1． Oligo 6是目前使用最为广泛的一款引物设计软件，除了可以简单快捷地完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有很多其他同类软件所不具有的高级功能： a) 已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。b) 按照不同的物种对MM子的偏好性设计简并引物。 c) 对环型DNA片段，设计反向PCR引物。d) 设计多重PCR引物。e) 为LCR反应设计探针，以检测某个突变是否出现。f) 分析和评价用其他途径设计的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根据同源区设计引物。h) 增强了的引物/探针搜寻手段。设计引物过程中，可以“Lock”每个参数，如Tm值范围和引物3’端的稳定性等。 i) 以多种形式存储结果；支持多用户，每个用户可保存自己的特殊设置。 网址： http://www.oligo.net/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美观，最友好的分子生物学应用软件包。主要包括四个大型软件，它们分别可以对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。 Vector⑴ NTI：作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在生物研究的全过

不是我自己整理的，但是我觉得很不错 转载 from ccebbs 友情建议：crtl+F 先搜索你所需要的资源，不然眼睛都花了 前面是书名，后面是共享邮箱名 1 Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical... 2006.01.15 16:30 14082.65Kb hwzgj-chem,hwzgj-chem2 dragen 2 [坎贝尔骨科配套手术录相]01关节镜下使用..　2006.01.01 11:49　10845.83Kb ang616630 3 [坎贝尔骨科配套手术录相]01关节镜下使用..　2006.01.01 11:49　1282.29Kb ang616630 4 [坎贝尔骨科配套手术录相]01关节镜下使用..　2006.01.01 11:49　459.68Kb ang616630 5 [科学].Science.Magazine(.May.27.2005-... simonzg 6 “十一五”药物制剂开发思路　2006.01.20 14:11　902.07Kb hwzgj-phar,hwzgj-phar2,hwzgj-phar3 hjh

1. 在western实验中，通常有人采用TBS，有人采用PBS，在使用中有什么区别？ 　　选择合适的缓冲液对于维持一定PH值下蛋白质的稳定及保证实验的重复性是很重要的。PBS的缓冲能力强于TBS（因为混合缓冲液在一定的离子强度下常常具有更宽的缓冲范围），TBS在PH7.0以下缓冲能力较弱（不过PBS易污染）。但我们常常要根据我们实验目的选用合适的缓冲液，如在蛋白纯化中进行阴离子交换层析，阳离子缓冲液首选TBS；阳离子交换层析时，阴离子缓冲液则首选PBS。 western blot中使用TBS和PBS均可，只是要根据需要选择合适的浓度。 2. 没有注明可以用来做western blot的一抗，可以用来做western blot吗？ 不一定,因为有的抗体是识别线性表位的,有的是识别构象型表位的，识别构象型表位的抗体不能用于western blotting，因为在western blotting中抗体识别的是完全变性的蛋白质抗原，而蛋白质抗原的构象型表位变性时被破坏。 3. 做western每次只加一种一抗，可以同时加两种或者多种一抗的吗？ 　　最好还是不要同时加两种一抗。因为如果结果

原核表达研究者关心的10个问题 (3) pET 是目前应用最为广泛的原核表达系统，已经成功地在大肠杆菌中表达了各种各样的异源蛋白。经pET系统过与使用过和正在使用这个系统的科学家的交流，我们发现了一些在使用pET系统的过程中以及原核表达中的一些常见问题。在此，我们选取了其中一些比较有代表性的问题，附上我们的建议改进方案，并期待和你一起分享成功的喜悦。 7. 如果IPTG诱导后细胞停止了生长，是不是表示细胞死了？ T7 RNA聚合酶非常活跃，T7转录和翻译信号极强，因此，一旦诱导，细胞的主要生理活动都向着目的蛋白表达的方面转化。在通常情况下，细胞将停止生长，形成克隆的能力大大降低，但并未死亡。菌落形成试验可以用来检测表达系统的性能。也有一些例外情况，例如特别的目的基因以及一些极为严紧的载体/宿主菌组合 （比如含有pLysE的宿主菌）等，这时在诱导后菌落还是会继续生长。 8. E. coli会去除成熟蛋白N-端的甲硫氨酸吗？这种加工对目的蛋白的稳定性有何影响？ N-端fMet是否被去除受倒数第二个氨基酸影响。这个加工过程由甲硫氨酸氨基肽酶催化，并受以下关系支配：去除的困难程度随倒数第

以下为有关于gst的帖子，供大家参阅： 大肠杆菌表达的GST和人的GST有同源性么 http://www.dxy.cn/bbs/thread/402809 如何去除GST融合蛋白以外的GST的表达？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/711228 请教GST蛋白的纯化 http://www.dxy.cn/bbs/thread/585739 GST pull down http://www.dxy.cn/bbs/thread/496138 GST融合蛋白 http://www.dxy.cn/bbs/thread/632544 求助:GST http://www.dxy.cn/bbs/thread/530111 有关GST融合蛋白的纯化问题 http://www.dxy.cn/bbs/thread/298420 GST过柱纯化问题 http://www.dxy.cn/bbs/thread/158122 请教有关GST fusion protein的实验方法 http://www.dxy.cn/bbs/thread/137894 讨论：GST-融合

1.抗体的选择对于国内的大多数实验室来讲，做 western blot 实验选择抗体是个头疼的问题。原因很简单，买进口抗体捉襟见肘，买国产抗体得需要大无畏的勇气，对于我所在的兰州地区的实验者而言，感触尤深。在这五年的western blot 实验历程里，我先后用过进口抗体，进口抗体国内分装包装，国产抗体，质量良莠不齐。进口抗体一般不会出现闪失：abcam 品种全，质量过硬，但价高（3400 元/100 微升），而且说是 100 微升，但至多能吸出来 90 微升；Sigma 的价最贵；比较有性价比的是 CST 的抗体，现在好像是2200 元/100 微升，我前后用过二十几种， 1:1000 的稀释比下，还没有失过手，100微升通常能完成所有的免疫组化和 western blot 实验，还有一个优点是通常量比 100 微升多出来 10 微升，唯一的不足是 CST的品种实在不多。Santa 的多克隆抗体质量可以，但是选用 Santa 的单抗还是有风险，估计这也是业界共识了吧。进口抗体国内分装包装我也用过不少，呵呵，毕竟是穷人（420 元/ 100微升），大概好抗体的比例约为 50%，如果能做

华中农业大学02年研究生考试试题A 华中农业大学02年研究生考试试题A答案 华中农业大学02年研究生考试试题B 华中农业大学02年研究生考试试题B答案 西北农林科技大学02年研究生考试试题及答案 中科院1999年生化A、B卷、01生化B卷、02年试题 中科院生化与分子生物学试题03/04年 广州医学院1998年攻读硕士学位研究生入学考试试生物化学 广州医学院2000年攻读硕士研究生入学考试试题 中山大学医学院硕士生物化学04年试题 中山大学医学院硕士生物化学试题（2003） 中山大学医学院硕士生物化学试题（2002） 北京医科大学生物化学试题A（2000） 北京医科大学硕士研究生入学生物化学试题B（2000） 复旦大学医学院硕士生生物化学（专基）试题（2001） 复旦大学硕士生考试生物化学（2）试题（2000） 复旦大学医学院硕士生生物化学（专业）试题（2001） 复旦大学医学院硕士生生物化学试题（2003） 新疆大学分子生物学试题、生命科学与技术学院2000级分子生物学试题及答案 试题库（前面重复就不再列出－－2005年考研生物化学试题及答案、

鉴于原核表达的两大热门系统，his tag系统和gst系统，从园子里归纳出以下帖子，以方便大家参考。 这是关于his tag的讨论贴 蛋白纯化高手请指点（his） http://www.dxy.cn/bbs/thread/276543 请问哪位做过6-His蛋白？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/36760 his融合表达问题！再问载体！ http://www.dxy.cn/bbs/thread/633019 his-tag标签纯化？？？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/238044 SDS-PAGE电泳 HIS系统非变性纯化 单抗制备技术支持 http://www.dxy.cn/bbs/thread/537283 Ni柱鳌合纯化His-融合蛋白出现凝集求助 http://www.dxy.cn/bbs/thread/173220 过HIS柱后表达蛋白分子量变了！！！ http://www.dxy.cn/bbs/thread/433678 6－his标记蛋白的对纯化和功能研究的影响 http://www.dxy.cn/

很多战友（包括我）对“复杂”的生物学软件和厚厚的软件使用说明书充满了恐惧，以至于始终不能够用它们来提高自己的工作效率。很多不太懂电脑的战友就是被这些复杂的东西吓得永远不敢去用软件的。我们做StepByStep的初衷就是让初学者按图索骥地几分钟之内就学会怎么用一个生物学软件，而更进一步的功能可以在使用中自己去慢慢摸索。 StepByStep的中心思想： ++++几分钟，一个例子学会一个软件的基本使用！++++ 目标读者：生命科学各个专业，对计算机尤其是软件不很熟悉的朋友。只起到一个迅速领进门的作用。 我们的计划是： 凝胶分析Bandscan5.0、质粒绘图Plasmid draw、引物设计DNAStar、序列分析[比对-对付测序报告，酶切位点分析]DNAssist1.0、蛋白质分析[提供物化参数、抗原性、二级结构预测，helix, sheet预测，同源性比较]Antheprot4.5、统计绘图Origin7.5、文献管理EndNote7这几个东西。其实还有其它很好的软件，只是我习惯于用这些，我们可以介绍不同的软件，比如EndNote7.0和RM10.0,比如其他很常用的如PP5.0

离心原理　当含有细小颗粒的悬浮液静置不动时，由于重力场的作用使得悬浮的颗粒逐渐下沉。粒子越重，下沉越快，反之密度比液体小的粒子就会上浮。微粒在重力场下移动的速度与微粒的大小、形态和密度有关，并且又与重力场的强度及液体的粘度有关。象红血球大小的颗粒，直径为数微米，就可以在通常重力作用下观察到它们的沉降过程。 此外，物质在介质中沉降时还伴随有扩散现象。扩散是无条件的绝对的。扩散与物质的质量成反比，颗粒越小扩散越严重。而沉降是相对的，有条件的，要受到外力才能运动。沉降与物体重量成正比，颗粒越大沉降越快。对小于几微米的微粒如病毒或蛋白质等，它们在溶液中成胶体或半胶体状态，仅仅利用重力是不可能观察到沉降过程的。因为颗粒越小沉降越慢，而扩散现象则越严重。所以需要利用离心机产生强大的离心力，才能迫使这些微粒克服扩散产生沉降运动。 离心就是利用离心机转子高速旋转产生的强大的离心力，加快液体中颗粒的沉降速度，把样品中不同沉降系数和浮力密度的物质分离开。离心力(F)的大小取决于离心转头的角速度(ˉ，r/min)和物质颗粒距离心轴的距离(r，cm)。它们的关系是：F＝ˉ2R 为方便起见，F常用相对离心力也就

做了五个月的Western Blot ，有一点点小心得，给新手点经验． 蛋白提取： １． 总蛋白提取（胞膜，胞浆，胞核）： 组织匀浆后,15000g, 4度, 20分钟后,取上清. Buffer:NP40 750ul, 脱氧胆酸钠0.5克, SDS 0.1克, 加undefinedPBS 至100ml. 再加入PMSF(7.4mg/ml) 0.1ml. (现用现加) 7.4mg/ml PMSP异丙醇溶液: 取A mg PMSF 加 A/7.4 ml 异丙醇.工厂-20度储存 ２．组织膜蛋白提取：所在操作冰上进行 （1）取组织，用PBS冲洗干净组织上的血液. 加入 10ml Buffer A , 用剪刀尽可能剪碎组织,于冰上充分匀浆。每次30秒,重复3-5次. （2）离心机 1000rpm，4℃ 离心 10min 后，所得上清液转入超速离心管。(去掉大块组织及结缔组织) （3）100000g，4℃ 离心 1hr, 弃去上清.(此为胞浆蛋白,若只提取胞浆蛋白,可用10000rpm, 4度, 30分钟离心，取上清即可 )。沉淀用适量的 Buffer B重悬，4度过夜后，分装至 EP管，Eppendorf

【转帖】染色质免疫沉淀（ChIP）技术的难点及应用 本文转自密理博中国博客，转载请注明出处 作者：柴晶晶 序言 随着人类基因组测序工作的基本完成，功能基因组学的研究逐渐成为研究的热点。而基因表达的调控又是功能基因组学的一个重要研究领域。研究某个蛋白因子的调控功能，可以通过对蛋白活性（激活或抑制其活性），蛋白数量（过表达Overexpression或基因缺陷型Knockout）, 以及蛋白功能（功能缺陷型蛋白Dominant-negative mutation）的控制，影响下游基因的表达，而下游基因的变化又可以通过基因芯片（cDNA Microarray），抑制消减杂交（Suppression Subtractive Hybridization），差异显示RT-PCR等方法进行研究[1]。然而这些方法都无法提供证据证明这些变化是受某个蛋白因子直接调节的，还是间接的其他变化导致的结果。所以，要想提供蛋白因子直接调控的证据，就要直接检测蛋白质-DNA的相互作用。传统的方法包括转录因子结合实验（Transcription Factor Assay），电泳迁移率变动分析（electroph

很遗憾，dxyprotein@163.com 邮箱已经由于不正当使用遭禁用： http://www.dxy.cn/bbs/thread/3590569 http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=3705030&sty=3&age=0&tpg=1&ppg=3 请需要下面资料的朋友耐心等待，我们将将以下资料上传到老赵FTP，请以后直接从老赵航母下载，具体使用参照老赵航母规则，谢谢理解！ 邮箱中具有的资料： pinghw:about molecular zyh218:安玛西亚纯化系列操作手册 (1)affinity chromatography (2) McAb purification (3)protein amplification and simple purification (4)BPG columns (5) Hydrophobic Chromatogaphy ( 6 ) gel filtration jnuxz:GST Gene Fusion System Handbook jnuxz

下游纯化工艺简介 Downstream（下游）与上游相对的概念，一般而言，上游指基因克隆、细胞培养等目的产物表达工序，下游指从表达有目的产物的复杂的混合液中分离纯化得到符合要求的目的产物的一系列步骤。美、日、欧等发达国家生物技术产品工业化的实践证明：生物技术产品的产业化高度依赖于基因工程下游工序技术及设备的进步。 一、纯化工艺常用衔接技术： 1、盐析。常采用硫酸铵、硫酸钠盐析，获得的盐析沉淀物在低温冰箱(<-20℃)中可以长期保存。 2、等电点沉淀。根据蛋白质、多肽在等电点时溶解度最小的特点进行。 3、有机溶剂沉淀。采用冷的丙酮、乙醇沉淀蛋白质。例如人血浆蛋白的乙醇分级沉淀。 4、透析。根据目的蛋白质、多肽的分子量，选取适宜的透析袋进行透析，可以起到更换缓冲液以及去除一些低分子杂质的目的。 5、超滤。根据目的蛋白质、多肽的分子量，选取适宜截留分子量(MWcutoff)的超滤膜进行超滤。 6、真空冷冻干燥。利用在低温和高真空条件下，冰不经融化为液态水而直接升华为水蒸气的原理。可以很好地浓缩样品和保存蛋白质、多肽的生物活性。 7、变性沉淀。根据目的蛋白质、多肽对于温度或者酸碱性的耐

自我总结的Westen Blot步骤，简单实用！ 蛋白质的提取 （整个过程冰上进行） 一．组织膜蛋白 裂解液 bufferA+1%蛋白酶抑制剂 蛋白保存液 40%SDS+60%RIPA+1%蛋白酶抑制剂 1.-80°C冰箱中取出组织放入研磨管中（研磨管和配套的研磨棒事先用去离子水冲洗，用纸吸干水)按600-700μl/100mg组织加裂解液研磨（研磨后研磨管和研磨棒用去离子水冲洗，用纸吸干水） 2.用1000枪转入1.5ml离心管中4°C离心，1500转15min 3.用1000枪将上清转入差速离心专用离心管中（离心管事先用去离子水冲洗）用裂解液配平 4.差速离心33000-35000转（45000g）30min 5.弃上清，沉淀加入150μl左右蛋白保存液（根据沉淀的量调整）用枪来回吹打使沉淀溶解，枪头在液面下，尽量不要出沫 6.将上述液体分装到0.5ml离心管中，每管20-25μl，留一管-20°C保存测浓度，其余放入-80°C保存 二．组织总蛋白 裂解液 40%SDS+60%RIPA+1%蛋白酶抑制剂 1.-80°C冰箱中取出组织放入研磨管中（研磨管和配套的研磨棒事先要用去

由于是新手，且前次在实验间隙整理，时间仓促，有诸多不足，现重新整理如下： SDS-PAGE前两条Marker样品弥撒原因 SDS-PAGE电泳中溴酚兰指示带弥散的问题 电泳时蛋白条带弥散 蛋白质跑不到分离胶中 SDS-PAGE怎么跑不出带？ 蛋白条带丢失的原因 电泳快速脱色及染色 从sds胶里面回收蛋白的几个相关问题 SDS-PAGE电泳后可以回收再复性吗？ 用什么方法保存二维电泳SDS胶？ SDS聚丙烯酰胺凝胶的干燥保存方法 等电点与电泳 我在SDS-PAGE中所犯的错误 低分子量蛋白电泳相关问题以及相关文献下载 求助: 蛋白电泳时20KD以下的条带跑不出来该怎么办? 分离胶的浓度问题 蛋白电泳“阅片”——侃侃有什么问题 请教~电泳图谱分析 请指教, SDS-PAGE染色后出现的这两条带是什么.... 为什么是这样的带形（分离胶下端带形差） 请问怎么解释我的SDS-PAGE电泳图谱? 急！！！！！！！蛋白拖尾呀！！！ 请教2D电泳的问题 请教2D上的纵纹原因 蛋白样品煮沸后出现不溶物的处理 有关电泳溶液的配制问题 sds-page

喷血推荐blue sliver胶体考染法！ 我做了2D的三块平行胶，一个一般考染，一个blue sliver，一个银染（如图从左到右）， 我想不用我多解释什么了吧？！！ 愿意喷血向大家汇报这种染色方法的初步尝试结果和经验！！ 一、先讲讲本版对这种染色方法的提出和进一步讨论过程： 1、siashq大侠在“请教：2DE考染的困惑” http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=1253068&sty=1&tpg=2&age=0 中提出银染灵敏度高，但质谱鉴定成功率低；而考染质谱鉴定成功率高，但灵敏度不够；好多地方只接受考染标本质谱。 这也是所有做2D――质谱人的困惑，一些更有意义的蛋白质往往是一些低丰度蛋白质，做分析型2D的银染，发现一些低丰度蛋白质，可是做制备型考染时往往灵敏度不够，检测不到。 之后，yezi0623大侠首先提到“electrophoresis杂志2004年25卷1237页的方法，戏称blue silver！”；然后jnuxz主任大人，为我们提供了全文。可是全文只给了配方并没有给出详细步骤。 si

这是园子里各位战友的经验或者困惑，希望对大家在研究和工作中有一定的帮助。 蛋白表达？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/109985 蛋白表达 http://www.dxy.cn/bbs/thread/518317 原核表达？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/111135 基础表达？ http://www.dxy.cn/bbs/thread/218210 蛋白表达 http://www.dxy.cn/bbs/thread/670157 表达讨论专版 http://www.dxy.cn/bbs/thread/198841 请教-pET表达 http://www.dxy.cn/bbs/thread/133998 help!融合蛋白表达 http://www.dxy.cn/bbs/thread/125970 蛋白表达问题 http://www.dxy.cn/bbs/thread/695557 蛋白融合表达 http://www.dxy.cn/bbs/thread/493123 请蛋白表达高手帮忙 http://www.dx

蛋白质的检测与分析——Western blot 一个基因表达终极结果是产生相应的蛋白质（或酶）。因此检测蛋白质是测定基因表达的主要标志，检测蛋白质的方法很多，除ELISA法外，也可用与检测DNA和RNA相类似的吸印方法。前两法有“南”和“北”之意，故本法遂被延伸称为Western（西）印迹法，该法能用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨出与专一抗血清结合的专一性蛋白质。将聚丙烯酰胺凝胶上分辨出的蛋白质转移到硝酸纤维素膜上并与第一抗体共孵。第一抗体专一地与待分离蛋自质的抗原决定簇结合，然后用另一种蛋自质，如135I-蛋白A或辣根过氧化物酶连接的山羊抗IgG检测已结合上去的抗体。本法所需时间6小时或过夜。 一、蛋白质的聚丙烯酰胺凝胶电泳 几乎所有蛋白质电泳分析都在聚丙烯酰胺凝胶上进行，而所用条件总要确保蛋白质解离成单个多肽亚基并尽可能减少其相互间的聚集。最常用的方法是将强阴离子去污剂SDS与某一还原剂并用，并通过加热使蛋白质解离后再加样于电泳凝胶上。变性的多肽与SDS结合并因此而带负电荷，由于多肽结合SDS的量几乎总是与多肽的分子量成正比而与其序列无关，因此SDS多肽复合物在聚丙烯酰凝胶电泳中

选择材料及预处理 　　以蛋白质和结构与功能为基础，从分子水平上认识生命现象，已经成为现代生物学发展的主要方向，研究蛋白质，首先要得到高度纯化并具有生物活性的目的物质。蛋白质的制备工作涉及物理、化学和生物等各方面知识，但基本原理不外乎两方面。一是得用混合物中几个组分分配率的差别，把它们分配到可用机械方法分离的两个或几个物相中，如盐析，有机溶剂提取，层析和结晶等；二是将混合物置于单一物相中，通过物理力场的作用使各组分分配于来同区域而达到分离目的，如电泳，超速离心，超滤等。在所有这些方法的应用中必须注意保存生物大分子的完整性，防止酸、硷、高温，剧烈机械作用而导致所提物质生物活性的丧失。蛋白质的制备一般分为以下四个阶段：选择材料和预处理，细胞的破碎及细胞器的分离，提取和纯化，浓细、干燥和保存。 　　微生物、植物和动物都可做为制备蛋白质的原材料，所选用的材料主要依据实验目的来确定。对于微生物，应注意它的生长期，在微生物的对数生长期，酶和核酸的含量较高，可以获得高产量，以微生物为材料时有两种情况：（1）得用微生物菌体分泌到培养基中的代谢产物和胞外酶等；（2）利用菌体含有的生化物质，如蛋白质、核酸和