以下这 10 点建议，师兄师姐可不会告诉你哦，这是德克萨斯州立大学一位教授给的建议。具体大家往下看。1. 沉浸在写作中，学习如何写资助方案也许你会说，这不是读完博士后该做的嘛，其实不是。写资助方案和你写论文或是典型的期刊文章差不多，但是各种资助方案会让你在读博期间就有经费支持。你找工作的时候，这个经历也是你简历上最好最吸引人的内容。2. 找一个强大的导师这点实在是太重要了，好的导师既要是一个好的科学家，也要是一个好的导师。他们能对你在做的事给出重要的反馈和激励。3. 脸皮厚点，采纳别人的反馈，尤其是建设性批评很多教师或者顾问对我们的研究，要发表论文或者写资助方案都分享很多建议，从这些建议里去学习，尽快解决问题。其他的放轻松，批评你最多的老师，也是你日后最难忘的老师，这还真是这样的。4. 找到合适的论文评审委员会主席一个方法是通过网络去做些研究，或者可以和研究生同伴谈谈相关的教授。相关部门也会帮助你统计出各个教授的资料。5. 将你的研究课题导向论文如果你可以在你的预备课程中做些论文评论或者是研究，那么去做。这一步会节省你完成论文阶段的时间。我把三门独立的课换成了 9 个小时的博士学分课，

对于很多无法在校园网环境下自由下载文献或者经费紧张的高校的科研人员来说，付费堡垒（paywall）简直是科研道路上的拦路虎！之前我们已经推荐过一些免费下载论文的网站和方法（可戳：找文献必备！4 个网站免费帮你找到 99% 的文献！），其中有很多是以 sci-hub 为核心展开的。但是由于 sci-hub 时常不稳定，加载时间长，也给大家带来了一些困扰。并且由于涉及侵权，sci-hub 服务器和创始人一直过着东躲西藏的日子，难免会让大家担心会不会有一天突然打不开 sci-hub 了。今天就为大家推荐两款稳定、安全、正版的 Chrome 小插件，帮助大家轻轻松松免费下载文献 ~一、Unpaywall：Nature 推荐的免费文献下载小插件大家在浏览 Nature 等期刊的文献时，经常看完摘要就会遇到如下这种像你的小钱包招手的情况：图片来源：Nature 截图今天为大家推荐的第一个小工具，就是正式出版并且 Nature 杂志推荐的绿色安全的小插件 ——Unpaywall。让我们一起来尝试一下这个可爱的小绿锁～Unpaywall 为什么可以下载付费论文？首先，Unpaywall 是得到了美国国

甲基化芯片背景甲基化芯片原理：https://www.jianshu.com/p/c4f758e0399d芯片主要分为 EPIC 和 450k 两种，EIPC 也就是 850k，两种探针的都是以 cg 开头的数字编号，所谓注释也就是提取这些探针的所对应的信息，例如，探针序列的 CpG 位置信息，对应的基因信息，染色体上的位置信息等等。很多包在安装的时候都会自动下载这些注释信息，并包装在一起，如果我们想要自己注释这些探针，就要考虑如何获取独立的注释信息。而所需要注释数据的，大部分都来自于两个数据库，GEO 和 TCGA。下面介绍三种提取注释信息的方法方法一：从 UCSC Xena 下载直接从 UCSC Xena 相应的癌症甲基化数据库里下载对应的文件。可以看到是来自 GPL16304 平台的芯片，其实和下面要介绍的从 GEO 下载注释信息是一样的，不过 TCGA 的探针数可能会少于 45w，大约 39w，因为提前过滤了一些低质量的探针。方法二：从 GEO 下载对应平台的注释文件在 GEO 的官网 platform 下搜索 Illumina HumanMethylation450，可以看到

PubMed 科研党们收藏夹里必不可少的网页，然而你真的会用它吗？今天给大家介绍 Pubmed 的几个实用小功能，教你精准快速查找文献！一、提高关键词检索精度有时会同时检索多个关键词，Pubmed 会自动以词组为单位进行检索，如果检索到词组还好，但如果没有查到相应词组（多数是因为没有输入最常用的英文专业名词），Pubmed 则会按照各个单词进行检索。所以 colonic Neoplasms drug therapy 就相当于 colonic AND neoplasms AND drug AND therapy。这种情况要怎么办呢？我来告诉你：双引号：「colonic Neoplasms」drug therapy；短横线：colonic-Neoplasms drug-therapy；[tw]：colonic Neoplasms [tw] drug therapy；截词符：colonic Neoplasms * drug therapy二、 如何快速检索 clinical trail1. 回到 Pubmed 主页，找到 Pubmed Tools，点击 Clinical Queries2.

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。它可以：测定两种目标蛋白质是否在体内结合；确定一种特定蛋白质的新的作用搭档；分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。01 实验原理当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质 X 的抗体免疫沉淀 X，那么与 X 在体内结合的蛋白质 Y 也能沉淀下来。目前多用精制的 prorein A 预先结合固化在 argarose 的 beads 上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads 上的 prorein A 就能吸附抗原达到精制的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。 02 实验步骤1）试剂准备：这一步在阅读原文中详细给出2）免疫共沉淀反应转染后 24～48 h 可收获细胞，加入适量细胞裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上裂解 30 min，细胞裂解液于 4 °C，最大转速离心 30 min 后取上清；取少量裂解液以备 Western blot 分

ChemOffice 18 全新来袭，旨在为科研工作者们提供最新的科学智能应用程序组件，完美支持 Win10 +Office 2016 & Office 365，还能免费订购 ChemDraw 云。很多朋友在选购 ChemOffice 18 套件的时候，不知道自己的电脑是否能正常运行。本教程通过介绍 ChemOffice 18 的系统要求，帮助用户选择适合自己的版本。硬件需求：基本规格：内存 RAM：32 位系统 1 GB 内存，或 64 位系统 2 GB 内存处理器：1.6 GHz 或以上硬盘空闲空间：300MB- 1 GB（1 GB 用于安装完整的 ChemOffice 专业版），这仅用于安装，不包括任何数据库的创建 / 扩展。屏幕分辨率：1024x768 或以上推荐规格：内存 RAM：32 位系统 1 GB 内存，或 64 位系统 2 GB 内存处理器：3.0 GHz 或更高双核处理器硬盘空闲空间：10 GB屏幕分辨率： 1024x768 或以上软件需求Windows 系统：操作系统：Windows 7 Professional and Ultimate 32 位、Win

完成一篇科研论文的时候经常要将很大的精力投入到「分子机制图」或者「序列绘制」的美化中，人靠衣装，佛靠金装，科研成果靠图装，我们通常可以在 Cell Reports 此类的顶级杂志上看到的机制图都是既有内容逼格又高，我们又如何应用绘图软件绘制出高分杂志上的机制图效果呢？一、IBS官网链接：http://ibs.biocuckoo.org/download.phpIBS（Illustrator for Biological Sequences）是一款简单又强大的绘图软件，它可以几分钟内完成图形的绘制。同时，还拥有多种模板与配色方案，可显著提升绘图效果，从而为我们作图提供了很大的便利。那如何使用 IBS 进行绘图呢既可以画蛋白质序列，也可以可视化核酸序列。1. IBS 功能介绍① 直接 UniProt 的注释信息，搜索蛋白质 ID，可以自动绘制蛋白质功能结构域示意图。② 画图完成后，还可以保存，可以导出矢量图/ 300dpi 的图片，甚至可以导出 600dpi 的图片。图片清晰读可以得到保证。2. IBS 绘制的效果图既可以可视化蛋白序列，还可以可视化核酸序列，还可以在同一张图上可视化多条序

系统发生树（英文：phylogenetic tree 或 evolutionary tree）又名分子进化树，被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树，它用来表示系统发生研究的结果，是生物信息学中描述不同生物之间的相关关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。如此一来，关注系统分类的亲们就需要先确立一个小目标 —— 构建一棵系统进化树 —— 看看下面的步骤，构建系统进化树拢共需要 5 步。可仅建树方法选择这一步，就有多种选项……系统进化树构建步骤乱花渐欲迷人眼，该选谁好呢？这里就跟大家聊一聊构建和美化进化树的软件：1. MEGAMEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是文献中经常用到的软件；功能强大，包括序列编辑、进化树构建、祖先序列重构（reconstruction of ancestral sequence）、进化模型选择 (model selection)、选择压检验（selection test）等；2. PhyMLPhyML (http://www.atgc-montpellier.fr/phym

安装步骤：安装前先关闭杀毒软件和 360 卫士，注意安装路径不能有中文，安装包路径也不要有中文。试装系统：win10 64bit安装版本：Chemoffice 20181. 解压安装包（注意解压的路径不要有中文）。2. 以管理员身份运行安装程序。3. 软件自解压完成后，遇到如下对话框，直接点击 「quit」。4. 点击 「确定」。5. 点击 「Next」6. 将下拉条拉到最下面，选择 「I accept」，然后点击」Next」.7. 选择安装路径，然后点击 「Next」。8. 选择 chemscript，这里一般选择 32 位的，然后点击 「Next」。9. 选择 「Python 3.2 32 -bit」，然后点击 「Next」。10. 点击 「Install」。11. 点击 「Finish」，先不要运行软件。12. 把安装包中 Crack 文件夹中的三个文件夹复制到安装路径 Chemoffice2018 文件夹下，替换同名的四个文件。13. 安装完成，打开软件后的界面如下。

今天继续给大家介绍科研作图神器 - Graphpad Prism。大家在阅读文献的时候一定看到过下面这种统计图，形似火柴或者棒棒糖，行话叫 Cleveland 点图，用来反映各分组中某指标平均值。图片来源：百度图片话不多说，我们直接进行方法介绍。1. 点击选择 XY 模块，按下图选择①②③④。2. 将数据输入表格，将横坐标轴分成 1 - 20 个分组，Y 轴 1 - 10，10 - 20 的数据分隔开输入，用来表示两种颜色。3. 点击 graphs 下面的 data1，按下图选择，得到图形的 preview。4. 点击 ok 生成图像。5. preview 生成，我们进一步处理图像。5.1 双击 X 轴，进入 Format Axes（坐标轴版式）对话框，选择 Frame and Origin。在 Frame and Grid Line 模块下进行 Frame style 的选择，我一般选择 Plain Frame。在 Frame and Grid Line 模块下进行 Major grid X axis 选择，我的习惯如下图。5.2 点击 apply，此时图像的 preview 是这样

一个合适的参考基因组对于生物信息学的分析至关重要，参考基因组的选择原则一般是同一物种、组装完成度高并且为最新版本，退而求其次也可以选择近源物种的基因组。那么如何知道 NCBI 数据库是否发布了自己关注的物种基因组，又如何去查找某个物种的基因组信息呢？若没有该物种的基因组信息，又如何查找近源物种的信息呢？在我们与客户的沟通中，发现小可爱们总会有这样的困扰，那究竟该如何在 NCBI 上查找指定物种及近源物种的基因组信息呢，接下来小编就以拟南芥（Arabidopsis thaliana）为例，给大家来一次实战演练，快快拿起小本本记笔记啦！！！1. 输入物种名称，选择 Genome（基因组），点击搜索：2. 搜索之后就能得知该物种是否已有基因组信息、基因组组装情况以及注释情况等内容：那有小可爱就要问啦：“有些时候关注的物种还没有参考基因组发布，怎么办” 这个时候就需要该物种的近源物种信息，或者已有关注的物种信息但还想知道该物种的近源物种信息。小编还是以拟南芥（Arabidopsis thaliana）为例，在 NCBI 上查找已知物种的近源物种信息。1. 此时只需输入物种名称的第一个单词 Ar

9 月开学了，对于研究生来说注定是忙碌的一个时间段，因为要开始弄国基的标书了，博士生要思考老板标书的内容，硕士生也不会闲着，帮老板弄各种各样的材料。其中最烦人的估计就是整理老板的论文引证报告了（有钱去让图书馆查新的除外）。这里是针对那些发很多小分和各种杂七杂八灌水的文章然后又不舍得花钱让图书馆查新的老板来说的，当然顺便吐槽下我们这边的图书馆收费贼贵，当然每个地方的收费也是不一样的，废话不多说，直接进入正文。论文引证报告除了要将作者的所有论文在 web of science 核心合集上找出来之外，重要的一点事要将论文的引用次数还有他引以及更为坑爹的近 5 年的引用次数和他引次数给标注出来。这里简单解释下自引和他引的意思，自引就是文章中的作者在以后的文章中引用了这篇文章，他引则是除了这篇文章的作者之外其他作者有引用该篇文章。看到这是不是觉得如果让你来查找有木有觉得很崩溃的样子？别急，容我慢慢跟你解释。本人当年第一次也是这种赶脚，但经过两年的压榨后也是找到一些门路，相对来说能比较简便快速的找到你所需的信息，下面以一篇论文名为 A practical and precise approach

研究某个 gene 的功能通常要做相关的功能实验，常用的手段有 gain-of-function，涉及 gene 的过表达，在下文中即将讲述；还有 loss-of-function， 通常涉及 gene 的 knock-out 或 konck-down，暂且不提。今天准备跟大家分享一下如何成功地用传统酶切酶连的方法克隆某 gene 的经验，虽然现在同源重组的方法已经越来越广泛地应用到科研中，属于 technology based innovation，给实验带来极大便利。但是传统的克隆方法还是占主要地位，尤其是新兴的方法如果要做 gain-of-function 仍然逃避不了克隆 gene 片段这个步骤，打好相关的基础，掌握其中原理才能在各种 tools 出现时及时掌握并灵活应用。接下来讲述基因克隆的流程1 首先获得某基因的序列在 pubmed 主页下拉框选定 Gene 或者 Nucleotide，然后在输入框输入基因名称如 Znf516 点击 search 后，进入（如图 1）。在左边分类 Sequence content 里选择 CCDS（如图 2），在右侧选择种属 Mus mus

GWAS 是定位 QTL 和多种作物性状相关的 SNPs/gene 的重要工具。典型的 GWAS 多用在自然群体中。本研究提出了一种单株 GWAS（sp-GWAS）分析的策略，不需要提供一系列其他不同品种或品系（听起来是不是有些不可思议）。但是 sp-GWAS 依赖于从随机交配群体中取样的单个植物的表型和基因型。更重要的是本文证实了 sp-GWAS 能够有效的和 BSA 策略结合快速确认显著关联的 SNPs。sp-GWAS+BSA 最大的特点就是群体材料的准备不需要庞大的资源材料，只需要合适的一种即可！是的，你没有看错，只要一种！方案概述：第一年 4 个地方，每个地方分别种植 5000 株 Shoepeg（玉米的一个地方品种），每个地方随机挑选 96 株进行基因型和表型分析。按照表型分别挑选两个地方 5% 极端高和矮的单株。第二年将 4 个地方分别挑选的极端个体在相同的地方再分别种 5000 株。然后分别从高和矮的两个种植点分别随机各挑选 96 个极端个体进行表型鉴定和 BSA 测序分析。GWAS+BSA 定位玉米株高 QTLGWAS 和 BSA 对玉米株高定位结果（其中 GWAS 显

熬过了数亿年的时光，终于来到了博士演化历程的顶端，简直喜出望外啊！然而，可能这几十亿年的博士生涯之后，还有更长的一段博后生涯，那么博后的去向应该怎么选择，Nature 这就来告诉你。图片来源于 sketching science接下来，小编将细细为大家阐述大实验室和小实验室的利弊，以供大家参考！1 选择合适大小的实验室对于早期职业发展至关重要小组讨论是博士后生活的一个方面，在大型和小型实验室之间可能会有很大的不同案例：在寻找博士后职位时，迈克尔・米歇尔（Michael Mitchell）本可以加入任何一个小型、亲密的实验室。然而，他决定去一个大的实验室。2014 年，在获得生物医学工程博士学位后，他进入了剑桥麻省理工学院（MIT）生物医学工程师 Robert Langer 的实验室。Mitchell 与另外 40 多个博士后研究生、一大群硕士研究生和轮转访问的研究人员们共处一个实验室。每个夏天，当实验室在兰格的海滨别墅举行一年一度的聚会时，实验室的规模就会变得非常清晰。米歇尔说：「鲍勃不得不租用三到四辆巴士来接送整个实验室的人。」「他可以吃到一整个卡车的冰淇淋甜点。」在选择职位时，一个

「二十一世纪是生物的世纪」，应该很多人都是被这句话骗进了生物这个巨坑。生物作为一个劳动密集型行业，注定了是需要大批生物民工来干活的，而当大批生物学子们到了毕业求职之际，发现寻找一份合适的工作成为一个困难的事情。所以才有人说在任何一行都能见到学生物专业的学生，这在某种程度上也算是符合了那句「二十一世纪是生物的世纪」。作为一个国内生物土博，本科学校非 985、211，研究方向偏基础，而且是女的，手头上也没有几篇重量级大文章，也不得老板欢心，找工作成为了一个头疼的事情。如果你的情况和我差不多的话，那就接着往下看，如果你是手握 cns 大文章的大牛，老板又超喜欢的学生就可以直接跳过了。1 选择去高校重点高校招人一般喜欢有海外经历，本科学校是 985，211，没办法够不上，退而去看一般普通高校，一般的高校科研水平较差，去了之后可能在科研上很难取得进步了。当然一般的高校里面也有藏着一些大牛的实验室，俗话说背靠大树好乘凉，如果能进这种大牛实验室对科研发展来说还是不错的。目前很多高校由于编制不够的原因，推出了师资博士后，这个就仁者见仁智者见智了。2 选择去企业去企业的话，博士一般是作为研发或者技术支持

读研读博的应该都经历过开题吧？是不是和我一样，开题报告是神马鬼，文献又是神马鬼，反正我当时稀里糊涂的，但有一点很清楚，那就是吹，我那课题，目前国际上还没实现，我的课题就是要攻克国际难题，而且我只需要不到三年的时间哦，老板听了很开心，那撸起袖子干吧。可是，一年快过去了，这不，眼瞅着又到年底了，再重新看看自己当时做的开题报告，按里面的进度似乎该出成果了，可为啥至今没有任何进展？！感受到身后老板的杀气：之前说那么好听的，结果呢结果呢？我要拉黑，拉黑你。哎，我就是一坑导师的主，分分钟可以让导师拉黑我，不过我发现了还有更多花样坑法。# 乱花经费 #某师妹研一一年买普通耗材花了她老板 10 万多，10 万多？一个人花了好几个硕士再加上一个博士的钱。问题是啥也没做出来？！没做出来？# 结婚生子 #某传奇学姐，考上研究生后就去结婚生孩子了，还有研究做着做着觉得太难，干脆生个孩子先，然后回来就可以换个容易点的课题。有孩子嘛，导师又能怎么样呢？# 安全事故 #某师弟，大概天生就不是科研的料吧，进实验室以后，不是触电，就是把仪器搞坏了。学化学生物的童鞋都知道仪器死贵，触电那不就是安全事故。结果这导师可想而知

在经济学中，有宏观与微观之分。SCI 写作同样如此，宏观上，你要知道各个部分的要求、大致框架；微观上，通过不断的锻炼、写作，从而提高自己遣词造句的能力。没有宏观上的把控，写作的时候往往拿捏不准，丢东落西。就像国庆阅兵时的领头标兵，只有方向对了，才能引领队伍正确前行！话不多说，下面就一起翻开 Abstract 修炼手册。主要介绍主流的结构化摘要。跟着我左手右手一个慢动作，燥起来！Abstract ，也就是摘要。主要分为以下四个方面：Background (背景)/ Purpose (目的)；Materials (材料)/Methods (方法)；Results (结果);Conclusion (总结)。为什么要写它（Why）？个人觉得，Abstract 就是一篇文章的「门面担当」，「颜值巅峰」。作为审稿人，每天收到的文章千千万，如何才能让他们「弱水三千，只取我们这一瓢呢？」。摘要就是心理学当中常说的「第一印象」，一个高端大气上档次的摘要，往往能够吸引到审稿人的眼球，增加文章被接收的可能。既然能够用颜值征服对方，为什么还要耍才华呢？怎么写（How）?第一要务就是干货，一定要是满满的干货，要

第一步我们讲解了如何利用 Web of science 和 Pubmed 获得各个期刊在特定领域内发文数量的情况，今天第二步就要和大家讲解如何利用第一步获得的列表，进一步了解各刊的具体情况。以我们上次获得列表为例（图 1），优先了解发文数前 10 位的杂志。我们先评估排在第一位的 Oncotarget。第二步：评估各杂志的难易程度01 Medsci（梅斯医学）http://www.medsci.cn/sci/相信各位老司机对梅斯并不陌生了，但往往可能只是利用它查询影响因子，但其实它的内容很丰富，我们可以好好挖掘。打开网页，搜索「Oncotarget」， 可以看到期刊的年文章数，与手动搜索 Pubmed 的结果比较，发现数据有出入，但不会差太多（图 2）：点击期刊名，进入详情页，我们需要以下几个信息 ① 审稿速度；② 命中率；③ 近四年影响因子变化；④ 中国人发文比例；⑤ SCI 分区及中科院分区、网友评论（图 3）：每个人考虑的因素不同，对我而言，这几个因素的权重分别是：审稿速度（为网友添加，变化很大，但可用来排坑，免得一审半年却拒稿，让自己十分被动）> 年发文数（发文量大的杂志

原来想给你们找找看有没有什么更好看一些的信号通路工具，但最后发现了这个：CAMP，大家应该也都知道，信号通路最初始是从膜受体接受到信号后，往下传递的。而很多膜受体，也是药物治疗靶标和肿瘤标记物。CAMP 就是用来搜索信号通路中膜受体相关信息的，比如，不同的肿瘤中，可能传递的信号通路也未必一样，不同的影响，对肿瘤的生存预后也不一样。比如，给你们搜一个 EGFR：就出现了这么一个简陋的 Network 图……我们也可以通过筛选，选择不同的肿瘤：实际上这个 Network 图上，也会直接显示相关的肿瘤以及信号通路的信息，比如，点到这个胰腺癌：除了表达有差异的基因，还有相对应的 EGFR 在胰腺癌中的生存曲线：同时也会显示出 EGFR 已知有证据的互作蛋白等等：点进去，则是互作的具体实验方法等信息：当，点到信号通路的时候，则会显示 EGFR 相关的这个信号通路在肿瘤中的生存曲线……以及信号通路中这些蛋白，对于 EGFR 表达的相关性：如果你是研究膜蛋白的话，CAMP 可以给你一些相关的提示，比如，这个膜蛋白是否对于下游通路有影响，是否在其他研究的肿瘤中有差异等等。作为标书路上的简单提示也是好的