SNP与疾病易感性关系的研究

SNP位点信息已知的情况下， 选择SNP的GENOTYPING的方法，主要根据你的经费情况设计，我分别给你分析一下现状：

A、一般实验室： 经费一般， 仪器不具备时， 最多用的是以下两种方法：

1、 基于PCR的方法，也叫AS-PCR， (ALLELE-SPECIFIC PCR)的办法，园子里这方面的东西不少，特别是在遗传发育版面应该很多。 主要原理是利用引物在扩增时3'端相对高的BASE要求，进行设计。这个方法是最便宜的， 不需要酶切， 一次PCR就可以得到GENOTYPING的信息。
缺点： PCR对于3'端的特异性在不同退火温度时有出入， 所以退火温度的摸索很关键，否则假阳性扩增是很容易的。另外， 内参照的设置也很重要，这个东西还是很有意思的。 而且，所使用的引物位置无法人为调整，只能放在SNP的5'段。

2、基于酶切分型。 依靠限制性内切酶的忠贞性进行单SNP的分型。 SNP突变与否， 可能影响某个酶识别位点的存在或消失。 通过酶切产物的电泳条带，判断SNP的突变的情况， 即纯和， 野生纯和，和杂和子。
当没有直接可利用的酶切位点时，可以采用突变引物中个别BASE，从而凑成切点的设计，也叫做RG-PCR， restriction site generation PCR。

B、有经费的实验室的方法：

这里我写几个自己曾经涉足过的方法，可行性比较强， 但是需要相应的经费支持和相应的仪器，但是通量相对更高， 效率更好：

1、直接测序， 基于PCR产物的直接sequencing的方法， 比对序列结果， 就可以进行SNP的识别和分析。

2、分型质谱， 华大生物信息平台那边可以外接服务， 提供PCR产物即可。

3、pyro-sequencing， 微测序， 中科院遗传所 王沥研究员那里有可以联系的外接服务。

4、D-HPLC， 变性高效液相色谱法。 北京可以去联系做的地方不少， 北京大学生科院有机器， 另外北京大学肿瘤研究所也有机器， 国家人类基因组陈标那里也有一台， 需要做的话， 拿着经费和他们联系就可以， 这个方法也很不错， 价钱可以商量。

5、还有些方法，如DNA芯片技术适合对于large scale 的SNP的筛查， 一般用于组学领域， 可能不适用与您的情况。 还有许多如荧光共振能量转移等方法/探针杂交法等，并未在本领域中国内推广， 就不一一介绍了。