【交流】亚基因组的定义

亚基因组的定义

一，这是别人问我的两个问题的回答词：

1.什么是亚基因组？

我查到一些资料：

披膜病毒科（Togavride）病毒，其下4个属，其中一个属是甲病毒属（Alphavirus）,其Genome是单链（+）RNA,其单独即可引起完整的复制周期。

而其Genome 3’末端后1/3编码数种病毒结构Propeins,含4100个核苷,这一区域也称为亚基因组mRNA(subenomic RNA),或称为26S mRNA,此区域编码病毒结构蛋白,即病毒颗粒多肽成分。——金奇主编，医学分子病毒学，科学出版社，2001，P403，P407，P409

　 风疹病毒（Rubella virus,RUV）Genome为单链RNA,其Genome3’第6389位核苷酸至亚基因组RNA（subgenomic RNA,24S RNA）起始位点。Sindis virus的基因组的相应区域参与亚基因组RNA的合成。

RUV基因组的24 S RNA由3327个核苷酸组成（不包括PolA尾），其5’末端和3’末端同样具有帽状结构和PolA尾,而且被甲基化。24 Ｓ RNA与病毒基因组3’相对应，编码病毒的3个结构蛋白，其排列顺序为5’—C—E2—E1—3’。

——金奇主编，医学分子病毒学，科学出版社，2001，P487

典型的反转录病毒含3~4个“基因”，是由gag—pol—env组成。Env多蛋白将mRNA重新拼接成一个短的亚基因组的（Subgenornic）信使，翻译成Env产物。

——徐晋麟 等，现代遗传学，科学出版社，2001，P745，P746

——张玉静 主编 分子遗传学，科学出版社，2000，P347

Subgenome就是特指一些有多个翻译起始位点的+RNA病毒，在感染细胞过程中加工产生的有隐含的翻译起始位点的RNA片断，这种RNA片断由可编码病毒的PROTEINS。

这不是一个严格定义，过几天我请人把严格定义（有些背景资料，比较多）打出来。

2.RNA转录：可能是+RNA病毒之以+RNA为模板合成mRNA的过程。

仅供参考！

二，另一个定义：

Subgenome:

"We propose to define subgenome as independent replicons that derive from the host genome having essential gene.It is discriminated from large-sized plasmids or second chromosomes often found in many bactria,based on their a prioi presence."

　　　　　　　　　-------------------Mitsuhiro Itaya　 and　 Teruo Tanaka,Experimental surgery to create subgenome　of　Bacillus subtilis 168,PNAS(1997).Vol.94.pp5378-5382.

本是发在生物化学与分子生物学讨论版的，但是那里不欢迎我，所以删除原贴，并发到这里，不是重复发贴。