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9.16 Cell 揭示选择性启动子在肿瘤中的调节作用

① Cell 揭示选择性启动子在肿瘤中的调节作用许多基因具有多个启动子,这甚至可以导致相同的基因出现不同功能。癌症科学家缺乏对癌基因中选择性启动子(alternative promoter)的全面调查,以及不同的启动子是否会导致癌症患者临床行为的差异。在一项新的研究中,来自新加坡基因组研究所(GIS)等研究机构的研究人员设计出一种名为 proActiv 的专用软件,用于在全基因组范围内检测被激活的启动子,即活化启动子。proActiv 中的基础算法适用于 RNA 分析数据,该数据通常由全球数百个研究癌症的实验室产生。他们将 proActiv 应用于从 1.8 万多个癌症样本中收集的大量公开数据,并发现癌基因中的启动子经常不同于未患癌症的人体中的基因启动子。他们还发现了与癌症患者存活率相关的特定活化启动子,这代表了一类新的生物标志物。原文检索:A Pan-cancer Transcriptome Analysis Reveals Pervasive Regulation through Alternative Promoters ② PNAS:帕金森病并不是一种朊病毒病,而是一种淀粉样变

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9.18 Nature 子刊:IL- 17 激活 NOTCH 信号通路,参与细胞增殖

① 华中科技大学 Cell 发现全新感受冷的受体蛋白家族来自华中科技大学生命学院,教育部分子生物重点实验室的研究人员发现了谷氨酸受体基因编码感受冷的受体,这是进化上非常保守的全新感受冷的受体蛋白家族。研究人员首先以秀丽隐杆线虫为模型,通过无差别正向遗传学筛选的方法,筛选出一个谷氨酸受体蛋白 GLR- 3 能够直接感受低温,并能激活其表达的神经元,介导线虫的逃避反应。更重要的是,该谷氨酸受体蛋白 GLR- 3 所相对应的脊椎动物,如斑马鱼、小鼠和人类的同源谷氨酸受体蛋白 Gluk2,同样具有感受低温的功能,并在小鼠的背根神经节(DRG)得到实验证明。该工作发现谷氨酸受体蛋白 GLR- 3 /Gluk2 能够感受低于 18 摄氏度的低温,是目前科学界发现的首个低温冷受体,并且其感受低温的功能不受其离子通道功能的影响,是偶联下游 G 蛋白来行使其冷信号传递功能。原文检索:A Cold-Sensing Receptor Encoded by a Glutamate Receptor Gene ② Nature 子刊:IL- 17 激活 NOTCH 信号通路,参与细胞增殖近年来的研究发现,Th1

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发展ILC2的知识天生有趣,还是被虫蛀的奇迹

寄生虫很吸引人。当我们惊叹于它们错综复杂的生命周期时,我们永远不会厌倦在吃寿司、乌冬面或蓝眼睛时向我们所爱的人讲述他们病态的病理细节(当然,我们没有意识到,在这个过程中表现出的迟钝……),我们不能忘记故事的另一个同样迷人的方面:宿主对感染的反应。有人认为,脊椎动物的整个免疫系统进化几乎完全是为了应对寄生虫的感染。这种“2型”免疫与通常控制抗病毒或细菌免疫的反应(“1型”免疫系统)有很大不同,它利用了许多独特的成分,包括先天的和适应性的。然而,有一个特殊的方面- - -2型先天淋巴细胞(ILC2)的作用,在过去几年中一直受到关注;这不仅是由于发现这些细胞是2型免疫的关键介质,而且也是迄今未知的免疫细胞谱系的描述。在作为小鼠线虫感染模型的巴西尼圆体寄生虫的帮助下,ILC2大约在同一时间被许多研究人员鉴定出来,包括正常细胞、自然辅助细胞、多能祖细胞和2型先天辅助细胞。这些细胞在抗寄生虫免疫中扮演重要角色,其核心作用是发现ILC2是对寄生虫感染作出反应的强效先天白细胞介素(IL) -13的产生者。随着il - 4, IL-13是至关重要的细胞因子2型免疫和信号都通过一个共同的受体亚基(IL-4

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建立乳房组织来帮助了解乳腺癌

乳腺癌研究今天发表了一项研究,调查乳腺组织的生长,以及是否能在实验室中成功生长。乳腺癌是女性最常见的癌症。每年造成50多万人死亡。然而,人们对乳腺癌是如何开始以及如何发展成异常组织的还不是很了解。在正常乳腺发育和癌症中,细胞的行为方式有很多相似之处。理想情况下,人们希望有合适的正常乳房发育和功能的实验室模型,以解释癌症形成和发展过程中出现的问题。3 d文化模型培养细胞的使用对于解释动物生物学的工作原理至关重要。不幸的是,组织培养皿并不理想,因为从组织中分离出来的细胞最终被拉伸成薄片,而它们在培养皿中的局部环境非常僵硬。许多组织是柔软的,细胞总是以复杂的三维结构排列。所以在培养皿中,从组织中分离出来的细胞经常失去它们的正常功能,并且经常死亡。然而,软3D文化模型极大地改变了这一局面。几十年前我们就知道,在这些3D条件下,细胞可以形成类似组织的结构。乳腺细胞也会产生它们应该产生的特殊蛋白质,比如乳蛋白,它们也会持续相当长的时间。乳房组织架构乳腺组织由一个由中空管组成的分支网络构成,这些中空管内衬着“腔”上皮细胞,周围环绕着“肌上皮”基底细胞。除此之外,“基质”细胞形成组织周围的结构,使其具

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血小板来源的生长因子影响创伤后干细胞的增殖

今天发表在BMC医学杂志上的一项研究报告首次表明,血小板来源的生长因子通过招募间充质干细胞与骨折修复有关。在这篇客座文章中,共同作者Peter Giannoudis、Hiang Boon Tan和Elena Jones解释了这项研究。人们对利用干细胞重建因创伤或疾病而受损的组织和器官越来越感兴趣。干细胞是形成这些组织的成熟细胞的前身,可以在特定的化学和生物力学因素的驱动下形成成熟细胞和细胞外基质,从而形成模仿天然组织的替代组织。在过去的10 - 20年,重大的科学技术的开发和工业的努力一直集中在扩大的干细胞在人体外,但这些技术仍然昂贵和难以使用临床,尤其是因为干细胞动物试剂需要成长,这些试剂可以导致动物病原体传染给人类。另一方面,人类体内干细胞的行为,以及它们对损伤或疾病的反应,至今仍知之甚少。例如,目前尚不清楚干细胞在创伤后数量是否增加,以及它们是否能够通过血流迁移到受损组织,然后重建这些组织。此外,迁移的干细胞可以与组织驻留细胞相互作用,诱导它们进行必要的修复。虽然这在一些小鼠模型研究中已被证实是正确的,但小动物的生理机能与人类有显著的不同。创伤患者间充质干细胞在我们的研究中,我们

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诺贝尔奖得主是干细胞研究的灯塔

祝贺生物医学中心的John Gurdon爵士和Shinya Yamanaka,他们共同获得了2012年诺贝尔生理学或医学奖,因为他们“发现成熟细胞可以被重新编程成为多能细胞”。“干细胞再一次成为热门话题!在1962年约翰·古尔表明成年细胞保留所有必要的重建生物体遗传信息的细胞核替换一只青蛙卵细胞的细胞核成熟细胞从蝌蚪的肠道,从而表明(尽管不一定专业)成年细胞不可逆转地致力于一个命运。40多年后,山中伸弥(Shinya Yamanaka)证明,成熟的成体干细胞只需四种因素就能被重新编程成多能干细胞,几乎在一夜之间改变了干细胞研究的格局,并似乎带来了诱人的临床应用前景。从山中伸弥开创性的2006年出版《我们现在在哪里?》(where are we now?)也许,答案并不像许多人所希望的那么远,但也远远超出了许多人的想象!干细胞治疗的研究是一个充满活力和成长的领域,新的临床试验定期宣布。生物医学中心的干细胞网关是目的地的最新干细胞研究在我们所有的期刊上发表,在那里你可以保持更新新闻和第一篇文章的发表等发展干细胞临床应用研究和治疗的主题系列的干细胞,细胞再生和提交系统的一种新的再生医学研究杂

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了解诱导多能干细胞无脑畸形的发病机制

发表在《分子脑》杂志上的一项新研究报告了利用诱导多能干细胞(iPSC)对人无脑畸形的发病机制进行了表征。在这篇博客中,庆应义塾大学医学院院长兼生理学教授冈野秀之博士向我们介绍了更多关于基于ipsc的无脑畸形模型的知识。无脑畸形是一种先天性的大脑畸形。十年前,山中伸弥(Shinya Yamanaka)博士报道了获得诺贝尔奖的诱导多能干细胞(iPSCs)技术。除了它在体细胞重编程以成为多能性方面的意义之外,人们对ipsc技术也越来越感兴趣,包括应用于医学和开发新的治疗干预手段,使用基于细胞的再生医学和疾病建模。我和我的同事一直在使用ipsc技术对神经和精神疾病进行疾病建模。我们已经从30多种神经和精神疾病中建立了iPSCs。这些疾病可分为儿童神经系统疾病、影响感觉器官的遗传性疾病、精神疾病和迟发性神经退行性疾病。在我们发表于《分子脑》的文章中,我们报道了严重的儿童神经系统疾病无脑畸形的特征。无脑畸形是什么?无脑畸形是最严重的先天性脑畸形之一,表现为大脑皮层分层紊乱。“无脑畸形”这个名字的意思是“光滑的大脑”,因为大脑表面由于旋转不足而显得光滑。根据小鼠模型和人类遗传学的研究,已假定发育中的

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9.19 Nature:揭示组蛋白标记 H3K36me2 招募 DNMT3A 并影响基因间 DNA 甲基化

① Nature:揭示组蛋白标记 H3K36me2 招募 DNMT3A 并影响基因间 DNA 甲基化塔顿布朗拉赫曼综合征(Tatton–Brown–Rahman syndrome, TBRS)是一种儿童过度生长障碍,是由生殖系 DNMT3A 突变导致的。儿童期巨脑畸形综合征(Sotos syndrome)是由 NSD1 的单倍剂量不足引起的,其中 NSD1 是组蛋白甲基转移酶,催化组蛋白 H3 在 K36 位点发生二甲基化(H3K36me2)。在一项新的研究中,来自美国哥伦比亚大学欧文医学中心、洛克菲勒大学和加拿大麦吉尔大学等研究机构的研究人员报道 NSD1 介导的 H3K36me2 是在基因间区域招募 DNMT3A 和维持 DNA 甲基化所必需的。这项新的研究揭示了一种跨染色质调节途径,这种调节突进将异常的基因间 CpG 甲基化与人类肿瘤生长和过度发育相关联在一起。原文检索:The histone mark H3K36me2 recruits DNMT3A and shapes the intergenic DNA methylation landscape ② Nature 突破性

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Endnote 怎么导入文献?

参考文献的插入是写文章时必不可少的环节,也是一件让很多初入科研界的同学头疼的事情。Endnote 是一款非常好用的工具,但在使用过程中经常遇到各种问题。今天,笔者就为大家系统详细的介绍 Endnote 的文献格式插入方法,让你写文章的时候没有「后顾之忧」。一、软件使用前事项Endonote 软件安装后,会发现:Endnote 没有出现在 word 或者 WPS 的菜单栏中。解决方法很简单:找到 word 的加载项,转到 COM 加载项,在此勾选 Endonote 选项即可。二、软件的使用与文献导入1. 熟悉软件界面首先,熟悉软件的界面,了解常用模块的功能。如下图:2. 文献插入的一般步骤接下来,笔者将演示如何在 word 文档中插入一篇想要引用的文献。2.1 文献检索首先,在 Endnote 软件中检索需要的文献。在「在线检索」区域,选择一个常用的数据库(如, web of science),在「Title」行输入文章的题目,点击确认,就会显示搜索结果。有时因为题目中的特殊符号,文献搜不到,则可选择截取关键词,再利用「author」、「year」来搜索。单击选中文献,右侧会显示文献的详

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检测融合基因的方法有哪些?

最近融合基因大火,目前获批的药物有很大一部分也是针对基因融合的,比如前一阶段大火的 NTRK 融合以及肺癌中经常被提起的 ALK 融合等。融合基因检测方法较多,小编整理了 7 种融合基因的检测方法:一、qRT-PCR理论上可检测融合 partner 和融合亚型,但是只能检测已知融合形式或者已知亚型,无法检测未知融合 partner 和亚型。PMID:19136943,IF:41.577,Nature 2009 Mar 05;458(7234)1、TICdb:肿瘤相关染色体易位数据库网址:http://www.unav.es/genetica/TICdb查找目的基因的融合对象以及融合基因序列。2、COSMIC:肿瘤相关的体细胞突变、融合基因数据库。网址:http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic3、CGAP:肿瘤相关染色体异常及融合基因数据库网址:http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman勾选此处结构异常,选择疾病名称。例如:Acute myeloid leukemia 可查询相关疾病中的常见融合基因。CGAP 应用举

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乳腺癌脂肪组织,造成麻烦的大块头邻居

客座作者凯瑟琳·穆勒教授和艾米丽·克莱门特解释了脂肪细胞是如何帮助病人抵抗乳腺癌药物的。在发表于《乳腺癌研究》(Breast Cancer Research)的一篇文章中,来自里昂癌症研究中心(Cancer Research Center)的查尔斯•杜蒙特(Charles Dumontet)的团队表明,乳腺癌周围的脂肪组织增强了对曲妥珠单抗(trastuzumab,或赫赛汀)的耐药性。曲妥珠单抗是一种靶向癌基因HER-2的单克隆治疗抗体。脂肪组织对癌症的犯罪不断上升,然而,它似乎是如此无辜的开始!脂肪组织:在看似温顺的外表下,隐藏着一个非常活跃的组织乍一看,脂肪组织似乎是一个相当单调的组织,主要由脂肪细胞,脂肪储存细胞组成。这些球状细胞含有一个大的脂质液泡(由甘油三酯组成)。它们的主要功能是通过储存多余的脂肪,并在需要时以脂肪酸的形式释放,来维持能量平衡。然而,脂肪细胞不仅仅是一个被动的“脂肪贮存器”。我们现在知道它还有其他非常活跃的功能:它产生和分泌许多生物分子,如激素、生长因子和促炎细胞因子,这是一组名为脂肪因子的分子。脂肪组织还含有其他细胞,它们的数量比脂肪细胞少,在组织切片上几

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9.23 上交复旦Science子刊揭示靶向YY1有望治疗糖尿病肾病

① 上交复旦Science 子刊揭示靶向 YY1 有望治疗糖尿病肾病转化生长因子β1(TGFβ1,由基因 TGFB1 编码)已被确定为糖尿病肾病产生的主要致病因子。然而,当前的拮抗 TGFβ1 的策略未能在临床试验中表现出有益的治疗结果。在一项新的研究中,来自中国上海交通大学和复旦大学等研究机构的研究人员为了鉴定出一种不同的治疗方法,设计出一种基于质谱的 DNA-蛋白相互作用筛选方法,以便发现与 TGFβ1 启动子结合的转录阻遏物。他们鉴定出一种称为阴阳 1(Yin Yang 1, YY1)的蛋白分子是一种强效的 TGFβ1 阻遏物。研究表明,在糖尿病小鼠患上糖尿病肾病的过程中,YY1 是一种强效的 TGFβ1 转录阻遏物,靶向 YY1 的小分子可能成为一种有前途的治疗糖尿病肾病的方法。原文检索:Yin Yang 1 protein ameliorates diabetic nephropathy pathology through transcriptional repression of TGFβ1 ② Science 子刊:揭示免疫系统功能失调参与化脓性汗腺炎产生化脓性汗腺炎(h

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9.20 Nature:母体维生素 C 调节 DNA 甲基化重编程和生殖细胞产生

① Nature:母体维生素 C 调节 DNA 甲基化重编程和生殖细胞产生哺乳动物生殖系经历广泛的 DNA 去甲基化,这在很大程度上通过连续细胞分裂对甲基化进行被动稀释而发生,并且伴随着 TET 酶对活性 DNA 的去甲基化。人们已发现 TET 酶活性受到诸如维生素 C 之类的营养物和代谢物的调节。在一项新的研究中,来自美国加州大学旧金山分校等研究机构的研究人员发现母体维生素 C 是小鼠模型中的正确 DNA 去甲基化和雌性胎儿生殖细胞产生所必需的。母体维生素 C 缺乏并不影响整体胚胎发育,但会导致生殖细胞数量减少、减数分裂延迟和成年后代的生殖力下降。这些研究结果表明妊娠期间维生素 C 缺乏部分地再现了 TET1 丢失,并为根据环境条件调整生育力提供了一种潜在的代际机制。原文检索:Maternal vitamin C regulates reprogramming of DNA methylation and germline development ② AJHG:研究发现数百个易致癌基因近日,Xingyi Guo 博士、Zhishan Chen 博士及其同事利用来自多个公共资源的基因

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如何更有效运用 CRISPR-Cas9 技术开展研究?

我们知道 CRISPR 技术可以在基因组水平对目标基因进行激活上调、转录抑制以及缺失。那使用 CRISPR-Cas9 技术需要考虑哪些问题?今天在这里给出几点建议供大家参考。一、 选择合适的基因功能研究技术Activation,repression 或者 deletion 到底该选择哪个?以 lncRNAs 为例,如果研究的 lncRNAs 在选择的细胞模型中是有表达的,那 CRISPR-del 和 CRISPRi 两种基因功能缺失 (LOF) 策略是不错的选择。但是通常情况下没有研究能够告知哪种技术对于 lncRNAs 的研究更加有效。CRISPRi 只需要构建 1 个 sgRNA,而 CRISPR-del 则需要构建至少两个 sgRNA。而当研究的 lncRNAs 在选择的细胞模型中不表达时,CRISPRa 功能获得 (GOF) 策略就成为非常有效的方法。从治疗角度来看这个问题,功能缺失 (LOF) 策略优于功能获得功能获得 (GOF) 策略,原因是已经有很多 ASO 功能抑制药物,其原理也是功能缺失 (LOF)。理想情况下,具体实验应该使用多种不同技术来确保实验结果的敏感性

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PubMed 只会简单检索?2大高级检索姿势,帮你找准文献!

今天就带领大家解锁 pubmed 检索文献的 2 大最实用的检索技巧,帮你找准文献!自然语言检索以「Lung cancer」为例进行自然语言检索。1. 在检索栏中输入一个或多个检索词系统默认空格为 AND 检索, 运算符需大写AND 提供的运算方式即不管所输入的两个关键词语所出现的位置在哪,只要他们都出现在索引文章的某一处,就将其列出。2.布尔逻辑运算式 (OR)检索至少含一个关键词的数据这个是用于检索同义词或者词的不同表达。OR 提供的运算方式即将出现至少一个关键词的文章列出,这种运算在想将相似主题的文章罗列在一起时,十分有效。3. 布尔逻辑运算式 (NOT)排除含某一特定关键字的数据NOT 运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去。但是在使用的时候要特别注意,会有可能将一些你所需要的文章漏掉。4. 截词符作为通配符进行截词检索PubMed 允许使用 _号作为通配符进行截词检索。如:键入 bacteundefined,系统会找到那些前一部分是 bacter 的单词 (如如:bacteria、bacterium 等),并对其分别进行检索。5. 强迫短语符用双引号来强制系统进行短语检索如:输

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酵母工厂:通过进化来设计生物乙醇的生产

这篇文章最初发表在BioMed Central的杂志Biome上。为了创造真正可持续的生物燃料,研究人员正在研究从废弃的植物干物质(如木头和稻草)中生产生物乙醇的方法,这些物质被称为木质纤维素原料。工业酵母(S. cerevisiae)已经被用于从富含葡萄糖的作物(如玉米和甘蔗)中生产生物乙醇,但在发酵废弃木质纤维素原料中发现的戊糖(d -木糖和l -阿拉伯糖)时效率不高。植物的木质部分也具有抗酶降解性,需要热化学预处理来释放可发酵糖。这一额外步骤的副作用是产生抑制下游酶转化的抑制剂。比利时鲁汶大学的Johan Thevelein和他的同事们最近在《生物燃料生物技术》杂志上发表了一项研究,他们通过培育一种工业酵母的转基因菌株来应对这些挑战。利用进化工程策略,研究人员能够提高酵母菌将d -木糖转化为乙醇的能力。通过插入真菌和细菌的酶基因,已经培育出转基因酵母菌株来发酵戊糖。然而,这些单倍体实验室菌株不能很好地转化为工业环境,在大规模批量发酵中不如二倍体商业酵母菌株那么健壮。Thevelain和他的同事们通过插入两个含有戊糖和阿拉伯糖代谢相关基因的表达盒,在乙醇红色工业酵母株中设计了新的代

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酵母木质纤维素转化的优化工程

进化工程师已经培育出一种新的酿酒酵母菌菌株,它可以从农业和木材废料的原料木质纤维素中发酵乙醇。罗莎·加西亚·桑切斯(Rosa Garcia Sanchez)和同事们通过在连续培养中施加选择压力,加速了酵母的进化,最终形成了一种能够将戊糖、木糖和阿拉伯糖完全转化为乙醇的生物体。定向进化的过程似乎并不是转基因技术的显著进步,而且很容易与古代的人工选择方法进行比较。进化工程学的一个警告是,新的有益突变不太可能发生。野生型酵母根本不能发酵戊糖,最初通过插入来自其他真菌(毕赤酵母)和细菌的必需基因,培育出了用于戊糖发酵的转基因亲本菌株。然而,与许多转基因生物一样,转基因酵母菌株的遗传稳定性和效率都不够高,不能给工业带来最大的效益。只有将现代的基因插入方法与更经典的选择策略相结合,才能准确地实现理想的基因修饰。考虑到新基因材料的元基因组数量和我们产生复杂得惊人的克隆的能力,在已经发生的吝啬的选择过程中,有必要考虑破译和操纵最小基因单位功能的成本。通过仔细研究进化工程中发生的遗传和代谢转变,我们也获得了构建转基因生物最有效方法的新科学见解。

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Scholarscope-好用的 PubMed 文献管理插件

今天给大家安利一个无需翻墙,且集多种实用功能于一体的国产插件 Scholarscope。该插件是国内某位具有奉献精神的爱心人士于 2017 年下半年开发出来的。进入网站后页面是这样的:然后点下载选项,从本网站直接下载(我觉得只要是谷歌内核的浏览器应该都可以,本人使用的是猎豹浏览器),安装成功后进行设置。设置好后我们进入 PubMed 看看效果:点击感兴趣的文章去看摘要。右侧有两排实用小工具,可分别按类别(已读,想读,喜欢)进行收藏。而且可以微信扫码分享,然并无卵用。下次想再次浏览该文章时可直接进入查看。该插件的主要功能介绍完毕,但还有一些实用小功能。可以制作 PubMed filters。先点击在线工具箱,就可以设置了。进入 PubMed filters,并输入 10 - 20 的范围,很贴心地自动出现一系列数字代码,复制到剪贴板,然后粘贴到 PubMed filters 制作框,然后我们来试验一下, filters 制作成功。我们可以根据自己的习惯定制自己喜欢的影响因子范围。还有其他使用小功能可以自行摸索,总体来说使用起来还是挺方便的, 大家快去试试这个插件吧~

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9.24 清华大学程功教授 Nature 子刊报道调控登革病毒传播关键因素

① 清华大学程功教授 Nature 子刊报道调控登革病毒传播关键因素铁缺乏症是一个在自然界中广泛存在的营养学难题。根据 WHO 的报道,铁缺乏症在非洲、南美洲、东南亚等地区广泛分布。2019 年 9 月 16 日,清华大学医学院程功教授团队通过一系列筛选,首次发现宿主血清中铁离子含量与蚊虫吸血获取病毒的能力高度负相关,首次证明血清铁离子浓度是阻抑蚊虫获取病毒感染的关键负调控因素。进一步研究结果显示,血清中铁离子进入蚊虫肠道后,可被肠道细胞的铁代谢系统直接利用,抑制细胞内的抗氧化酶基因表达,导致蚊虫肠道中活性氧 (ROS) 水平大幅提高,最终阻抑病毒在蚊虫体内的感染扩增原文检索:Host serum iron modulates dengue virus acquisition by mosquitoes ② Nat Nanotech:新型纳米胶囊高效输送 Cas9 核糖核酸蛋白复合物用于体内基因组编辑编辑遗传密码的新工具为遗传性疾病、某些癌症甚至顽固病毒感染的新疗法带来了希望。但是,将基因疗法传递到身体特定组织的典型方法可能是复杂的,并可能导致令人不安的副作用。威斯康辛大学麦迪逊分校的

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靶向 GP2 蛋白的埃博拉病毒抑制剂虚拟筛选策略

埃博拉病毒(EBOV)复制周期中的关键步骤会涉及到病毒糖蛋白 2(GP2)的构象改变,从而促进宿主 - 病毒膜融合,释放病毒基因组的过程。这个蛋白的作用和 HIV 的 GP41 的作用机制类似。这篇文章针对 EBOV 的 GP2 蛋白为靶点进行虚拟筛选,所选用的分子库包含大约 170 万个分子,使用传统的 DOCK 软件进行对接,从排名前列的化合物中,选出 165 种购买并进行生物活性检测,发现了 4 个良好的候选化合物,其 IC50 在 3 - 26uM 之间。在随后的分子动力学模拟中,发现了结合相关的作用大多涉及到了 7 个高度保守的氨基酸残基,这个发现对未来 EBOV 的抑制剂研发有重要的指导作用。主要思路大体思路很经典,第一步分子对接,然后选择得分靠前的化合物进行生物学实验验证,然后进行分子模拟解释实验现象。现在就来对这篇文章进行解析。细节展示1. 蛋白靶标区域选择蛋白:2EBO对 GP2 的结构进行分析,在 CHR(599 - 632)区域分析出范德华力以及静电力贡献最大的残基,作为参考配体。删除 2EBO 的 C 链残基 A609 到 F630,以便使指定的对接靶点区域暴露

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