不会 python，不懂 R？教你一招快速分析基因表达谱

前几天学霸平台有一篇推文《这才是科研狗脱贫的王道》，开篇用一组气势磅礴的排比句道破生物科研狗脱贫的天机 ---- 生物信息学。

的确有师姐靠生物信息学发高分文章，也有师兄毕业进华大、博奥、华因康，持股分红薪资强，摇身一变，从此走上人生巅峰。

可是，作为科研狗，想要走上人生巅峰，首先你得能毕业。

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说到生物信息学（bioinformatics），通常在处理高通量数据的过程中，我们往往需要借助一些表达谱信息进行比对分析，通过不同类型样本之间的比较，获得与疾病表型存在显著相关性的基因标识。

而这一系列过程中，不仅需要生物知识，而且需要懂信息，也就是会一门计算机语言，比如 python、R 语言等。

但是对于刚入门的科研狗，不会 python ，不懂 R 语言，怎么破？今天小编教你一招快速分析基因表达谱。

纳尼，你在逗我吗？对，你没看错，就是伟大而神奇的 NCBI 。惊不惊喜，意不意外？用好这个 Web 版工具，距离人生巅峰已经不远了。

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你可能不知道，NCBI 为了让我们变得更傻瓜而变的更加智能，去年就已经把表达谱数据和基因数据 Gene 整合到一起。

我们只要在 NCBI 首页里，左边选择「Gene」，右边直接搜索「expressioncategory ubiquitous expression」就可以得到所有含有表达谱的基因：共 40963 个。

以比较常见的 MAPK1 基因为例，

点进去，乍一看是不是和原来没什么差别？不过仔细观察，差别还是有的——在基因的描述下面多了一行「Expression」：

点击「See more」，会直接下拉到表达谱的柱状图上，对，你没有看错，就是已经给你分析好的柱状图：

从图中可以明显的看出 MAPK1 基因在不同组织里的表达程度，注意，在右上角有个「details」的按钮，点一下，就会直接链接到这里：

右上角有个「Download」按钮，我们可以点击就能直接下载这个柱状图所对应的样本 SRA 数据，是不是很惊喜？

这还没有完，这只是一部分数据，以 MAPK1 基因为例，总共有四个测序的数据在里面，可以通过下拉菜单来切换：

最后，One more thing，有时候可能你想要搜索基因在某种动物中的表达程度，比如小鼠的肝脏组织或者人类的肾脏组织。即要怎么样搜索你所关心的表达模式呢?

这个只要限定搜索关键词就可以了，下面我们还是以 MAPK1 基因为例，比如说： MAPK1 在小鼠肝脏组织的表达模式

输入「mouse[orgn] liver[expression/tissuesMPAK1」搜索到的是在小鼠（mouse[orgn]）的肝脏组织（liver[expression/tissues]）中有表达数据的与 MPAK1 基因相关的基因，共 34 个。

再比如： MAPK1 在人类肝脏组织的表达模式，包括已知互相作用基因有 247 个。

好好利用 NCBI 吧，它将是你走上人生巅峰的第一步，相信不久的我们，都会顺利毕业，升职加薪，走上人生巅峰。