人体肠道病毒组组成复杂,并且存在显著的个体差异。人体肠道病毒组90%以上为原核病毒即噬菌体。这些病毒以DNA病毒为主,伴有少数RNA病毒。噬菌体、真核病毒和植物源病毒与共生细菌和肠道屏障相互作用,促进肠道健康所必需的重要功能(图1)。图1 肠道病毒的主要角色和功能(Lopetuso LR, et al, 2016)人体肠道病毒组中,温和噬菌体(temperate phage)占绝大多数。温和噬菌体也称溶原性噬菌体(lysogenic phage),它感染宿主细菌后不会立即引起细菌裂解,而是与宿主细胞建立一种共生关系(Yutin N, et al, 2018)。温和噬菌体在感染宿主菌的过程中,会根据环境来调节其裂解——溶原决策。例如,芽抱杆菌(Bacillus)噬菌体能够产生一种多肽分子( peptides)并释放到环境中作为交流信号,在之后的感染中,子代噬菌体通过感知peptides的浓度来决定是否进入溶原状态,如当多肽分子浓度较高时则进入溶原状态。人粪便样本中的病毒种类与细菌种类的比值接近1:1,低于海洋环境等自然生态系统中病毒种类与细菌种类的比值(约10:1),说明人体肠道环境中噬
网上搜索“抗体从头测序”,搜索结果会展示一长串的资源和服务。关于该技术的描述太多了,有很多描述都大同小异。小编想借此文给大家说说我们为什么需要抗体从头测序以及如何进行抗体从头测序。抗体从头测序的分类抗体从头测序是根据抗体样品种类进行区分的。我们通常根据抗体的“克隆性”( clonality)来描述抗体样品。克隆性是指样品中存在的不同抗体序列或遗传系谱的数量。单克隆:样品中包含具有相同序列的抗体。单克隆性是进行抗体从头测序的前提条件。在极少数情况下,可以对单抗的简单混合物进行蛋白质组测序,但不一定能够保证成功。多克隆:样品中包含具有不同序列的抗体,定量范围通常较大。如来源于血清的抗体被表征为多克隆抗体。寡克隆:样品包含数量有限的抗体系谱,由决定簇互补区(complementarity determining regions, CDRs)所定义。由上述抗体分类出发,抗体从头测序分为单克隆抗体从头测序、多克隆抗体从头测序和寡克隆抗体从头测序。本文主要针对单克隆抗体从头测序进行阐述。为什么需要抗体从头测序?复原单克隆抗体重链和轻链序列的通用方法有两种。最直接的方法是对B细胞的转录子或遗传物质进
概要对于基因工程技术构建的重组蛋白,通常分为可溶性重组蛋白和不溶性重组蛋白,可溶性的重组蛋白一般常常存在于细胞质内、细胞分泌到培养基、分泌到周质间隙中等。不可溶性的蛋白主要是由于表达系统的高效表达,在细胞内形成了包涵体。E.coli是应用最为广泛的重组蛋白质表达系统,但是表达的外源性蛋白多以包涵体的形式存在,为了重新获得生物活性,需要对包涵体蛋白质进行体外变复性操作。蛋白质复性模型根据对蛋白质折叠过程的研究,目前科学家已提出多种蛋白质复性模型,折叠漏斗模型是目前被广泛认可的蛋白质折叠模型,如图所示,该模型表示蛋白质折叠复性过程中的不同构象,其中变性态蛋白质处于顶部,天然态构象则处于漏斗最底部,顶部和底部之间代表折叠过程的中间体。依据折叠漏斗模型,变性多肽链沿着自由能坡面从高向低逐渐折叠,折叠过程中产生的中间体会由于不稳定而进一步折叠,最后达到能量最低的天然态构象。因为折叠漏斗模型描述的是单个多肽链的复性行为,没有考虑到实际折叠过程中分子间的相互作用,所以通过折叠漏斗模型无法解释蛋白质复性过程中经常会出现聚集体的现象。为了解决这一问题,研究人员对原有折叠漏斗模型进行改进,提出了包括折叠漏
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细胞培养常见问答1、加到培养基中的血清 必须灭活吗?答:不是必须的,看做什么实验了。2、四季青胎牛血清灭活是56 ℃30分钟吗?答:如果用于培养大多数的肿瘤细胞,血清一般是不需要灭活的,这样可以有效保存血清中的生长因子 。但是如果用于培养一些表面具有补体受体的细胞,如内皮细胞,血清是需要灭活,一般是56 ℃,30 min。3、我要做滋养细胞培养,胎牛血清要灭活吗?答:进口的一般都已灭活,国产的不一定,最好还是灭活一下再用较安全。4、我用病毒上清转染细胞,培养用的血清需要灭活吗?因为血清中可能有些补体和抗体 ,是不是会影响转染?我想未灭活的血清中含些抗体 补体可能会和病毒相结合,影响转染,正确吗?细胞是单核细胞白血病细胞,病毒是病毒包装细胞PT67 收集的病毒上清。为什么要用无血清培养基加病毒孵育几小时,目的是什么?答:血清一定要灭活,可以先用无血清培养基加病毒孵育几小时以后再加血清。避免杂蛋白对病毒和宿主结合过程的干扰,一般是2-6小时,根据细胞的状态决定。血清不一定需要灭活,灭活的目的是将血清中的补体灭活!这要根据实际情况而定,如果没有把握那就灭活吧,也不麻烦56度半个小时。5、(1
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点击上方图片进入细胞培养专题,几乎涵盖细胞培养所有知识点与应用难点,实验小白也能轻松掌握!另外,涵括 3D 培养及相关应用,助力高质量前沿研究。除精彩视频外,还整理的大量实验攻略,帮助大家进阶成高手!部分精彩视频点击标题查看干货:为你扫平细胞培养路上遇到的疑难杂症3D 细胞培养及相关应用总的原则:无菌操作、保证细胞培养环境的稳定性按时间顺序整理1、 细胞房和生物安全柜(或超净工作台)先开紫外照射30min。作用:对环境灭菌(空气)。(备注:如果着急,至少也要开15分钟)在做实验之前考虑好需要哪些物品。开始照射之前,将所需要用到的物品都放到生物安全柜(或超净工作台)里面。常用移液枪或电动移液器等,需要在工作台上放置一套专用设备。细胞培养箱一般都已经调整好。定期留意一下二氧化碳是否足够。不够及时更换。2、 显微镜需要定期消毒酒精擦拭。注意:显微镜一般都放在细胞房。3、 进入实验之前,首先给自己带上拖鞋、头套,口罩,实验服,手套(手套带双层)。注意:手套要将袖口套进去。实验服、拖鞋最好是细胞房专用。4、 开始操作之前先观察细胞。首先观察细胞培养液的颜色。现在的细胞培养液通常都放有酸碱
定量蛋白质组学分析定量蛋白质组学分析(Quantitative Proteomics)是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白,结合生物信息学揭示细胞生理病理等功能,同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。目前定量蛋白质组学技术常见标记(Label)和非标记的(Label Free)定量策略。定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括:Label Free定量蛋白组分析、SILAC与免疫共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。下面介绍两种比较常见的定量蛋白质组学技术。iTRAQ定量蛋白质组学分析iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 技术是由美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术。该技术采用4种或8种同位素的标签,通过特异性标记多肽的氨基基团,而后进行串联质谱分析,
研究简介噬菌体是迄今为止所研究的所有微生物群落中大量的成员,通过与其细菌宿主的相互作用影响微生物群落。尽管噬菌体在功能上很重要,而且无处不在,但与细菌相比,它们在城市环境中的探索还不够充分。废水是微生物生命的丰富来源,含有细菌、病毒和其他微生物,这些微生物存在于人类排泄物和环境径流源中。2020年6月16日,纽约大学基因组学与系统生物学中心E. Ghedin研究团队在mSystems发表了题为Initial Mapping of the New York City Wastewater Virome的研究论文,文章描述了纽约市所有五个行政区的污水样本的病毒群落,并发现各采样点有独特的病毒群落特征。研究集中在细菌噬菌体(细菌病毒)对整个微生态系统的影响。并且发现了几个新的噬菌体簇,并成功地将它们与细菌宿主相关联,这为研究城市污水中的病毒-宿主相互作用提供了新的视角。该研究为首次研究了纽约市污水系统中存在的病毒群落,并指出了它们在纽约废水环境中的功能重要性。研究结果:本研究主要针对纽约市五个行政区的14个污水处理中心(图1)的16个样本点(于2014年11月取样)的宏基因组数据集进行宏病毒
叫糖的不一定都是甜的,还有可能糟心。别担心,这篇多糖纯化技巧教你的纯化实验也可以带点甜。多糖广泛分布于自然界的多种生物体内,尤其是动物细胞膜,植物细胞壁以及微生物细胞壁中,是一类由醛糖或酮糖通过糖苷键连接而成的天然高分子多聚物,是构成生命体的重要分子基础。根据来源可以被分为动物多糖,植物多糖和微生物多糖三种类型。动物多糖动物多糖常见的有甲壳素、肝素、硫酸软骨素、透明质酸等,也是医学和美容保健界的万金油,在临床研究中发现对抗凝、降血糖、抗氧化、肿瘤、免疫疾病都有一定的治疗效果。植物多糖植物多糖具有多种生物活性,最为人们所熟知的就是免疫调节、抗肿瘤、降血糖等保健作用,市面上有着多种多样的植物多糖保健品比如枸杞多糖、海藻多糖,各种中药多糖等最为普遍。微生物发酵多糖微生物发酵多糖以黄原胶、右旋糖苷为代表的产品已经在石油化工、制药、食品等工业领域占据相当的市场份额。而真菌多糖比如灵芝多糖,虫草多糖等则是养生保健的明星产品。Cytiva 有着多年的经验积累,可以为你的多糖纯化提供诸多优秀的解决方案。下面我们就以动物多糖和疫苗多糖为例,为大家介绍多糖的纯化策略。贻贝多糖-海洋生物中过敏源多糖的纯化样
台盼蓝是细胞活性染料,常用于检测细胞膜的完整性,检测细胞是否存活。活细胞不会被染成蓝色,而死细胞会被染成淡蓝色。机理 正常的活细胞,胞膜结构完整,能够排斥台盼蓝,使之不能够进入胞内;而丧失活性或细胞膜不完整的细胞,胞膜的通透性增加,可被台盼蓝染成蓝色。通常认为细胞膜完整性丧失,即可认为细胞已经死亡,这与中性红作用相反。因此,借助台盼蓝染色可以非常简便、快速地区分活细胞和死细胞。台盼蓝是组织和细胞培养中最常用的死细胞鉴定染色方法之一。操作方法1. 将待染色细胞稀释至所需浓度(方法及浓度范围与细胞计数相同);2. 细胞悬液加新鲜配制的台盼蓝染液,室温下染 3—5 min;3. 染色过的细胞材料,取一滴细胞悬液置玻片上,加盖玻片后放高倍镜下观察;4. 死亡的细胞着浅蓝色并膨大,无光泽。活细胞不着色并保持正常形态,有光泽;5. 计数活细胞和死细胞数目;6. 统计未染色细胞。可按公式计算出细胞活率。(细胞活率 = 未染色的细胞数/观察的细胞总数×100%)注意事项1. 此方法可以用于胞质胞核分离实验中,检测细胞是否充分裂解。2. 台盼蓝染色时间不能太长,否则活细胞也会逐渐积累染料而染上颜色,使监
佚名 大约在一百年前就已发现,给动物注入活性染料,全身组织都染上色而唯独脑组织却不染色。但是如果把染料直接注入蛛网膜下腔,则脑组织迅速被染色。以后的大量实验研究表明,有些物质完全不能由血进入脑组织间液;有些物质进入很缓慢;而有些物质的进入颇为迅速。总之,在血-脑之间有一种选择性地阻止某些物质由血人脑的“屏障(barrier)”存在,称为血脑屏障(BBB)。血脑屏障的功能在于保证脑的内环境的高度稳定性,以利于中枢神经系统的机能活动,同时能阻止异物(微生物、毒素等)的侵入而有保护作用。 一、血脑屏障的结构特点 血脑屏障的物质基础是脑的毛细血管,它与其他组织中的毛细血管不同,有以下三个特点: (1)脑毛细血管内皮细胞间相互“焊接”得十分紧密,不象其他组织毛细血管壁那样有较大的缝隙;(2)毛细血管内皮细胞外的基底膜(basement membrane)是连续的;(3)毛细血管壁外表面积的85%都被神经胶质细胞的终足所包绕。由此可
实测植物总RNA提取液套装提取土豆、桑叶中的RNA一直以来,搞植物研究的同学们对Trizol试剂提取植物RNA诟病不断,在这样的背景和需求下,我们特别研发了植物总RNA提取液套装,套装中除了植物总RNA提取液外,还包括了Buffer EX(氯仿替代品),RNA沉淀液(异丙醇替代品)以及β-巯基乙醇。真可谓一个套装在手,提取植物RNA无烦恼!现在我们特别选择了土豆块茎(Trizol试剂提取失败)和桑叶(Trizol试剂提取效率极低)两个典型样本实测植物总RNA提取液套装的效果。实验目的:用植物总RNA提取液套装从桑叶和土豆块茎中提取RNA。实验材料:桑树叶片、土豆块茎,研钵,植物总RNA提取液套装(Simgen Cat. No.5123100)超微量电子天平(DENVER INSTRUMENT,TP-213)旋涡震荡器(越新仪器,XH-C)台式离心机(eppendorf Centrifuge 5415 D)超微量分光光度计(Simgen Cat.No.sim100)电泳仪(北京六一仪器厂,DYY-6C型 )土豆内参引物(F:ATTGGAAACGGATATGCTCCA/R:TCCTTACC
用蛋白或多肽标签融合于重组蛋白中,进而方便重组蛋白的纯化和检验。小分子标签通常免疫原性较低,且不影响目标蛋白功能而得以保留。但是大分子标签如 GST 因其对目标蛋白的结构和生物活性有所影响,通常需要去除。今天我们就来聊一聊柱上酶切那点事儿~什么是柱上酶切柱上酶切纯化路线是指在吸附了标签蛋白的层析柱上添加蛋白酶进行在位去除标签,具有更加灵活、高效、快速的特点。相比于常规的洗脱后的酶切纯化路线,柱上酶切不仅可以简化酶切后的再次上样操作,同时可以尽量避免操作过程中目标蛋白的损失。如何进行柱上酶切柱上酶切纯化路线比较简单,只需上样后加入蛋白酶,在合适的温度下进行孵育一段时间,经过清洗便可得到纯度较高的无标签的目标蛋白。去除标签的关键在于选择高效的蛋白酶并构建相应的氨基酸识别序列。下表展示的是几种常见的内切酶及对应酶切位点。组氨酸标签由于分子量小通常不需要去除。如有必要,可使用 TEV 蛋白酶去除组氨酸标签。由于TEV酶带有六组氨酸标签,因此可实现柱上酶切而得到高纯度无标签的目标蛋白。PreScission Protease 是一种由人鼻病毒 14 型的 3C 蛋白酶和 GST 组成的融合蛋白。
采用亲和加分子筛两种层析方法就能得到大量高纯度的蛋白样品往往是别人家的实验。到自己手上总会有各种惊喜…今天的主角更加过分,在真正纯化之前就需要我们施展十八般武艺把它从细胞上「拽」下来。没错,它就是膜蛋白…人类基因组中,有大约 30% 的基因编码膜蛋白。当今已批准上市的药物中,有超过 50% 以膜蛋白为靶点,然而目前蛋白质结构数据库 (Protein Data Bank, PDB) 中膜蛋白比例不足 1%。欲了解其功能,必解析其结构。是很多结构生物学家心头的念念不忘,随着冷冻电镜技术的发展,会有更多的膜蛋白结构得到解析,助力后续的功能研究和药物发现。有了冷冻电镜这把利器之后,真正制约膜蛋白研究的其实是样品的制备。常规的膜蛋白制备流程如下:特点是: 蛋白含量低 收率低 活性易降低 纯化过程需要优化去垢剂天然表达的膜蛋白含量极低,很难纯化。就算是重组表达体系,生产出的膜蛋白通常具有细胞毒性,因此表达量也远低于常规重组蛋白。在整个纯化过程中都需要选择合适的去垢剂才能使膜蛋白本身保持空间构象和活性。去垢剂可分为三种:常用的去垢剂大概有十几种,根据膜蛋白分子量可选用下面两根预装柱进行快
细胞系开发和单克隆性的保证是生产生物药物分子(例如单克隆抗体)过程的关键步骤。该过程开始于将编码目的蛋白的基因递送至靶细胞。在分离出能稳定表达目的蛋白的单个活细胞之后便可建立细胞系。该过程中的一个重要里程碑是记录克隆性证明,以确保细胞系的遗传可复制性。随后的步骤包括对克隆进行表征以提高生产力(效价),质量和稳定性(图1)。当前细胞系开发中的工作流程具有许多限制,包括细胞活力低,单细胞分离效率低和克隆性证据有限。有限稀释的传统分离单个细胞的方法仅依赖于统计概率,并且没有可见的单克隆证据,该技术因其单细胞沉积效率低而导致每个板的筛选候选细胞很少。 图1.上游细胞系开发中的典型工作流程Cytena 单细胞打印系统(x.sight)是一种创新的喷墨式“打印”分选细胞的设备,用于从液体样品中温和而精确地分离单个细胞。X.sight使用一次性无菌的微流体芯片精确地分离单个细胞,同时在打印不同类型的细胞时也使交叉污染最小化了。此文展示了使用单细胞打印机和有限稀释在单细胞沉积效率以及克隆恢复率的比较。材料与
组蛋白修饰详情乙酰化乙酰化是最早发现的影响转录调控的组蛋白修饰之一,因此目前研究的最多。乙酰化使 从核小体伸出 的 N-末端组蛋白尾部的赖氨酸残基带负电荷,这些负电荷会排斥带负电荷的 DNA,导致染色质结构 松弛。开放的染色质构象允许转录因子结合并显著增加基因表达 (Roth et al., 2001)。组蛋白乙酰化参与细胞周期调控、细胞增殖和凋亡,并在调节细胞分化、DNA 复制和修复、核输入和 神经元抑制等多种细胞过程中发挥重要作用。组蛋白乙酰化的平衡失调与肿瘤发生和癌症进展有关。酶调节 乙酰基被组蛋白乙酰转移酶 (HAT) 添加到组蛋白 H3 和 H4 的赖氨酸残基上,并被去乙酰化酶 (HDAC) 除去。组蛋白乙酰化主要靶向启动子区域,称为启动子局部乙酰化。例如,组蛋白 H3(H3K9ac 和 H3K27ac)上 K9 和 K27 的乙酰化通常与活性基因的增强子和启动子有关。转录基因中也发现了 低水平的整体乙酰化,但其功能尚不清楚。 甲基化 组蛋白 H3 和 H4 的赖氨酸或精氨酸残基被甲基化,对转录有不同的影响。精氨酸甲基化可以促进转 录激活 (Greer et al
10 月 5 日,黑龙江省鸡西市某家庭聚餐因食用「酸汤子」引发食物中毒,导致 8 人死亡。昨日,「酸汤子」中毒事件唯一幸存者李女士医治无效身亡。 「鸡西酸汤子」事件始末 10 月 5 日,黑龙江省鸡西某家庭聚会中,9 名长辈均食用了自制的「酸汤子」,而 3 名年轻人因不喜欢未食用,随后 9 名食用过酸汤子的长辈陆续出现身体不适,8 人经抢救无效身亡。据调查得知,该「酸汤子」已在冰箱冷冻一年,疑似该食材引发食物中毒。 酸汤子是用玉米水磨发酵后做成的一种粗面条。该酸汤子食材为该家庭成员自制,期间因冰箱放不下,曾将冷冻过的酸汤子从冰箱取出,在阴凉潮湿的地方放了几天,而这一行为大大加重了细菌的污染。 10 月 12 日,黑龙江省卫健委表示,鸡西食物中毒事件经流行病学调查和疾控中心采样检测后,在玉米面中检出高浓度米酵菌酸,同时在患者胃液中亦有检出,初步定性为由椰毒假单胞菌污染产生米酵菌酸引起的食物中毒事件。黑龙江卫健委表示,在初步检测中,工作人员发现酸汤子中含有超标的黄曲霉素,而进一步检测之后,在玉米面中检测出高浓度的米酵菌酸,而这才是导致这场悲剧的真凶。 10 月 19 日,「酸汤子」中毒事件
可信的动物实验结果不仅依赖于科学的实验设计,也依赖于标准化的实验动物饲养。饲养小鼠、大鼠必须使用垫料是因为啮齿动物更喜爱平整带垫料的笼底,而不是金属网笼底。垫料可以吸收尿液和粪便,方便清洁。对小鼠、大鼠来说,与垫料直接接触增加了它们表达天性的机会,如搜寻、挖掘、和筑巢。现在国内很容易获得商品化合格的实验动物,但是由于质量、价格等原因,研究机构往往不容易获得合适的垫料。我国《实验动物环境及设施》标准(GBl4925-2010)规定:垫料的材质应符合动物健康和福利要求,应满足吸湿性好、尘埃少、无异味、无毒性、无油脂、耐高温、耐高压等条件,且必须经高压灭菌处理后方可使用。本文主要从以下几个方面讨论不同垫料的差异以及对实验动物的影响,这可能对不同机构选择大小鼠垫料有所帮助。一、吸湿性吸收尿液和粪便中的水分,保持微环境的干燥,是使用垫料的重要目的。微生物分解尿液中的尿素,产生氨气和二氧化碳。垫料吸收水分,抑制微生物的繁殖,进而阻止微环境中的氨气和有害细菌毒素的聚集。大小鼠垫料最重要的性能之一就是吸湿性。如果微环境中氨气升高,会引起呼吸损害和眼睛问题,100和300ppm的氨气会引起小鼠和大鼠昏睡
随着不同的基于质谱分析方法的发展,可以研究的蛋白互作网络的范围也在逐渐增加。更重要的是,用于肽和蛋白质定量的新兴方法产生的数据是完整且无偏差的,是研究完整网络或蛋白互作的基本要求。基于数据依赖性采集(Data-dependent acquisition, DDA)易于执行,并能快速评估样本中的物质的数量。除了简单之外,还需要对蛋白质进行鉴定和翻译后修饰。任何蛋白质的生物学特性在动态系统中的已知程度都是极微小的,不断增加的拼接变异体,SNP等很可能意味着在可预见的未来,使用数据依赖性采集DDA方法进行量定量和鉴定的实验将成为首选方法。然而,从IDA到目标数据非依赖采集(Data Independent Acquisition, DIA)的直接路径(例如SRM)也正在发生变化。具有SRM分析性能的DIA方法的发展将使数据可用于测试多种假设,甚至用于不同的实验,从而减少质谱分析所需的数量,并将重点转向生物信息学问题。什么是SRM?迄今为止发布的DIA方法仍然缺乏SRM方法的特性。尽管选择性和特异性在诸如AIF/MSE的DIA方法中受到关注,但许多问题已经在SWATH等方法中得到解决,然而该方