今天推荐的 2 款写作工具，不仅可以帮你检查文章错误，还能免费查重～PaperRater网址：https://www.paperrater.com/一个使用非常方便快捷的在线网站，无需注册直接免费使用。主要功能包括 Grammar Check（语法检查）、Writing Suggestions（写作建议）、Plagiarism Checking（抄袭检查）1、Grammar Check 和 Writing Suggestions通过强大的语法检查，可以帮你找出文章中的语法错误之处并帮助你进行纠正。在输入一段文字以后，会需要对你的学历、文章类型等进行选择，选择好以后直接点击获取报告即可。报告中会根据你的内容提出一些建议，用词和语法等等，最大化的帮助你对文章进行修改。2、Plagiarism Checking查重功能也是免费的，之前有人推荐用这个网站查重，但是使用以后发现查重效果一般，不过大家可以也尝试一下，反正是免费的。Plagiarisma网址：http://plagiarisma.net/邮箱注册即可，注册后获取使用权限。Plagiarisma 的广告语就是「为老师和学生提供免费在线

① 禁食可以减少炎症，且不会降低免疫力！Cell 最新文章又一力证我们知道热量限制会改善炎症和自身免疫性疾病，但对于减少热量摄入，控制炎症的机制却知之甚少。西奈山研究人员利用人体和小鼠免疫细胞进行研究，结果发现间歇性禁食可减少血液循环中称为「单核细胞」的促炎细胞的释放。进一步的研究表明，在禁食期间，这些细胞会进入「睡眠模式」，而且比未禁食的人体内发现的单核细胞更少。这项新研究指出，短期和间歇性禁食可以减少慢性炎症，改善慢性炎症性疾病，而且不会影响免疫系统对急性感染的反应。原文检索：Dietary Intake Regulates the Circulating Inflammatory Monocyte Pool ② Nat Biotechnol 重大进展！揭示干细胞移植排斥反应的新机制一项由加州大学旧金山分校（UCSF）移植和干细胞免疫生物学 (TSI) 实验室与国家心脏、肺、血液研究所 (NHLBI) 移植基因组学实验室、斯坦福大学合作完成的最新研究表明成熟到 ipsC 转换过程可以使线粒体 DNA 发生突变。这些突变可以触发免疫反应，导致小鼠和人类排斥诱导多能干细胞，以及更普遍的

今天小编给你们讲这个用来分析信号通路间联系的神奇工具——Sign ：我们就随便搜一个P53：结果就是这样一个复杂的信号通路图：告诉你涉及的信号通路，以及基因信息，还有就是基因间的关系。实际上这些关联性，一是靠数据库的分析，二就是靠文献分析获得的，所以有的关联并不是那么牢靠。所以提高一点关联性分数来筛选的话，可以去掉一大批乱七八糟的 Node：往下拉，下面就是这种关联所代表的含义，比如上调 P53 的乙酰化、磷酸化等等……这也是可以筛选的（比如我选了个磷酸化/上调）：当然，这个关联分析的工具里，不光包含了基因，比如我搜一个 STAT，就会出现类似名字的化合物：还能搜到 JAK/STAT 信号通路：上次给你们讲 JAK/STAT 信号通路的时候，有人问，STAT 的磷酸化位点不是 727 么？为什么小编只说 705？我们可以看一看 STAT 的关联图：在这个关联图下面，有相对应的 STAT 常见磷酸化位点，以及对这几个位点进行磷酸化的基因：你们可以看到在 JAK/STAT 里，JAK 对于 STAT 的磷酸化位点就是 705，而 727 是由 MAPK 以及 mTOR 对其磷酸化的位点。还

当文献越来越多，如何管理文献就成了一个大问题。目前大家在用的文献管理软件至少有几十种，其中主流的有：Endnote、Mendeley、Zotero 等。今天我们就来盘点分析，对比那些常见主流文献管理软件的优缺点，帮助大家在众多文献管理软件中，挑选出最适合自己的文献管理软件～1.EndNote官网：https://endnote.com/product-details/ Endnote 是 SCI（Thomson Scientific 公司）的官方软件，支持国际期刊的参考文献格式 3776 种，写作模板几百种，涵盖各个领域的杂志，提供桌面版和网络版。如果需要编写 SCI 稿件，那么采用此软件会更方便。这个文献管理工具不用说都知道是使用率最高的！优点：1）系统资源占用小，功能扩展性强，能管理的数据库没有上限。提供 Word 插件，支持边写论文边插入参考文献并调整顺序或删除，编号也会及时更新，如分章节插入参考文献和新建/修改参考文献导出的格式；个人文献管理很清晰，如导入 PDF 后，Endnote 会自动获取文献信息并进行排版，更新题录，有很多杂志的模板可以参考；内嵌多种数据库，可在软件内进

① Science 热评：生男生女或许可以自己决定！科学家通过改变精子速度选择后代的性别！在一项新研究中，来自广岛大学的 Masayuki Shimada 和他的同事利用这些基因差异对「雄性」老鼠精子和「雌性」老鼠精子进行了分类，他们于 8 月 13 日在《PLOS Biology》上发表的这项新研究表明，可以用一种简单的、可逆的化学疗法分离出携带 x 染色体的精子和携带 y 染色体的精子，从而使正常的男女后代比例发生戏剧性的变化。作者发现，近 500 个基因只在携带 X 染色体的精子中活跃，其中 18 个基因编码受体；由于它们对配体刺激的反应功能，使得它们成为操纵精子的良好候选分子。他们将注意力集中在一种名为 toll 样受体 7 / 8 的特殊基因上，这种基因只在 X 染色体精子中表达，编码精子细胞尾部和中段的两个受体。科学家们将老鼠精子放入含有相应作用分子的混合物中，这些分子会与受体结合并激活它们。他们的研究结果表明，这些分子减缓了 X 染色体精子的能量产生，而对 Y 染色体精子则完全没有影响。他们表示，这种影响是由于精子内能量产生的受损，如果将这种化学物质从培养基中去除，就可以

对于许多人来说，使用 R 作图依然存在一定的障碍，所以我在这里简要介绍一下如何使用 Excel 作图，主要讲一下思路和配色方案。配色方案R 作图让人觉得眼前一亮的最重要原因就在于它内置的配色方案：而 Excel 默认配色方案（页面布局 - 主题 - 颜色）：真的是没有对比就没有伤害啊。不过 Excel 提供了自定义颜色的选择，我们可以创建自定义颜色组并保存，可以方便调用。提供一组配色方案（RGB）：作图思路（以散点图为例）首先看一下 R 输出的散点图：（R 3.3.2）原始数据请在生物学霸对话框回复「数据」，即可免费领取。命令行：而 excel 直接作图，效果如下：使用以下思路进行调整：1、调整背景区绘图区 - 填充 - 纯色填充（最浅灰色）绘图区 - 主要网格线设置（横/竖）- 颜色（白色）2、调整 X 轴和 Y 轴坐标X 轴设置为（0 到 41）；填充 - 无填充；线条 - 无线条；Y 轴设置为（6 到 12）；填充 - 无填充；线条 - 无线条3、删除不必要元素删除「图表标题」4、调整图例将图例设置为「靠右」5、图表轮廓将图表轮廓设置为「无轮廓」调整完毕后，效果如下：所以，Exc

① Science 子刊：联合激活 GHSR1α和 DRD1 有望治疗阿尔茨海默病海马体突触病变是阿尔茨海默病（AD）中最早的变化之一，也是定义阿尔茨海默病的一种病理学特征。目前针对阿尔茨海默病的治疗努力并不能有效地校正海马体突触缺陷。生长激素促分泌素受体 1α（GHSR1α）对海马体突触生理学至关重要。在一项新的研究中，来自中国山东第一医科大学和美国德克萨斯大学达拉斯分校的研究人员报道 β-淀粉样蛋白（Aβ）直接结合 GHSR1α，抑制 GHSR1α受体，从而阻止 GHSR1α活化。这种结合还可阻断 GHSR1α 介导的多巴胺受体 D1（DRD1）活化，从而导致突触可塑性损伤和记忆丧失。这些数据揭示了阿尔茨海默病中海马体易损性的机制，并提示对 GHSR1α和 DRD1 进行联合激活可能是治疗阿尔茨海默病的一种有希望的方法。原文检索：Disrupted hippocampal growth hormone secretagogue receptor 1α interaction with dopamine receptor D1 plays a role in Alzheimer′s

经典的 CRISPR/Cas9 系统具有较多优点，却存在很高的脱靶风险——不仅切割其靶向目标位点，在具有相似序列的位置也可能会发生切割 [1]。下面给大家介绍一下 CRISPR 脱靶的检测方法。目前有很多可以设计 gRNA 并预测脱靶位点的网站，除了常用的 elevation 和 CRISPOR 外，还有 synergizing CRISPR 以及 deep CRISPR 等模型。但是如何从计算机的模拟预测中挑出一个完美 gRNA 呢？目前是 gRNA 切割后，测序检测其脱靶位点。但是还有预测工具是否可靠，预测范围外是否脱靶，如何高通量检测脱靶位点等很多问题需要解决。所以科学家们正在积极寻找简单高效的检测 CRISPR 脱靶方法。细胞外检测方法1、Digenome-seqDigested genome sequencing，通过核酸酶切割提基因组 DNA，高通量测序，生物信息学分析来检测脱靶情况——显然这种脱离细胞本身的检测方法无法检测真实细胞内发生的突变 [2]。2、CIRCLE-seq将提取的 DNA 断裂成 300 bp 后再环化，加入 gRNA 和核酸酶，含有靶标序列的环形 D

大多做科研的童鞋们大概都会遇到一个头疼的问题：怎么找文献？如何保证找到的文献都是相关领域的经典文献？本文教你如何根据 H5 指数查找相关领域的高精尖经典文献。首先来了解一下什么是 H 指数、H5 和 H5 中位数？H 指数（H-index）：于 2005 年由美国加州大学学圣迭哥分校物理学家 Hirsch 教授提出，用于评价个人学术影响。Hirsch 将该指数定义为：若某位科学家的 Np 篇论文中有 h 篇论文每一篇的引量都至少为 h 次，且其他（Np-h）篇论文中每篇的引量都<= h，那么这位科学家的 H 指数即为 h。H5 指数：是指在过去整整 5 年中所发表文章的 H 指数；该指数打破了 H 指数不会随时间的推移而减少，只会增加或保持不变的情况。H5 中位数：是指出版物的 H5 指数所涵盖的所有文章获得的引用次数的中位值，即 H5 核内文献的被引频次的中位数。H5 中位数指数不考虑 H 核内的最低被引频次，而是考虑 H 核内所有文章的引用次数的中位值来评价期刊刊载的重大研究成果。（备注：H 核内是该评价标准中的一个专有名词）谷歌学术计量（GSM：Google Scholar

① 中国科大 PNAS 揭示 NK 细胞终未成熟调控新机制天然杀伤细胞（Natural killer cells, NK cells）是免疫系统的重要组成部分，在机体抗病毒和抗肿瘤中发挥重要作用。IL- 15 是调控 NK 细胞发育成熟、存活增殖及效应功能的关键分子，目前对 IL- 15 信号通路的负相调控及其对 NK 细胞成熟与功能的影响研究尚少。中国科学技术大学生命科学与医学部等处的研究人员发现 IL- 17A 通过上调 SOCS3 抑制 IL- 15 信号以阻碍 NK 细胞发育成熟，一方面提示 IL- 17 对于 NK 细胞的过度活化具有约束效应，以阻止过度免疫应答或维持 NK 细胞免疫功能的稳态；另一方面也提示阻断 IL- 17 通路，有利于恢复肿瘤或病毒感染时 NK 细胞的功能不足，有利于基于 NK 细胞的免疫治疗。该研究揭示了调控 NK 细胞发育成熟和效应功能的新机制，为基于 NK 细胞的免疫治疗提供新思路新靶点。原文检索：IL- 17 constrains natural killer cell activity by restraining IL- 15–driven

CRISPR 基因编辑技术自问世以来，就有着其他基因编辑技术无可比拟的优势，其应用在医学科研领域后，也不断的取得喜人的成果，进而迅速风靡于世界各地的实验室。那么 CRISPR 技术如此受到科研界的青睐，到底有什么过人之处呢？本文则揭开 CRISPR 神秘的面纱，让你快速掌握该基因编辑热门技术的精髓所在。CRISPR 原理及基本结构CRISPR/Cas 系统作为原核生物的免疫系统，可识别外源性遗传物质 DNA，并将其切断，沉默外源基因的表达。在该系统中，CRISPR 序列是由众多短而保守的重复序列区（repeat）和间隔区（spacer）组成的。Repeat 区含有回文序列，可形成发夹结构，而 Spacer 区则是被细菌俘获的外源 DNA 序列。其上游的前导区（leader）相当于 CRISPR 序列的启动子，此外还有一个多态性的家族基因（Cas 基因），其编码的蛋白可与 CRISPR 序列区域共同发生作用。CRISPR 功能实现的三个阶段第一个阶段：外源性 DNA 的采集（Foreign DNA Acquisition）当噬菌体病毒侵入宿主细菌后，病毒 dsDNA 被注入细胞中。此时，

① 傅嫈惠院士发现 ADRB1 基因能缩短人的睡眠时间！美国科学院院士傅嫈惠，和加州大学旧金山分校神经学家 Louis Ptáček 研究分析了几个家族，他们的睡眠时间只需要 6 个小时，而针对这个家族，研究人员发现了一个名为 ADRB1 的基因，在遗传连锁研究和全外显子组测序研究中，他们发现了这种新颖且非常罕见的突变。研究发现，这个基因编码ß1 -肾上腺素能受体，而这个蛋白的突变体版本稳定性较差，改变了受体的功能。这表明它可能在大脑中产生功能性后果。之后，研究人员在携带突变基因的小鼠中进行了大量实验。他们发现这些小鼠平均睡眠时间比普通小鼠少 55 分钟。（该基因的人类比平均时间少两个小时。）进一步的分析表明，该基因在背部脑桥中高水平表达，这是脑干的一部分，涉及潜意识活动，如呼吸和眼球运动，以及睡眠。原文检索：A rare mutation of β1 -adrenergic receptor affects sleep/wake behaviors ② Biomaterials：开发出一种无载体的多重基因编辑系统，可用于抗癌免疫疗法在一项新的研究中，韩国科学技术研究院（KIST）的

做科研最大的悲哀莫过于自己准备投稿了，别的课题组同样的内容已经在线了，这种事情在现实中经常出现，越是前沿的内容越是这样，个别的大牛或许可以将这样的结果扭转成背靠背发表，但毕竟还是少数。国自然申请对国内每一个课题组应该都不是小事，所以自然拿自己最有把握并且已经获得较多研究基础的内容用来申请基金，所有通过查询国自然相关内容就可以知道一些实验室在做哪些研究，也就是说通过查询自己课题的关键词，就能查到一部分相关结果，避免课题撞车，及时止损。具体方法如下：首先打开下面网址：http://fund.sciencenet.cn/可以根据自己需求在项目名称里输入任何关键词，例如 CRISPR 植物点击查询，即可出现下面结果：然后就去浏览吧，当然也可以设置各种筛选条件，较早一点的还会有结题报告。

固定是为了保持组织/细胞和活的时候状态一致，在组织学研究中经常会用到。在流式染色中，有的时候也会用到固定，今天就和大家来聊聊流式实验中固定相关的一些常见问题。1. 流式实验中，哪些情况下需要对细胞进行固定处理？检测细胞内指标我们在流式胞内实验时，比如检测细胞因子（如 IFN-γ）或者核内转录因子（如 Foxp3）的时候，在样本染完表面指标后，一般需要先进行固定（或者固定破膜一起），然后再进行破膜（打孔）以及后续的胞内指标染色操作。延长样本的保存，获得充足的上机时间最常见的情况是染色处理完已经到很晚，平台老师已经下班或者自己的身体已经扛不住通宵做实验了，这个时候需要对样本进行固定处理，放到第二天检测，这里的固是定为了保持检测指标的稳定性；另一方面，当样本特别多的时候，第一管样本和最后一管样本的时间间隔会很久，这种情况下考虑上机前做一下固定，保持前后数据的一致性，比如 CD11b 这个指标在白细胞中的表达会随着样本放置时间的增加而上调。生物安全性考虑做流式的同学们都知道，流式检测的样本多种多样，有可能我们接触的样本是疾病相关的，有的时候甚至是传染病相关的。比如临床检测的样本有可能来自于 H

不少研究中药或者小分子药物的同学想从研究的分子出发预测靶蛋白和相关的功能（比如信号通路），今天我们就来介绍三个工具。1. BATMAN-TCM网站链接：http://bionet.ncpsb.org/batman-tcm/这个网站我们以前介绍过，这里再简单说一下使用方法：以三七为例，第一步输入三七的拼音：san qi，第二步是确定参数：最后单击 Start 就可以了：等一下以后就出来结果了：2. STITCH网站链接：http://stitch.embl.de/ STRING 大家都用过，STITCH 与 STRING 用法相似，可以预测小分子化合物与蛋白的关系网络。同样以三七成分人参皂苷（Ginsenoside）为例：提交后的结果：下面的 Settings 是设置，可以用类似 STRING 的方式设置：Update 后的 network：Analysis 是预测功能预测：结果可以在 Tables/Exportes 导出：3. SwissTargetPrediction网站链接：http://www.swisstargetprediction.ch/我们可以直接根据化学结构预测，

circRNA 的数据库还是很多的，以下几个可供参考：1. circBase网站链接：http://www.circbase.orgcircBase 收集包括以下 6 个物种的 circRNA 信息：人 (hg19)、小鼠 (mm9) 、秀丽线虫 (ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库是目前相对收录信息比较全和完整的，数据也能下载，非常实用。2. Circ2Traits网站链接：http://gyanxet-beta.com/circdb/Circ2Traits 收集可能与疾病和性状相关环状 RNA 的综合数据库，该数据库通过预测 miRNAs 和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状 RNA 间的相互作用关系，构建了相互作用网络,　并对 miRNAs-circRNA 相互作用组中的蛋白编码基因进行了ＧＯ富集分析；此外，将与疾病相关的 SNPs 位点定位到 circRNA 基因座上，并鉴定了环状 RNAs 上的 Ago 相互作用位点。3. circNet网站链接：https://omictools.com/circnet-

① 华中科技大学最新研究：免疫机制参与心肌梗死后缺血性心力衰竭华中科技大学同济医学院附属协和医院心血管内科程翔教授研究团队发现了缺血性心力衰竭患者心脏局部 T 淋巴细胞免疫组库特征及免疫功能表型，在缺血性心力衰竭的免疫发病机制领域取得重要进展。这一研究团队发现在梗死后心力衰竭患者的心脏局部存在显著的 T 细胞应答；心脏局部的 T 细胞具有克隆扩增和组织特异性的表型，分泌促纤维化及促凋亡因子参与不良心室重构，且能再次进入外周循环；CLEC9A+树突状细胞及 HLA-DR+巨噬细胞参与心脏局部 T 细胞应答的调控；多个 HLA 等位基因与心脏局部 T 细胞应答相关，其中 HLA-undefined 11:01 和 HLA-undefined 46:01 或许能够作为遗传标志物用来预测心肌梗死后重度心力衰竭的发生发展。这项研究进一步证实了免疫机制参与心肌梗死后缺血性心力衰竭的发生发展，有望为心肌梗死后心力衰竭的预测和免疫学治疗提供更为精细的靶点。原文检索：Pathologic T-cell Response in Ischaemic Failing Hearts Elucidated by T-cell Recepto

① 北京基因组所 Autophagy 揭示去泛素化酶 USP33 调控线粒体自噬新机制PINK1 -Parkin 介导的线粒体自噬在线粒体质量控制过程中发挥着关键作用，其调控异常与人类神经退行性疾病发生相关。已有研究表明 Parkin 蛋白泛素化和去泛素化修饰参与线粒体自噬调控过程，但 Parkin 蛋白的去泛素化酶及其调控线粒体自噬的分子机制尚不清楚。中国科学院北京基因组研究所赵永良研究组首次证明去泛素化酶 USP33 定位于线粒体外膜，利用质谱分析和免疫共沉淀技术发现与 E3 泛素连接酶 Parkin 存在直接相互作用。细胞和体外实验证实 USP33 能够去除与 Parkin 相结合的 K6、K11、K48 和 K63 泛素化链。在线粒体解偶联剂 CCCP 处理下，敲低 USP33 会促进 Parkin 转位到线粒体，从而增强线粒体自噬并有效清除损伤的线粒体。这项研究揭示了去泛素化酶 USP33 在调控线粒体自噬方面的新机制，解析了泛素化和去泛素化动态平衡对线粒体自稳态维持的关键作用，相关研究为阐明线粒体自噬发生的分子机制和生物学功能提供了重要依据，为相关神经性疾病的防治提供了新的

今天给大家安利一个好用的数据库：CircInteractome（Cirular RNA interactome）可以说功能很强大了，下面我们来看看它有哪些功能吧。一、搜索 circRNA 的名字、序列、在基因组上的位置及结合的蛋白首先是 circRNA 的搜索：我们可以根据 circRNA 或者基因名进行搜索，比如以基因 Cul2 为例，在 Gene Symbol 后面的对话框中输入 Cul2，然后单击 circRNA Search：在新页面中就出现了这个基因来源的各个 circRNA，基因组的位置、长度及在什么样本中表达，单击 XLS 图标还可以下载：我们单击第一个 hsa_circ_0000234 后可以看到更加详细的信息：通过单击 location 可以在 UCSC 中查看位置：通过单击 Mature Seq 可以看到 circRNA 的序列：我们也可以看到预测到的与 hsa_circ_0000234 结合的 RNA 结合蛋白是 EIF4A3。当然，如果要反过来操作，根据 RNA 结合蛋白（RBP）来预测与之结合的 circRNA:在右侧的界面中，我们可以输入 RBP 或者 ci

单细胞组学技术的日渐成熟以及其独特的优势，使得其成为研究生物学问题的有利工具。其中，单细胞转录组测序所占比例更高，其在揭示细胞异质性、鉴定新的细胞亚群等方面的优势愈加明显。在进行单细胞转录组数据分析时，非常关键的一步是根据细胞的特征性基因和特征性生物学功能去定义每一个细胞亚群。但是，有些时候，我们并不能记住所有细胞的特征性基因；另外，即使我们通过差异分析鉴定出某个亚群的特征性基因，我们也无法确定这些基因可以定义哪种类型的细胞。面对这样的难题，我们常常想着是否有一种数据库，在这个数据库中，我们可以查看所有细胞类型的标志性基因；另外，当我们输入一个基因时，这个数据库就可以告诉我们该基因属于哪种组织、哪种细胞。今天，小编就向大家介绍一个非常友好的工具和数据库「CellMarker」数据库的交互网站首页长这样：研究人员通过对 10 万余篇已发表论文的手工整理，共收录细胞标记信息、组织类型、细胞类型、肿瘤信息、来源等 4124 条。最后，在 158 个人类组织中收集 467 种细胞类型的 13605 个细胞标记物，在 81 个小鼠组织中收集 389 种细胞类型的 9148 个细胞标记物。1、「Q