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超螺旋 superhelix

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2609

E.coli DNA 的总长度是其细胞长度的 100 倍,那么它的 DNA 怎样包装成类核( mucleoid )呢?原来其 DNA 存在着超螺旋。 1963 Jevome Vinogred 在离心分离多瘤病毒( polyoma virus )的环状 DNA 时,原以为在离心管中只会出现一条带,结果出现了两条带,他认为一条可能是松驰型 DNA ,另一条可能是超螺旋 DNA ,从而发现了 DNA 的超螺旋。双螺旋进一步卷曲就会形成三级结构——超螺旋( Supercoied )。超螺旋又分成负超螺旋和正超螺旋两种。自然状态的共价闭合环状 DNA cccDNA )一般都呈负超螺旋状态,超螺旋的部分呈右手螺旋。某些属平面芳香族分子的药物或染料,如吖啶橙、溴化乙锭等可以插入相邻的两个碱基之间,促进产生正超螺旋,其螺旋部分是左手螺旋。闭合环若被切开一条单链,或在双链上交错切割,都会形成开环( II DNA ),此时呈松驰型( relax form )。若此时再将缺口封闭起来,形成环状( I ° 型)仍是松驰形,无超螺旋存在。毫无疑问线状的 DNA 是不可能形成超螺旋的。不同类型的 DNA 的沉降系数和泳动率不同,我们可以用密度离心和凝胶电泳来进行鉴别。另外也可以用电镜来直接观察

不同类型 DNA 的三级结构及性质

 

DNA 类型

 

形态

 

拓扑结构

 

沉淀系数

 

电泳迁移率

 

 

闭合环

 

超螺旋

 

1.41

 

最快

 

Ⅰ°

 

闭合环

 

松弛形

 

1.41

 

最慢

 

 

开环

 

松弛形

 

1.14

 

同Ⅰ°型

 

 

线形

 

松弛形

 

1.00

 

中等速度

 

 

 

超螺旋是可以定量描叙的。 White 1969 通过微分几何的研究,建立了 White 方程( L=T W )来说明环绕数和超螺旋的关系。

 

L Linking nnmber ):链环数或称拓扑环绕数,指 cccDNA 中一条链绕另一条链的总次数。其特点是 (1) L 是整数; (2) cccDNA 中任何拓扑学状态中其值保持不变; (3) 右手螺旋对 L 取正值。

 

T Twisting number ):缠绕数,即双螺旋的圈数。其特点是 (1) 可以是非整数; (2) 是变量; (3) 右手螺旋时 T 为正值。

 

W Writhing number ):扭曲数,即超数旋数。其特点是 (1) 可以是非整数; (2) 是变量; (3) 右手螺旋时, W 取负值。

 

无论是 L 数的增加或减少,即加旋或解旋, DNA 分子具有维持 B-DNA 结构的倾向,即由 10 碱基构成一个螺旋,因此, DNA 的长度确定后,“ T 会保持不变,加旋和解旋的影响由三极结构的扭曲来抵消。现举例说明这三者之间的关系。如有松驰的 B-DNA ,共有 420bp ,一条链绕另一链 42 次,正好形成 42 圈螺旋,则 L=T=42 ,所以 W=0 ,无超螺旋。若固定一端,另一端按顺时针方向旋转 6 圈,使双螺旋解开 6 圈,再将双链连接成闭合环,而 DNA 仍要保持 B-DNA 的结构,每个螺旋由 10 bp 组成, T 又变成最初的 42 ,即有 42 个螺旋,则 L=36 T=42 ,所以 W=-6 ,即形成了 6 个负超螺旋(右旋),在此情况下, T 值保持不变,Δ T=0 ,Δ L= Δ W

 

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