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又称RNA指导的RNA聚合酶，为以RNA为模板合成RNA的酶，存在于某些RNA病毒中，其底物和作用方式均与DNA指导的RNA聚合酶相似。大肠杆菌噬菌体f2、MS2、R17和Qβ的染色体含RNA，不含DNA。这些RNA可直接作为合成病毒蛋白质的mRNA。它们是在宿主细胞中因RNA复制酶的作用合成的。这些复制酶在病毒侵染时才在宿主大肠杆菌细胞中产生，且对模板专一。就是说，QβRNA复制酶只能用QβRNA作模板合成病毒的RNA链，宿主细胞的RNA并不复制。
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