细菌、垃圾和跳跃的基因：最新一期的《基因组生物学》现已上线

在上个月的特刊之后，基因组生物学花了11月的时间来排毒表观基因组学。相反，我们一直在回答这样的问题:你的皮肤微生物群对伤口有什么反应?如果所有这些产生非编码rna的基因组片段都不是垃圾，那么它们的功能是什么?CpG岛启动子与染色质状态有什么关系?(我猜排毒是不彻底的。)

如果垃圾DNA有一个好的候选，那么内源性逆转录病毒(或ERVs)一定是它。这些可移动的元素从基因组的一个位跳到另一个位，似乎只对自己的增殖感兴趣。他们只知道如何复制和粘贴自己，所以他们有什么用呢?但《基因组生物学》编辑委员会成员约翰·里恩(John Rinn)曾被《大众科学》(PopSci)总结为“中途辍学的溜冰鼠变成了王牌生物学家”，他提出，ERVs实际上可能对推动基因组的有益变化很重要。

里恩是lncRNA (long non-coding RNA)方面的专家，他提出了这样一个问题:ERVs是否可能在lncRNA进化过程中发挥作用?里恩和他的博士后大卫·凯利(David Kelley，基因组生物学非常受欢迎的文章《QUAKE》的作者)一起发现，基因组中的lncRNA位点确实在ERVs中得到了丰富，尤其是在调控区域，这表明ERVs可能负责打开或关闭lncRNA转录本。《经济学人》的一篇专题文章对这项工作进行了详细介绍，其中对一种被称为HERVH的ERV进行了特别有趣的观察，这种ERV在lncrna的转录调控中发挥了重要作用，尤其是在干细胞中。

这些都很有趣，但是我们是否已经把问题向前移动了一步?ERVs可能在调节lncrna方面有用，但如果它们不编码蛋白质，那么所有这些lncrna的意义何在呢?即便是克里斯•梅森(Chris Mason)精彩的中心教条修订版(参见我们的观点文章)，也无法真正回答这个问题。虽然我们已经知道单个lncrna有多种多样的功能，但有一种理论希望赋予它们全部的功能:有争议的、可能改变范式的ceRNA假说。ceRNAs是RNA转录本，可以通过竞争有限的共享mirna来交叉调节彼此的丰度，这种行为独立于RNA可能具有的任何蛋白编码功能。少数具体的例子已经发表，但尚不清楚ceRNAs是普遍存在的现象，还是仅仅局限于少数转录本的怪癖。

Ana Marques, Chris Ponting(也是编辑委员会成员)和同事们想知道ceRNA假说是否可以解释在哺乳动物基因组中保留的许多伪基因，这些伪基因本应该是垃圾。他们寻找证据，证明这些伪基因中的一部分，即那些已经失去了蛋白编码功能的基因，可能还保留着非编码信使rna的功能，从而通过自然选择得以保留。

在这个问题的其他部分，Ben Lehner展示了转录相关的组蛋白修饰在有和没有CpG岛启动子的基因之间的差异;一项调查监测表面和深层的皮肤微生物群落后，表面损伤;对2007年至1937年分离出的肺炎球菌的分析追踪了PMEN1耐多药菌株的出现。微生物的耐药性当然是进化的快车道，让lncrna和erv远远落在后面。