如何正确使用 Quantity One 进行蛋白定量？
丁香园
凝胶电泳是每个做分子生物学的研究者天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。
目前有大量软件可以用于分析电泳结果，最备受推崇的应该属 Biorad 公司的 1D 凝胶分析软件 Quantity One，其最大的优点是可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量，同时它的很多功能渗透了艰深的数理理论以及概率统计的原理。该软件的最新版本可以在 Bio-Rad 的官网免费下载，以供试用或用户升级之用。
它的定量方式：
首先，根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下的面积作为电泳条带的定量根据；
其次，它能够最大程度地排除不同泳道之间的背景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎相同的起跑线上进行对比。
执行步骤：
由于 Quantiy One 只能识别黑白的 TIF 文件，且发表论文时，很多杂志也要求提供 TIF 等格式的图片；
因此，建议大家从一开始扫描就统一存储为 TIF 格式的图片。
步骤主要分为四块，分别是创建泳道、不同泳道的背景排除、创建条带、高斯建模与结果分析。此篇主要介绍前两块。
01 创建泳道
1.打开我们要分析的电泳图片；
2.选择 Lane-Auto Frame lanes，这时，如果电泳图片比较标准，软件就会自动识别出每条电泳泳道的位置，而且将各个泳道的路径用一条红线标出来；
3.如果对软件自动标记的泳道不满意，可以通过 Lane-Edit Frame 下级各个子菜单提供的功能对泳道框架位置、大小等进行调节；
注意：
不是所有电泳图片的泳道都能被 Quantity One 自动识别。在不能自动识别的情况下，软件就会弹出对话框告知不能识别泳道，这时就需要手工绘制电泳泳道，方法和上面一样，通过 Lane-Single Lane-Creat Lane 来实现。
02 不同泳道的背景排除
1.选择 Lane-Lane Background，随后鼠标即变成一个绿色的「+」，将鼠标移到打算进行背景排除的泳道，点击左键一下，立刻就会弹出如下图所示的对话框。
其中「Optical Density」显示的是该泳道光密度值的分布情况。该泳道自身存在着一定的光密度「背景」，这个背景的存在导致该泳道上各个电泳条带之间不能处于同一水平进行对比；
2.「Lane Background Subtraction」对话框上方「All Lanes」表示可以对所有泳道进行一次性处理，下方的「Selected Lane」表示仅针对此次选中的这个泳道进行处理；
3.用鼠标选择「Selected Lane」的「Lane On」选项，然后在下面的「Rolling Disk Size」里填上「5」，再按「回车键」；
4.现在「Optical Density」中出现了一条紧紧沿着光密度曲线分布的酱色曲线。这条曲线将泳道的背景与电泳条带的光密度分布十分精确地划分开来。
注意：
从理论上来说「Rolling Disk Size」的取值越小，它的去除背景效果越好，当然也不能取太小的值，个人感觉 5～20 是一个比较好的取值范围。
我们可以对每条泳道依葫芦画瓢进行以上类似的背景排除工作。但有时候如果觉得可以使用同样的标准，即相同的「Rolling Disk Size」进行排除，那么我们可以在「Lane Background Subtraction」对话框中选择上方的「All Lanes On（same level）」选项。
然后在「Rolling Disk Size」中填上一个合适的值，点击「Done」按钮确认就可以了。此时，该电泳图片上的所有泳道都以相同的标准进行了背景去除。
