体外转录实用技巧

生成全长转录组

使用 Ambion 转录试剂盒合成的大多数 DNA 模板都可以生成全长转录组，无需任何优化。然而，一些模板可能产生过早终止的产物，如较小的离散带或拖尾/降解产物。对于印迹杂交，通常不需要全长 RNA 探针。然而，对于许多其他分析，至关重要的是转录进行到模板的末端，全部生成同一种大下的转录组（例如 NPA，体外翻译研究和结构分析）。转录反应失败或不良的两个最常见因素是标记核苷酸中的抑制剂和质量较差的 DNA 模板。应执行一系列简单的实验来确定转录反应失败的原因；随附的流程图概述了这一过程。以下列出了其他一些策略，用于增加有问题的转录反应中的全长产物比例。

增加限制性核苷酸的浓度

用最低浓度的标记核苷酸进行转录反应，可能由于核苷酸浓度不足而产生过早终止的转录组。增加限制性核苷酸的浓度通常会提高全长转录组的产量。

降低反应的孵育温度

通常，转录反应在室温或 37°C 下进行。将温度降低至约 16°C 或甚至 4°C 有时可以改善转录反应。人们认为，较低的反应温度会减慢聚合酶的进展，从而防止其被二级结构或一个特定核苷酸串置换。（想象一下玩具火车全速绕弯前行与缓慢绕同一条路线前行。）

使用不同的聚合酶

通常用于体外转录的三种 RNA 聚合酶可以相互不同地转录给定的模板。当转录不能完成时，可以充分利用这种转录给定模板序列的不同能力。改变转录模板前面的聚合酶启动子序列是一种劳动密集型修复，因为它可能需要设计 PCR 引物或亚克隆。Ambion 具有可简化过程的载体和引物。pTRIPLEscript 系列载体具有串联排列的 SP6、T7 和 T3 启动子，这些载体特别适用于亚克隆转录模板。或者，Ambion 的无克隆启动子添加试剂盒 Lig'nScribe 可用于改变可 PCR 扩增的 DNA 片段的启动子位点。

文章来源：赛默飞世尔科技