我办公室一下」。「嗯，导师不愧是导师，效率真高」，我怀着对我导的仰慕之情，向其办公室走去。「嘿嘿，也不知道迎接我的是鲜花还是掌声」，傻笑的我丝毫没有注意到路上师弟师妹们投来异样的眼光。「咚咚咚」三声敲门后，我导，「进来」我，「嗯，嗯？没有鲜花，也没有掌声，导师也没对我笑，也不说不让我坐下，什么情况？怎么办，我该说什么？」沉寂如同一个世纪似的十秒之后，传来我导天籁般的声音「为什么你的研究没有做动物实验，没有做动物的文章能发几分（IF）的期刊？」「好的，老师，我马上去补」，霜打茄子似的我转身走向实验室开始新一轮的征程。众所周知，由于人体疾病的复杂性以及临床实验的昂贵性，临床前的动物实验对于新药研发是必不可少的一个研究环节。日常科研中，最常用的实验动物有小鼠、大鼠、猫、鸽、狗、猴等，其中小鼠和大鼠是比较方便的实验动物，狗和猴（或猩猩）是相对昂贵

今年6月，第五届癌症免疫治疗月将患者、护理人员、倡导组织、卫生保健专业人员和行业合作伙伴团结在一起，他们的共同目标是提高对癌症免疫治疗拯救生命潜力的认识。免疫疗法通常被称为生物疗法，顾名思义，就是利用免疫系统的某些部分来抗击癌症等疾病的疗法。癌症特异性免疫治疗，也称为免疫肿瘤学，是免疫治疗研究的最大领域之一。免疫疗法的类型根据所涉及的免疫治疗的具体类型，它可以启动免疫系统对癌症的反应，增强已经活跃的免疫系统活动，或部分或全部抑制免疫系统，使其他癌症治疗发挥作用。每种类型的免疫治疗代表了针对免疫系统的一整套治疗策略，可分为非特异性或特异性免疫治疗。非特异性免疫治疗引起一般免疫应答，而特异性免疫治疗则引起特定抗原的特异性免疫应答。在被动免疫疗法中，患者可以注射人造免疫系统蛋白，而人体可能缺乏这些蛋白来增强免疫系统的功能。这一过程会刺激暂时的抗肿瘤作用，增强预先存在的抗感染免疫反应。鉴于抗肿瘤作用的短暂性，被动免疫治疗的持续时间较短，可能需要长期给药。在主动免疫疗法中，患者可以得到癌症疫苗形式的药物或通过细胞免疫疗法来激活他们的免疫系统，引起自身的反应。在分析肿瘤细胞并识别抗原后，一种治疗药

对于生物医学的科研人员甚至是临床医生来说，发表一篇高水平的文章是大家梦寐以求的事情。而高质量的文章与高大上的数据图密不可分，其中最多的应该就数热图了，那如何才能做一张漂亮的热图分析呢？今天小编给大家分享一个不用 R 语言就能轻松搞定热图的方法，只要会用 Excel 就行。1. 在 Excel 中输入自己的原始数据，比如：2. 选中数据，选择「条件格式」中的「色阶」，随后选择「其他规则」。3. 在弹出的新建格式规则栏中，我们可以看到格式样式中有不同选项。为了让热图更加美观，可以选择「三色刻度」对应的在类型栏中都改为「数字」。由于我们的原始数据都在 2-8 之间，因此可以将「最小值」，「中间值」和「最大值」分别设置为 「1」, 「5」 和 「9」。随后的颜色设置，可以根据自己的喜好选择。4. 点击确定后，可以看到以下页面。5. 对热图进行优化，去掉样本中的具体数值，选中样本中的数值，鼠标右击后选择「设置单元格格式」。6. 在自定义栏目中，将类型改为「#，」去掉样本数值，得到如下结果。随后将表格复制为图片格式，就可以粘贴到 ppt 或者保存为 PDF 格式了。当然，眼尖的小伙伴会发现这样的热

当前，尽管心血管疾病的疗法发展迅速，但在全球范围内，动脉粥样硬化及其并发症患者的数量却在持续上升。其中，生活方式的改变，包括不健康的饮食，低体力活动和肥胖等是导致了这一全球流行病的重要原因。虽然当前的治疗策略改善颇多，但仍有很大一部分动脉粥样硬化患者发展为心肌梗塞、中风、心力衰竭或肢体缺血等症状，严重威胁患者的生命。先前的很多研究揭示，炎症是导致上述危险的重要内在分子机制，引起动脉壁炎症的细胞主要为白细胞，特别是巨噬细胞、单核细胞和中性粒细胞，这些白细胞均来自于造血干祖细胞（HSPCs）。在某些细胞因子及生长因子等信号的作用下，HSPCs 可能通过加速细胞增殖而增加白细胞的产生。众所周知，久坐的生活方式是心肌梗死的一个危险因素，而体育活动似乎可以预防心血管疾病，但其中的内在机制仍不清楚，尤其是体育运动是否及如何影响整个造血活动仍然有待研究。2019 年 11 月 7 日，来自哈佛医学院研究团队在 Nature Medicine 发表了题为《Exercise reduces inflammatory cell production and cardiovascular inflammat

前言：本篇讲的是 SCI 论文的 abstract 写作问题，为什么写的只是 SCI 论文呢？因为除了 SCI 论文，我也没有写过其他类型的英文科技论文了，无法提供相关的个人经验。解剖 abstract 的目的，是为了获取写作其的套路。所谓「abstract 写作套路」是指精心策划的撰写 abstract 的方式方法，使用该方式方法的作者，往往已经对该方式方法熟练掌握，并且形成条件反射，逻辑上倾向于惯性使用这种文不加点的方法应对各种 SCI 论文的 abstract 撰写，心理上往往已经产生对此方法的依赖性，使用不刊之论的 abstract 撰写方式，对 abstract 的撰写形成「路数」，是名为套路。在准备撰写 SCI 论文时，不要直接开始写 abstract，直到作者对论文的结构和内容有充分的信心之后。本文设定的前提是 SCI 论文的正文已经写完。撰写 abstract 的主要步骤可以总结如下1. 定位关键词和关键句在 SCI 正文中，划出通常由过渡词或句指示出的关键词和句子，在过渡词或句出现的地方，往往隐含着文章重要的信息。虽然论文是自己写的，但对论文进行关键词和关键句的寻找算

黑色素瘤是恶性程度非常高、发病率增长最迅速的肿瘤之一。我国每年有大约 2 万新增的黑色素瘤确诊病例，而且近年来发病人群逐渐呈现年轻化态势。根据英国癌症协会的统计数据，只有大约 55% 的晚期黑色素瘤患者能够存活 1 年以上。医生一般建议黑色素瘤患者避免太阳曝晒。由于晒太阳可以补充维生素 D，这导致黑色素瘤患者体内的维生素 D 含量比常人偏低。尽管先前有研究表明，较低的维生素 D 血清浓度与较大的原位性黑色素肿瘤、较差的黑色素瘤预后效果存在关联性，但是其中的分子机制有待进一步研究。2019 年 11 月 5 日，英国癌症协会（Cancer Research UK）的科学家与英国利兹大学 Newton Bishop 教授和她的团队在知名期刊 Cancer Research 上发表题为 《Vitamin D-VDR signaling inhibits Wnt/beta-catenin-mediated melanoma progression and promotes anti-tumor immunity》 的文章，发现维生素 D 能够抑制黑色素瘤细胞中的 Wnt/beta-cateni

生物学，是二十一世纪的朝阳产业，二十一世纪就是生物的世纪 —— 生物制药将解决癌症等威胁人类健康的重大疾病，生物技术能够引领人们进入新时代……可是，又有那么多人说生物是「万年坑专业」「劝退专业」？作为一只生物汪，笔者在生物专业从本科到博士毕业，摸爬滚打十年。如果你问生物专业值不值得选，笔者要以十年的经历告诉你真相...且听笔者慢慢道来。劝退一人学生物，胜发 7 篇 CNS？！生化环材，四大天坑专业，生物位居首位。在各大论坛活跃着一批生物劝退博主，比如在知乎网站上，就有一个生物劝退专题，号称：劝退一人胜发 7 篇 CNS（Cell, Nature, Science）！图片来源：知乎截图连北京大学教授、中科院院士欧阳颀在专访中也说：「21 世纪是生物的世纪，但是千万别进生物系。」欧阳颀出身清华大学化学系，现在北京大学物理学院做生物学相关研究的他，在系统生物学与合成生物学研究方面都走在中国乃至世界前列。在他看来，国内合成生物学的路，一开始就走偏了。很多大学的生物系不是在做 education，而是在做 de-education。用现在的方式培养出来的生物学家来推动 21 世纪的科技革命，那差

我们都知道，小提琴图能显示数据的集中与离散程度，数据越集中图形越胖。另外，其箱线图可用来展示中位数和四分位数。一般来说呢，R 语言绘制小提琴图更佳，但是 R 语言学习代价太高，科研小白难以掌握，所以我们该如何绘制小提琴图呢？具体的操作步骤：先说明一下哈，本次教程使用的是 graphpad prism 8.0 ，界面美观系统，功能强大。1. 进入软件→ New table&graph → Column → Data table → Enter or import data a new table → Options → Enter replicated values → stacked into columns → Create2. 在 Data 1 中输入数据3. Graphs → Data1 → Graph family → Column → Box and violin（具体选哪一个看个人需要）4. 初步设置和美化：双击小提琴图→ Format Graph → Show all points5. 双击小提琴图→ Format Graph → Symbols(设置点颜色+形状

当我们得到一株菌株的全基因组序列后首先要做什么？基因组注释！那有什么方便又好用的注释神器吗？下面为大家介绍一款超好用的在线基因组注释神器 ——RAST，让大家随时随地都可以自己进行注释分析。RAST 网址为 rast.nmpdr.org，是基于 Subsystem 技术的一个针对细菌和古菌基因组的快速注释工具。它可以用来预测 ORF、rRNA、tRNA 以及相应的功能基因，并可以利用这些信息构建代谢网络。首先我们通过邮箱注册一个账号，登陆，开始一个新的项目。点击 Your Jobs 后再点击 Upload New Job，就可以上传序列了。可以从 NCBI 上下载你所需要的（未进行注释的）基因组数据（FASTA 或者 GenBank 格式）。上传后，进入下一步。输入分类 ID搜索网址：www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/taxonomyhome.html输入了正确的 ID 之后，下面的信息会自己显示出来。如果不知道该菌株的分类或者找不到该菌株的 ID，可以自己来手动填写下面的分类。此处 Genetic code 大多数的细菌都选择 11。这一步的选择可以根据自己

写论文是每一只科研狗的必修功课，今天小编想谈一个在论文中很容易被大家忽略的问题，那就是软件的引用问题。在论文中，不论是数据处理，还是图件制作，都少不了要用到一些科研或者商业软件。那么，该如何正确地描述和引用这些软件呢？这个时候，有些大佬们肯定报以微笑，觉得这个是个很傻的问题，直接引用软件的相关论文不就好咯？但是，并非所有的研究软件都有可以被论文作者引用的相关论文，有些软件开发者就一心研发软件，不是很 care 是不是发了论文！另一种情况就是，即使论文确实存在，我们在论文中描述的软件版本，实际使用的版本以及当前可用的版本之间可能存在不一致。本文可能在撰写本文时描述的软件是正确的，但在发布或阅读时，该软件版本可能不再可用！下面，小编就来教你如何正确的引用软件！来自出版商的推荐引用格式许多机构都会提供免费的引用示例指导。例如，普渡大学的在线写作实验室为可购买的软件提供了以下示例：对于在线获取的软件，提供了以下例子：此外，一些期刊也会提供引用格式的指导。例如 Journal of StatisticalComputation and Simulation 给出了一些案例：而一些生物信息学软件则

作为世界上最大的学术出版商，爱思唯尔每年接收数十万前沿科技论文，旗下拥有《柳叶刀》、《细胞》等高影响力期刊，是学术领域的最具权威的机构之一。图片来源：爱思唯尔官网截图同时爱思唯尔也是「臭名昭著」的学术期刊寡头，多年来「阅读和出版」两头通吃的收费模式饱受诟病：在期刊上发表论文需要付费审核，在平台上看别人已经发表的论文仍需要支付费用。年初，遭遇多国高校抵制并谈判无果之后，这家学术巨头近日似乎做出妥协。爱思唯尔和挪威高等教育与研究联合服务委员会（UNIT）以 900 万欧元的价格签署了首份两年期的开放获取（Open Access，OA）协议。图片来源：UNIT 官网这项为期两年的试点计划标志着爱思唯尔与全国研究图书馆联盟达成的最大规模的此类协议。图片来源：stm-publishing 网站截图根据该协议，由该联盟代表的 7 所挪威大学和 39 所研究机构能够访问 2500 份爱思唯尔的期刊。它还使挪威研究人员能够发表他们的研究，预计 90% 的挪威学者在爱思唯尔旗下的出版物都将变成免费的。也就是说：挪威的研究人员发表在爱思唯尔平台下的论文，别人也可以免费看了。可以说，这是抵制学术垄断的一个重

在这篇博客中，Caitlin Connelly讨论了她最近发表在《基因组医学》上的关于预测免疫治疗反应和TMB作为潜在生物标志物的研究。免疫疗法改变了癌症治疗的格局，为一系列曾经被认为无法治愈的疾病提供了治疗，并延长了这些患者的生命。这些影响已经在越来越多的癌症类型中被观察到，包括黑色素瘤、非小细胞肺癌和膀胱癌，导致多个FDA批准。然而，严酷的现实是，大多数病人对这些新疗法没有反应，反应率在15-40%之间。加上高昂的成本和严重的免疫相关副作用的风险，迫切需要识别可靠的、定量的生物标志物，能够识别出那些最有可能受益的。肿瘤突变负担(tumor mutational burden, TMB)是与多种疾病类型的免疫治疗反应相关的生物标志物之一。TMB测量的是肿瘤基因组内突变的数量，有更多突变的肿瘤更有可能对免疫治疗产生反应。研究人员推测，突变率的增加会导致肿瘤细胞表面突变蛋白或新抗原数量的增加，从而引发免疫反应。这种预先存在的免疫潜能是决定患者是否从免疫治疗中获益的主要因素。测度方法最早建立的方法之一是通过免疫组织化学(IHC)评估PD-L1蛋白在肿瘤细胞表面的表达;然而，这种方法很难被普