开学了！nature 又发福利了！这次邀请了六位专家讨论了创造力的重要性和意义，并就如何写一篇一流论文提出了建议。是不是很激动，那我们一起看看吧！论文虽然限制于严谨的结构，但这不意味着抵制创造性，内容引人入胜，语言风趣幽默也是完全可行的。若是令读者在愉悦阅读的情况下还能接收清晰的科学信息，无疑打造了双赢的局面。1 传达清晰信息Angel_BorjaAZTI~FTecnalia——海洋科学家同舟共济，精诚团结仔细考虑斟酌给读者传达的信息。含糊不清的信息只能是吃力不讨好。单丝不成线，Angel Borja 鼓励小组成员坐在一起寻求共识。不仅仅针对主要信息，包括数据选择在内的其他细枝末节的信息都应该在论文中一目了然。视野宽广，格局要大无数手稿被拒绝的原因是讨论部分暴露了作者没有吃透现存的文献。作者应该把他们的研究成果放在全球背景下证明什么使这些结果具有重大意义或原创性。实证为本，摆脱空想凭借推测和实证得出结论之间存在明显的界线。一个作家可以在讨论部分中有少量推测，但不宜过多，因为讨论不应该完全基于作者的经验。在结论中，还应该用一两个句子概述出你将来对于此研究继续探索内容的计划。2 创建逻辑框

经常做实验，这是不是你在实验室做逆转录实验的常态？面前堆了 5、6、7、8…...管试剂，加样加的手忙脚乱，最后还加错了，模板被浪费，整个人烦躁的不行，还有一小时的反应时间，饭都吃不上了吧！△ 图片来源：站酷海洛而旁边的大师兄呢，桌上整洁干净，轻松两枪加好样上机，不到半小时就完成了逆转录全过程，开开心心去吃饭啦~连夜提取的 RNA，第二天来做的时候跑个胶发现：降解了！怎么办怎么办？！△ 图片来源：站酷海洛而出去交流学习了两个星期的师姐，化了美美的妆，淡定地从冰箱里取出走之前提取的 RNA 样本，检测虽然降解了，但依然逆转定量出来了漂亮的扩增曲线。发现刚提取的 RNA 引入了杂质，OD260/230 比值只有 0.2，内心无限崩溃：这个样我还用不用？不用好可惜啊…...用了也得不出什么能用的结果吧…...用、不用、用、不用（无限死循环中）......△ 图片来源：站酷海洛而你帮二师兄一起提的样，他却从容接过，有序地开始了接下来的实验。怎么感觉只有自己一个人命苦，心力交瘁，殚精竭虑，兢兢业业，还做不出结果！以下省略一千字……

对于养细胞的人来说，可谓是谈 「污」色变，任何时候听见细胞污染晴空万里立马暴风雨，而细胞污染又是养细胞过程中，尤其是新手经常遇到的问题。细胞污染是一个很广的范围，微生物的种类更是各种各样，不同的污染的原因不同处理也不同，因此掌握对常见细胞污染的识别至关重要。自己也是从刚开始养细胞 3 天一个小污染 7 天一个大污染过来，也积累了些经验，自己整理归纳了一下，希望对养细胞的同学有所帮助。讲细胞污染之前需要说明一点，就是对待细胞大家一定要给予极大的重视，因为细胞相关的实验细胞的状态是很重要的。对于确定污染的细胞最好的办法就是及时丢弃，积极排查细胞污染的原因，除非是特别重要的细胞才会去抢救，而且抢救污染的细胞本来就有一定的风险，搞不好还可能会污染别的细胞。下面进入正题，一般细胞污染大概分为细菌污染、真菌污染、支原体污染还有说法不一的黑胶虫污染等。每种污染的特征都很明显，因为微生物种类实在太多，所以我就选取比较典型和常见的污染讲下。识别细胞污染的第一步就是从培养箱拿出细胞后观察细胞培养液的颜色，以常用的 DMEM 基础培养液为例，一般使用 DMEM 配制的培养液的颜色为鲜红色，而且是澄清透亮的，

中国外科之父裘法祖曾说，如果一个外科医生只会开刀，他只能成为开刀匠，只有会开刀又会研究才能成为外科学家。在临床中发现问题，用科研找到方法，用方法解决问题，临床工作与科研工作相互促进。真是说得太好了，思路太对了！可现实中，一线临床医生有多忙？首先临床要抓，除了日常查房、写病历、做手术、值夜班、急诊，和家属沟通病情，病历检查……还要准备三基考试和医院评审材料、处理医患问题……据统计，一线临床医生中 46% 是 7:30 前到岗，95% 是 8:00 前到岗。平均每周工作时间超过 62 小时，某些科室（如急诊科、妇产科、ICU 等）超过 65 小时。双休日，公共假期，不存在的。然后还得申基金，做科研。好不容易熬完五年本科三年硕士三（四）年博士三年规培！终于熬上临床却又挣扎于写标书做实验中。且不说临床医生们都具备一定的实验技术和条件，但是实验仪器、试剂耗材等消耗品的购买，繁琐耗时，实验技能的训练和学习也要花不少的时间和精力，时间有限，精力有限，分身乏术。最后是要命的 SCI，评职称啊。虽然每天累得一下线就想回家睡觉，但眼睛一合上就想起那八字没一撇的论文。实验有数据了么？文章写了没？写了投稿了么

就在去年年初，一部《法医秦明》吸引了大江南北无数吾等科研狗前来围观，我的师姐更是直呼刷秦明更下饭，创（sang）意（xin）十（bing）足（kuang）地解锁了剥小龙虾的新姿势。实验室的师姐师妹们全被张若昀和李现逆天的颜值勾去了魂，留下的研究僧依旧是研究僧，既然选择了科研，就要走下去。让我们看看法医于眼下超级热门的生信又有什么逆天操作，毕竟……做人呢，最重要的是开心嘛2018 年 2 月 14 日，一支主要由来自波尔图大学分子病理与免疫学研究所及巴塞罗那科学与技术研究所的研究小组发现死亡引起的不同组织的基因表达变化可用于估计死者的死亡时间。该研究由 Pedro G. Ferreira 等人领导，近日发表在《自然 - 通讯》上，或为法医鉴定方法带来突破性的进展。这篇文章的问（ling）题（gan）来源于「基因以相对较短的死亡后时间间隔以组织特异性的方式改变表达，但是在生物学分析中，这种潜在的混淆效应可以通过考虑适当的共变量而使之降低」。这样一个并不算新鲜的课题，并且本次研究没有进行过多的实验，但是放眼望去，文章中的图表还真是让人羡煞，其华丽丽的配色在赢得编辑的芳心有着举足轻重的作用。既

搞得满城风雨的 Oncotarget （简称 OT ）风波已过去多时，尤其是被 SCI数据库（简称 WOS）宣布死刑之后。但很多 OT 作者仍抱有一线生机，希望编辑部去争取，去谈判，让航母再次起航（死灰复燃）。毕竟 WOS 的做法，没有给出任何正当理由。这期间发生了很多事，剧情跌宕起伏，OT 堪称影帝。回首这一切，小编的最终定论： OT 就是个不知收敛、道德沦丧的大忽悠。为什么这么说呢？1 挂名编委主编：有两位，据说 Andrei V. Gudkov 这位大佬从未在任何邮件中露过面，可以说是不闻不问，坐收杂志挂名费，简历中未提及兼职其他杂志的履历，估计作为主编也不专业。而 Mikhail V. Blagosklonny 大佬可就厉害了，是《Cancer Res》, 《Cell Death Differ》, 《Cancer Biol Ther》, 《Autophagy》, 《Int J Cancer》 , 《Am J Pathology》, 《PLOS ONE》等杂志的副编， 《Cell Cycle》的主编，要多专业就有多专业。但小编有个疑问，大佬你兼顾这么多杂志的核心职位，

最近小编苦于课题一直被毙，成天埋头在认真查阅文献，思考课题，于是乎发现了一些好用的 Chrome 浏览器插件，最终沉迷科研，无法自拔~当然，在介绍这些插件之前，小编还是要安利一下我们的 Chrome 浏览器！作为小编的最爱，Chrome 已经替代了小编的 Safari 和 Firefox！但是想必大家在打开 Chrome 时经常会遇到网页无法打开的问题，所以这里需要把默认的搜索引擎修改为百度或者其他的。不然我们的网页就只能 404 走丢了~修改完设置以后我们就可以开始愉快得开始我们的学术之旅了！不过，为啥小编钟爱 Chrome 呢，是有原因的！大家看，小编打开了一个英文网页，然后施了一个魔法~是不是觉得很神奇，其实这不算啥。就算是整个文章的网页也是可以翻译的，虽然翻译有些出入，但是对应着 pdf 看也还能凑合啊，有没有很强势？所以其实选择浏览器就和找女盆友一样，始于颜值（当然这里是因为这个翻译网页功能），陷于才华（因为 Chrome 有很多扩展程序，多才多艺），忠于人品（你见过几个浏览器这么干净，无捆绑的）。接下来就要给大家介绍一下我们的必备插件了。小编经常在看英文网页的时候会头晕眼花

CRISPR/Cas9 是一种强大的基因组编辑工具，今天我们介绍 CRISPR/Cas9 系统操作。以下操作说明是基于作者冰糖个人实验室操作，仅供参考。质粒介绍我们使用的是 Feng Zhang 实验室的系统的 pX330 质粒，如下图所示：酶切系统37 ℃, 3 hr；Run 1% gel，回收。Elute 到 50 mL H2O。我们利用 BbsI 消化载体形成粘末端，以利于下游 oligo 退火产物的连接；酶切时请充分，且绝对不能加 CIP 处理。Target 设计Target 设计：通常情况下我们仅需要在你的目的位置附近找到 NGG（N 代表任意核苷酸），然后找到其紧邻的上游 20 nt 即可（如上图）。 目的位置的选择：我们绝大部分时候的目的是完全 KO 一个基因，其原理是利用移码突变（CRISPR/Cas 系统诱导产生 indel）。所以我们一般选择距离起始密码子 ATG 下游 200bp 范围内的 exon 区域。另外，通常一个基因往往会转录成 2 个以上的 isoforms，所以请选择尽量靠近 5』端的公共部分，保证每个 isoform 都会成功移码突变 通常情况下，

在进行文章的撰写时，总是少不了一些表格的绘制，当然最标准的表格就是三线表了。首先，介绍一下三线表，所谓三线表呢，当然就是只有三个线的表格，知道听到这里，估计想有打我的冲动。一个标准的三线表就长这样：三线表，通常包括表头、表身与表注等，第二条线最细（通常为 0.75 磅）。用来作为区分的界限，上下的线较粗（通常为 1.5 磅）。那么如何绘制一个三线表呢？常规版的三线表格的绘制方式，如下：第一步：绘制一个表格；【插入】----【表格】；直接用鼠标绘制出三列的表格即可；第二步：选中表格，选择【表格工具】中的【设计】；第三步：选择边框线的粗细 1.5 磅，然后选中边框刷，在第一条线与最后一条线上进行绘制；再次选择 0.75 磅，选中表格中的第二条线进行绘制；绘制好的表格如下；当然你会发现与常规的三线表格不同，怎么多了很多莫名其妙的线框呢？第四步：清除不必要的线框；首先选中刚刚修改好的表格，然后点击边框；选中整个表格后，点击上边框与下边框；然后在选中表格的第一行，选中上边框与下边框即可，这样多余的边框线就全部都隐藏起来啦～完美绘制的三线表格如下图：你以为这么简单就好啦？too young～高手分

我是临床的，最近投了一篇在 cellbiology international, 投这种纯基础研究的杂志总觉得不踏实，毕竟做实验这块儿比起专门的这方面的人才来说还是很大差距，所以心中忐忑不安。再加上以前被拒过一次，自信心受到很大打击，上次评审的回复很严厉，感觉我的文章就是垃圾，毫无可取之处。毕业日益临近，找工作也在即，临床还没上（一直在忙着做实验，写文章，投稿），心急如焚啊。每天把邮箱要打开无数次…（开机和关机前固定要打开一次）这书读的，我一临床的博士，搞了一年半的实验和文章，临床都不敢上，就怕文章出不来，毕不了业……（来自丁香园站友@时间的掌柜）@auxin：发现一个问题，一般对基础研究深恶痛绝的博士，往往来自于一个基础研究不扎实的实验室。这样对于相当一部分人来说，与其说基础研究本身不重要，倒不如说一个基础薄弱的实验室把原本踌躇满志的博士们折磨得认为基础研究不重要。其实 SCI 本身是很重要的。前一阵子看到有个人写的一段话，把 SCI 比作 「货币」。只要有文章，再经过合理操作，那么什么都能兑换到。因为只要有文章，那么将来就可以换经费、文凭、奖金、知名度、人脉、参加会议、职位、职称、

打开 PubMed Commons 官网，可以看到「PubMed Commons to be discontinued」字样，即将停止运营的意思。这不免让人联想到前段时间 PubMed 停更事件，经费不足或许是 PubMed commons 网站关闭的导火索，主要原因可能在于：① 用户的长期参与度不高；② 对于论文发表后的同行评议，可替代网站平台的增加。点「Read more」进一步查看告示：本月 15 号之前，PubMed Commons 仍接受新的评论；截止到今年 3 月 2 号，仍可通过 PubMed 和 PubMed Commons 查看过往评论；3 月 2 号后，就需要到 NCBI 官网查看了。01 PubMed Commons 起源2013 年 10 月，美国国立生物技术信息中心（NCBI）为鼓励学者对已发表论文进行公开讨论，强化论文发表后的同行再评价，推出 PubMed Commons 网站，作为一个允许学者在 PubMed 收录的任何摘要下方添加评论的在线论坛。牵头的 PubMed 作为文献检索的集大成者，广受好评，收录的生物医药类期刊巨多巨广，占据天时地利人和，有利于

今年 9 月份，美国罗格斯大学解雇一名华人科学家的事件闹得沸沸扬扬。被解雇者声称其因为要求合理的论文署名（由第二作者改为共同第一作者）而被老板解雇。校方在公开的解雇信中给出的主要解雇理由则是动物护理不当。被解雇的华人科学家 Xiaoqi Xie△ 图片来源：sciencemag涉事双方千差万别的说辞让事情的真相变得扑朔迷离。但无论如何，这件事多多少少由论文署名而起。而论文署名的问题则是学术界永恒的话题。论文署名事关研究成果的归属，却很难做到让各方满意。奇葩规定，非博士生不能署名！2016 年 6 月 15 日，复旦大学的副教授郑磊可能做梦都没有想到会因为一篇朋友圈在网络上窜红。他的一篇吐槽某核心期刊「非博士生不能署名」的规定在朋友圈炸了锅。郑磊透露期刊主编要求其删掉一篇准备刊发的论文上硕士生的署名，原因是期刊规定硕士生不能联合署名。为了给自己的学生争取署名权，郑磊选择从期刊撤稿。△ 图片来源：全景网该期刊向郑磊解释称，他们之所有「非博士生不能署名」这个规定，是因为之前有太多人情稿。之前他们多次向某些知名教授约稿，教授没空写就让学生写，质量堪忧。期刊希望以这个规定一定程度地抵挡人情稿。该

据中新网、凤凰网等报道，11 月 4 日凌晨，福建泉港东港石油化工公司在装卸作业时造成 6.97 吨裂解碳九泄露，导致 6.97 吨碳九产品泄露，对水体、大气造成污染。△ 图片来源：中新网碳九是啥？「碳九」是石化工业中的一类常见产品，即产品分子中含有 9 个左右的碳氢化合物。由于分子量及物化性质接近，工业上进一步细分成本较高。因此「碳九」这种多组分混合物常常作为产品直接运输使用。碳九分子量是一种介于汽油和柴油之间的石化产品，应用不及汽油和柴油普及，是石油化工的一种常见副产物。但碳九通常来自于石油化工中的两个环节。原油经过裂解会产生以脂肪烃为主要成分的裂解碳九，这类碳九不含有苯环类物质。另一类碳九如果经过重整环节，则会发生芳构化进而得到含有苯环的多种芳烃类物质，包括异丙苯、正丙苯、乙基甲苯、茚、均三甲苯、偏三甲苯、连三甲苯等。典型芳烃碳九物质结构式及球棍模型这两种碳九的主要区别就在于是否含有芳烃物质，而这也是导致这两类碳九毒性差别的关键组分所在。碳九危害就直接毒性来讲，含有芳烃的重整碳九由于其本身的生理毒性，具有比较大的危害。对着纯纯的芳烃碳九猛吸猛泡，过上半天一天人都会中毒而死，即便一

每个人都有一个「私人」的适应性免疫组库，包括 B 细胞受体、T 细胞受体，它们通过基因重组和体细胞超突变获得多样性，从而使免疫系统识别和抵御各种内部和外部的敌人，实施有针对的防御。研究 B 细胞或 T 细胞的多样性，是现今一大科研热点。Structure and function of antigen receptors. (Ann Clin Transl Neurol. 2016 Feb 25;3(4):295-306.)人的免疫系统本身就是一个非常复杂的体系，免疫系统在自身免疫疾病、传染病、癌症等多种疾病中扮演者至关重要的角色。针对免疫组库的研究，在药物和疫苗研发、疾病诊断（如：biomarker）、微小残留病检测、器官移植后监测等都具有重要意义。在人类免疫组库研究过程中，高通量测序的出现，较为全面且真实的揭示了 T 细胞 /B细胞受体免疫组库的多样性和复杂性，是免疫组库研究中一个重要的技术手段。免疫组库测序即以 T/B 淋巴细胞为研究目标，对其产生的多样化免疫分子例如膜型免疫分子BCR 和 TCR、分泌型免疫分子抗体等进行测序研究。Single-Cell RNA-Sequenci

2018 年自然指数科研城市前 200 强排行榜公布，北京依然是位列全球第一的城市。图片来源：natureindex.com自然指数统计了全球 82 个高水平科研期刊所发论文的作者信息。根据自然指数计算，科研城市 50 强中，中国有 10 座入围。北京 NO.1，上海NO.7，南京 NO.12，武汉 NO.19，广州 NO.25，香港 NO.26，合肥 NO.27，杭州 NO.33，天津 NO.35，长春 NO.42。美国在 50 强中，有 19 个城市位列前 50，中国有 10 个。在生命科学领域排名榜前 20 名中，纽约位居榜首，北京排行第 6，上海排行 15，但是在 20 个企业科研城市中，中国没有城市上榜。图片来源：natureindex.com稳居榜首的帝都北京北京依然成为自然指数科研城市的领头羊，得益于其一流的大学，包括清华，北大，北师大等以及一流的科研机构，中国科学院大学，中国科学院化学研究所等一流的科学研究所。做为国家的政治和文化中心，北京具备的科研人数和科研经费是其他城市无法比拟的，而其科研力量更多的在于基础研究。图片来源：natureindex.com按照 2018

看整段的文字很烦？我们给大家准备了图解版～

基础科研离不开免疫组化（IHC）的实验方法，因为要实现组织中蛋白的可视化定位和定量，并有助于发表高影响因子的文章。临床病理学离不开免疫组化技术，因为它能用于定义正常细胞和疾病过程，并有助于发现疾病治疗的潜在方法。无论您是 IHC 实验的新手还是久经战场在病理科奋战的老将，一定对下面的免疫组化五步非常了解甚至游刃有余了，但是想要获得高质量 IHC 图像，不免有点「道理都是懂的，就是做不到」的捉急。为什么获得高质量的 IHC 图像不是件容易的事呢？因为有太多的要点值得注意。01 样本处理02 抗原修复03 背景封闭04 检测靶点05 样品观察

事情的起因是酱紫的，上周日分子生物学公开课上，DANNY 提了这样一个问题。大家还记得不，用紫外吸收法测定核酸浓度与纯度，这个一个非常经典实用的实验，可能会做，不一定知道原理吧？今天我们就来详细的扯一扯。1.A269、A280、A230 到底是怎么来的？ 蛋白质是由氨基酸组成的对不对？这些氨基酸在可见光区都没有光吸收对不对？具体可以去翻看生物教材。但是在紫外光区色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸是有吸收的。他们的最大吸收波长分别是 279、278、259 nm。当用紫外光度法测定这些氨基酸的含量的时候，蛋白质在 280 nm 处的紫外光吸收达到了最大值，绝大部分是色氨酸和酪氨酸引起的。 核酸（包括 DNA 和 RNA）的嘌呤和嘧啶具有共轭双键，使碱基、核苷、核苷酸、和核酸在 240~290 nm 的紫外波段有一个强烈的吸收峰，最大吸收值在 260 nm 左右，而蛋白质在这一区域有很弱的吸收。 230 nm处是碳水化合物最高吸收峰的吸收波长。 2. 纯 DNA 的 A260/A280 比值为 1.83.A260/A280 、A260/A230 有何意义？ A260/A280 、A2

近几年，屠呦呦教授获得诺贝尔奖、韩春雨老师在 Nature Biotech 发表重大原创成果、杭婧在 Science 上发表生物科学基础原理研究重大突破等等。这一切让我们感受到了国内科研的飞速发展。 中国论文数量世界第一，但是我们不得不承认——引用率排在 100 名以后。这说明我国科研论文的质量总体上依然还很糟糕。对于大多数的科研人员来说，在国内做出一些在国际上拿得出手的高水平科研依然很难。 其实从科研设备等硬件来看来看，我国一流大学并不比国外的大学差，甚至更好。国内的普通大学在硬件上也有很大的改善，但是我们的科研质量还是上不去。 我联系并咨询了国内外的同学、师兄师姐，他们大部分已经结束了博士生涯，陆续回到国内大学，可以说是年轻科研人员的典型代表。通过与他们交流，我发现国内科研还是很难，主要体现在下面 5 个方面。 1. 科研材料难获取 以我当时的课题为例，我需要已敲除部分基因的质粒，我想获得并非易事。国内相关科研人员不太愿意互相交流，也不易得到。国外虽然有商业化质粒，但价格昂贵。后来我不得不自己构建，整整花了一整年，还不太成功。 像质粒、转基因或基因敲

本期主要介绍如何运用 NoteExpress 来管理参考文献。 本讲要解决的问题 1. 看了师兄师姐的毕业论文，每一章都要列出 100 篇左右的参考文献。 2. 还要用固定的格式来书写参考文献。 3. 有些文献对我比较重要，有些相对不重要。把这些文献放在一个文件夹里，下次看到时难以区分。 4. 已经标上参考文献的毕业论文，后期修改一下，参考文献的序号又乱了...... 本讲内容 1. 参考文献管理软件 2. 新建和备份数据库文件 3. 检索在线文献并导入题录 4. 给题录添加笔记和附件 5. 将题录导入到 Word 论文中 本讲的相关配置 1. 操作系统和配色方案：WIN7 Home Basic 2. 屏幕分辨率：1024×768 3. 办公软件：Microsoft Office 2010 Word 使用 NoteExpress 管理参考文献? NoteExpress 是一款经典的国产汉化界面的软件，广泛应用于高效图书馆。使用过程中需要用到 Word 。 Word 加载项：参考文献管理软件基本上都有 Word 加载项（Word 插件），可以方