怎么阅读质粒图谱？

最近由于实验需要, 需要查阅载体图谱, 到园子里搜罗一番, 发现虽然有人问载体图谱阅读的问题, 也有前辈回答, 但都不详细, 借自己也在琢磨这个问题的机会, 将我学到的东西整理一下, 于大家分享, 也算我对 DXY 的一点小小贡献!

载体主要有病毒和非病毒两大类, 其中质粒 DNA 是一种新的非病毒转基因载体。

一、一个合格质粒的组成要素

1、复制起始位点 Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。

2、抗生素抗性基因 可以便于加以检测，如 Amp+ ,Kan+

3、多克隆位点 MCS 克隆携带外源基因片段

4、P/E 启动子/增强子

5、Terms 终止信号

6、  加 poly（A）信号 可以起到稳定 mRNA 作用

二、如何阅读质粒图谱

第一步：首先看 Ori 的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）

第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。

（1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
（2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。
（3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶 使 G418（长那霉素衍生物）失活
（5）hygr 使潮霉素β失活。

第三步：看多克隆位点（MCS）

它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。

第四步：再看外源 DNA 插入片段大小。

质粒一般只能容纳小于 10Kb 的外源 DNA 片段。一般来说，外源 DNA 片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。

第五步：是否含有表达系统元件。

即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。

启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号

 启动子－促进 DNA 转录的 DNA 顺序，这个 DNA 区域常在基因或操纵子编码顺序的上游，是 DNA 分子上可以与 RNApol 特异性结合并使之开始转录的部位，但启动子本身不被转录。

 增强子/沉默子－为真核基因组（包括真核病毒基因组）中的一种具有增强邻近基因转录过程的调控顺序。其作用与增强子所在的位置或方向无关。即在所调控基因上游或下游均可发挥作用。/沉默子－负增强子，负调控序列。

 核糖体结合位点/起始密码/SD 序列（Rbs/AGU/SDs）：mRNA 有核糖体的两个结合位点，对于原核而言是 AUG（起始密码）和 SD 序列。

 转录终止顺序（终止子）/翻译终止密码子：结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列，此位点 down－stream 有一段 GT 或 T 富丰区，这 2 部分共同构成 poly（A）加尾信号。结构基因的最后一个外显子中有一个 AATAAA 的保守序列，此位点 down－stream 有一段 GT 或 T 富丰区，这 2 部分共同构成 poly（A）加尾信号。

回答有人之前提出的一个问题：为什么质粒图谱上有的箭头顺时针有的箭头逆时针，那其实是代表两条 DNA 链，即质粒是环状双链 DNA，它的启动子等在其中一条链上，而它的抗性基因在另一条链上.:^)

三、介绍一下关于载体的知识（虽然课本上都有写）

1. 什么是载体？

即要把一个有用的基因（目的基因——研究或应用基因）通过基因工程手段送到生物细胞（受体细胞），需要运载工具（交通工具）携带外源基因进入受体细胞，这种运载工具就叫做载体（vector）。

P.S. 基因工程所用的 vector 实际上是 DNA 分子，是用来携带目的基因片段进入受体细胞的 DNA

2. 载体的分类

―――按功能分成：（1）克隆载体 都有一个松弛的复制子，能带动外源基因，在宿主细胞中复制扩增。它是用来克隆和扩增 DNA 片段（基因）的载体。（所以有时实验时扩增效率低下，要注意是不是使用的严谨行载体）

（2）表达载体 具有克隆载体的基本元件（ori,Ampr,Mcs 等）还具有转录/翻译所必需的 DNA 顺序的载体。

―――按进入受体细胞类型分：（1）原核载体（2）真核载体（3）穿梭载体（sbuttle vector）指在两种宿主生物体内复制的载体分子，因而可以运载目的基因（穿梭往返两种生物之间）.

P.S. 穿梭质粒含原核和真核生物 2 个复制子，以确保两类细胞中都能扩增。

3. 基因工程载体的 3 个特点：

（一）都能独立自主的复制：载体 DNA 分子中有一段不影响它们扩增的非必需区域，如 MCS，插在其中的外源 DNA 片段，能被动的跟着载体一起复制/扩增，就像载体的正常成分一样。

（二）都能便利的加以检测： 如载体的药物抗性基因，多是抗生素抗性基因，将受体细胞放在含有该抗生素培养板上培养生长时，只有携带这些抗性基因的载体分子的受体细胞才能存活。

（三）都能容易进入宿主细胞中去，也易从宿主细胞中分离纯化出来。

4. 载体的选择和制备：

选择载体主要依据构建的目的，同时要考虑载体中应有合适的限制酶切位点。如果构建的目的是要表达一个特定的基因，则要选择合适的表达载体。

载体选择主要考虑下述 3 点：

【1】构建 DNA 重组体的目的，克隆扩增/表达表达，选择合适的克隆载体/表达载体。

【2】. 载体的类型：

（1）克隆载体的克隆能力－据克隆片段大小（大选大，小选小）。如<10kb 选质粒。

（2）表达载体据受体细胞类型－原核/真核/穿梭，E.coli/哺乳类细胞表达载体。

（3）对原核表达载体应该注意 3 点：

①选择合适的启动子及相应的受体菌；

②用于表达真核蛋白质时注意克服 4 个困难和阅读框错位；

③表达天然蛋白质或融合蛋白作为相应载体的参考。

【3】载体 MCS 中的酶切位点数与组成方向因载体不同而异，适应目的基因与载体易于链接，不产生阅读框架错位。

选用质粒（最常用）做载体的 4 点要求：

①选分子量小的质粒，即小载体（1－1.5kb）→不易损坏，在细菌里面拷贝数也多（也有大载体）；

②一般使用松弛型质粒在细菌里扩增不受约束，一般 10 个以上的拷贝，而严谨型质粒<10 个。

③必需具备一个以上的酶切位点，有选择的余地；

④必需有易检测的标记，多是抗生素的抗性基因，不特指多位 Ampr（试一试）。

无论选用哪种载体，首先都要获得载体分子，然后采用适当的限制酶将载体 DNA 进行切割，获得分子，以便于与目的基因片段进行连接。

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