9.16 Cell 揭示选择性启动子在肿瘤中的调节作用

① Cell 揭示选择性启动子在肿瘤中的调节作用

许多基因具有多个启动子，这甚至可以导致相同的基因出现不同功能。癌症科学家缺乏对癌基因中选择性启动子（alternative promoter）的全面调查，以及不同的启动子是否会导致癌症患者临床行为的差异。

在一项新的研究中，来自新加坡基因组研究所（GIS）等研究机构的研究人员设计出一种名为 proActiv 的专用软件，用于在全基因组范围内检测被激活的启动子，即活化启动子。proActiv 中的基础算法适用于 RNA 分析数据，该数据通常由全球数百个研究癌症的实验室产生。

他们将 proActiv 应用于从 1.8 万多个癌症样本中收集的大量公开数据，并发现癌基因中的启动子经常不同于未患癌症的人体中的基因启动子。他们还发现了与癌症患者存活率相关的特定活化启动子，这代表了一类新的生物标志物。

原文检索：A Pan-cancer Transcriptome Analysis Reveals Pervasive Regulation through Alternative Promoters

② PNAS：帕金森病并不是一种朊病毒病，而是一种淀粉样变性病

近年来，神经科学家一直在争论朊病毒样活性是否会损害帕金森病患者的大脑。然而，在一项新的研究中，在经过详尽分析后，日本研究人员报道没有证据表明错误折叠的可传播的蛋白持续存在于帕金森病中。

研究人员通过使用微束 X 射线衍射来研究样本，发现帕金森病具有与阿尔茨海默病相同的特征，其中在阿尔茨海默病中存在淀粉样蛋白组成的胶状斑块。Araki 及其同事们写道，「我们的发现支持帕金森病是一种淀粉样变性病（amyloidosis）的概念，这是一种以α-突触核蛋白淀粉样原纤维聚集为特征的疾病。」

原文检索：Parkinson’s disease is a type of amyloidosis featuring accumulation of amyloid fibrils of α-synuclein

③ Cell：新方法阻止由于身体免疫反应而造成的肺损伤

卡尔加里大学 Cumming 医学院 (CSM) 的研究人员在 Donna Senger 博士、Paul Kubes 博士和 Stephen Robbins 博士的领导下发现了一种新的方法，可以阻止由败血症和损伤引起的肺部有害炎症。

他们将目标对准肺部的血管内壁，因为他们怀疑那里会出现一个信号，让癌细胞和白细胞停止并聚集在那里。正是在那里，他们发现了炎症过程中存在的一种分子，这种分子可以与白细胞结合，帮助细胞从血液流向组织。只要这些分子存在，白细胞就会继续与它们结合。

「我们发现的分子既能与白细胞结合，也能与某些癌细胞结合，」肿瘤学研究副教授 Senger 说。「我们已经开发出一种方法来阻止白细胞结合并进入组织。现在，我们希望找到一种方法来防止癌细胞扩散到这些器官。」

原文检索： Dipeptidase- 1 Is an Adhesion Receptor for Neutrophil Recruitment in Lungs and Liver

④ PNAS：揭示新生小鼠心脏再生之谜

长期以来，心脏病患者寻求的圣杯一直是一种再生健康心脏组织的方法，但到目前为止，重建受损心脏所需的基本构件仍然难以找到。

如今，在一项新的研究中，来自美国德克萨斯大学西南医学中心的研究人员揭示了在目前已知在受伤后重新长出大部分心脏组织的唯一哺乳动物-新生小鼠-中心脏再生的分子机制。

在这项新的研究中，这些研究人员确定了参与这种再生过程的基因、它们的蛋白产物和一系列细胞，包括来自免疫系统的巨噬细胞。这一进展可能有朝一日提供治疗患病的人类心脏的方法。

原文检索：Mechanistic basis of neonatal heart regeneration revealed by transcriptome and histone modification profiling

⑤ Cell：在关键时间窗口内靶向激活 PV 神经元有望治疗精神分裂症

尽管诱发过程发生得更早，但精神分裂症在成年早期出现，这表明它可能涉及易感个体大脑发育后期期间的病理转变。

在一项新的研究中，通过使用精神分裂症的遗传小鼠模型，来自瑞士弗雷德里希米歇尔研究所（FMI）的 Pico Caroni 及其研究团队发现与人类患者一样，特征性的网络和认知缺陷仅在成年小鼠中出现。

他们随后发现在青春期后期和成年期之间的过渡期间，在 6～10 天内，用常见的抗精神病药物或特异性的 PV 神经元遗传激活剂针对海马体 PV 神经元网络进行重复治疗，可以完全和持久地挽救网络功能障碍，以及成年精神分裂症小鼠的认知缺陷。

原文检索：Long-Lasting Rescue of Network and Cognitive Dysfunction in a Genetic Schizophrenia Model

⑥ Nature 揭示小鼠早期胚胎发育过程中全胚层时空分子谱系

国际权威学术期刊 Nature 在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心/生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组、中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东课题组与中国科学院广州生物医药与健康研究院彭广敦课题组共同合作的最新研究成果。

研究首次构建了小鼠早期胚胎着床后发育时期高分辨率时空转录组图谱，揭示了小鼠胚胎多能干细胞的分子谱系和多能性在时间和空间上的动态变化及其调控网络，并首次从分子层面揭示了内胚层 (Endoderm) 谱系在上胚层 (Epiblast) 产生前新的谱系来源，阐释了 Hippo/Yap 信号通路在早期胚胎发育期间参与内胚层发育的重要功能。

这项工作为理解胚层谱系建立及多能干细胞的命运调控机制，提供了翔实的数据和崭新的思路，是对经典发育生物学层级谱系理论的重大修正和补充，将极大推动早期胚胎发育和干细胞再生医学相关领域的发展。

原文检索：Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo

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