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题目： A Dataset of Human Liver Proteins Identified by Protein Profiling via Isotope Coded Affinity Tag (ICAT) and Tandem Mass Spectrometry
类别：蛋白质组／表达谱
出处：MCP Papers in Press. Published on July 21, 2004 as Manuscript D400001-MCP200
主要观点、创新点及学术、技术意义：
• 文章以Huh7人肝癌细胞代表转化细胞，以人胎肝原代培养细胞（HFH）和HH4人肝细胞系（来自永生化的胎肝细胞系）代表非转化细胞，抽提这些细胞并进行了蛋白质组学分析。这些细胞受激后的和非受激对照细胞的蛋白提取物都进行了ICAT标记，然后进行胰酶酶解、过阳离子交换柱以及亲合素亲合色谱柱。最后含有半胱氨酸的肽段通过毛细管液相色谱—串联质谱（MS/MS）进行分析。
• 质谱数据通过SEQUEST软件搜索IPI (v2.28)数据库，接下来采用新的统计学算法对每个实验的SEQUEST搜索结果的集合进行分析。首先PeptideProphet软件被用来区分正确的鉴定结果和假阳性的结果，该软件对每个肽段鉴定结果都赋予一个概率值，并计算每次试验中该质谱对每条序列的灵敏度和误差率。其次，PeptideProphet软件被用来推断蛋白鉴定结果和计算蛋白质被正确鉴定的概率，这种计算是基于可获得的肽序列证据的。
• 通过PeptideProphet概率分值P≥0.5（误差率低于5%）条件过滤，三种细胞Huh7、HFH和HH4人最后分别鉴定出1296、1430和1476种蛋白质或“蛋白群”，三种细胞总共鉴定出2486种蛋白质或“蛋白质群”。当P≥0.9（误差率低于1%）时，这四个值分别为1146、1235、1318和2159。
• 由于Huh7和HFH是被筛选用于研究对干扰素反应的，因此实验中在细胞收获前用IFNα2b对之进行刺激16h。细胞裂解后通过密度梯度离心分级为胞液、膜和胞核三组分。在用ICAT标记时，用轻核12C标记从受激细胞中来的蛋白质，用重核13C标记从对照细胞中来的蛋白质。HH4则是通过蜕皮激素诱导系统构建的细胞系。
• 在P≥0.9 / P≥0.5条件下，三种细胞都共有的蛋白质总共鉴定出496 / 540个，Huh7、HFH和HH4分别独有的蛋白鉴定出337 / 397、364 / 457和414 / 456个。
不足之处：
文章拿到了较为丰富的数据集，但没有对这些数据的进行进一步挖掘来阐明相应的生物学意义，仅仅是为了做表达谱而做表达谱，文章学术档次没有得到应有的提升，这不应该是蛋白质组的发展趋势和追求。但也有可能会有另外的文章在对这一数据集进行详尽的分析和生物学挖掘。
类别：蛋白质组／表达谱
出处：MCP Papers in Press. Published on July 21, 2004 as Manuscript D400001-MCP200
主要观点、创新点及学术、技术意义：
• 文章以Huh7人肝癌细胞代表转化细胞，以人胎肝原代培养细胞（HFH）和HH4人肝细胞系（来自永生化的胎肝细胞系）代表非转化细胞，抽提这些细胞并进行了蛋白质组学分析。这些细胞受激后的和非受激对照细胞的蛋白提取物都进行了ICAT标记，然后进行胰酶酶解、过阳离子交换柱以及亲合素亲合色谱柱。最后含有半胱氨酸的肽段通过毛细管液相色谱—串联质谱（MS/MS）进行分析。
• 质谱数据通过SEQUEST软件搜索IPI (v2.28)数据库，接下来采用新的统计学算法对每个实验的SEQUEST搜索结果的集合进行分析。首先PeptideProphet软件被用来区分正确的鉴定结果和假阳性的结果，该软件对每个肽段鉴定结果都赋予一个概率值，并计算每次试验中该质谱对每条序列的灵敏度和误差率。其次，PeptideProphet软件被用来推断蛋白鉴定结果和计算蛋白质被正确鉴定的概率，这种计算是基于可获得的肽序列证据的。
• 通过PeptideProphet概率分值P≥0.5（误差率低于5%）条件过滤，三种细胞Huh7、HFH和HH4人最后分别鉴定出1296、1430和1476种蛋白质或“蛋白群”，三种细胞总共鉴定出2486种蛋白质或“蛋白质群”。当P≥0.9（误差率低于1%）时，这四个值分别为1146、1235、1318和2159。
• 由于Huh7和HFH是被筛选用于研究对干扰素反应的，因此实验中在细胞收获前用IFNα2b对之进行刺激16h。细胞裂解后通过密度梯度离心分级为胞液、膜和胞核三组分。在用ICAT标记时，用轻核12C标记从受激细胞中来的蛋白质，用重核13C标记从对照细胞中来的蛋白质。HH4则是通过蜕皮激素诱导系统构建的细胞系。
• 在P≥0.9 / P≥0.5条件下，三种细胞都共有的蛋白质总共鉴定出496 / 540个，Huh7、HFH和HH4分别独有的蛋白鉴定出337 / 397、364 / 457和414 / 456个。
不足之处：
文章拿到了较为丰富的数据集，但没有对这些数据的进行进一步挖掘来阐明相应的生物学意义，仅仅是为了做表达谱而做表达谱，文章学术档次没有得到应有的提升，这不应该是蛋白质组的发展趋势和追求。但也有可能会有另外的文章在对这一数据集进行详尽的分析和生物学挖掘。
