关于全血的保存-DNA提取-pcr个人经验
互联网
做了好多DNA提取保存,吃了很多亏给大家点建议吧:(有疑问可以回帖,有时间我会回答如果我知道)。
EDTA抗凝最好,肝素也可以不过经常会影响后续试验,一般可以保存在-20和-80保存3-5年没有问题——保存时间越长似乎dna提取越少,再长时间我也没有试过,注意解冻一次大概损失20%左右(提取感觉估计得到的可能不准),放的时间长也会降解一些。4°做好不要太长3天我是试过没有问题再长不知道了。血凝块就算了吧太难了结果不稳定。如果要分离血浆请在把血冻起来之前,其实越早越好否则有时候会溶血就麻烦,对提取DNA没有影响,但是对提取血浆就问题大了。
一般离心柱法提取比较纯,片段短一些,损失大一些,沉淀法提取出来要长一些,效率比较高,估计沉淀法提取出来的是离心柱发的2-3倍量(注意了沉淀法有时候杂质太多70%沉淀这一步可以多1-2次)也可以自己配试剂提取摸索一下,我没有试过,听说不是很难。
(试剂盒最好问一下保存液的成分)其实多数国产公司提取都没有问题都好用。
1. 天根沉淀法和离心柱法——听说是QIAGEN的技术当然QIAGEN非常好就是太贵根本没有必要考虑有的政府部门钱多没有地方花采用它:方便、简单、比进口便宜,优点蛋白酶k可以放常温,有个致命缺点就是提取的DNA保存时间很短。运气不好似乎常温下2小时就开始降解,有时候在4°放一周就降解了,让人很烦,放-20反复解冻,几次之后也不行了。(我有一批烦放了2个月都挺好,有一批才第二天就做不出来跑胶结果降解-连上前边的降解500个左右气啊)我写信问过为什么了。他们回答是因为他们洗脱液(DNA保存液TB)成分里边的问题,保存te就会好,你要保存你可以自己配TE,怎么服务的,说明书上也不写出来,现在不敢用他们的了(还有他们的稍微贵一点,用便宜的好了),以前用的货号DP-318。
2. 康为世纪的离心柱和沉淀法:方便、简单、比天根的更便宜,DNA保存的时间似乎比天根的长,似乎4°一个月没有问题,再长没有试过(等试试再来补充因为现在才改用他们的),我认为洗脱液(DNA溶解液)似乎和天根不同,含有EDTA呵呵tris吧,4°1个月没有问题我放过50多个样本,我估计1年没有问题,缺点蛋白酶k只能放-20要注意保存好
总结:推荐后两个吧其他试剂盒没有用过,沉淀法300ul血可以做100次pcr,25ul体系,离心柱发法600ul血。
双蒸水不好很容易降解特别在4°,ph8.0的水(加氢氧化钠):稍微好一点,在4°搞不好就一周降解,加点EDTA会好很多-EDTA我感觉2mmol就可以了最好每微升不要超过5mmmol-太多影响pcr,TE不错可以放很长时间在4°至少一个月,一般te里边就1mmolEDTA,也可以加到2,有时候可以保存1年没有问题,用试剂盒看厂家提供的配方了,一般和这几个差不多,又怕EDTA影响实验又担心不好保存可以用没有加EDTA的TE。
ps1:提取基因组时候同时线粒体DNA也被提取了,我试过。