要怎么像剥洋葱皮一样来分析信号通路呢?说不定有新收获呢……
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信号通路其实是极其复杂的,在信号通路的研究中,不光要考虑信号的传递,可能还需要考虑到比如蛋白的互作,或者转录调控,或者转录后调控等问题。于是夏老师给你们找了这么个神奇工具:
SignaL,这个工具是个多层次的信号通路查询工具,大概就像是这样的洋葱圈一样:
通过信号通路,分析信号通路的调节物质,然后分析相关的翻译后修饰,再向外分析定向的蛋白互作,转录调节等等,就是将信号通路的相关性逐渐扩大,像是洋葱皮一样,一层一层又一层。这是一个比较常见的,对已知条件进行进一步扩展思路的方法。
比如我们搜一个VEGFR2:
对于通路和通路的调节,就能显示出这样的Network图。在图例上选择可见和不可见的眼睛按钮,可以扩展显示出周变涉及的基因:
比如分析一下VEGFR2相关的定向蛋白互作等等:
每个Node与VEGFR2的互作,都会在左侧详细显示,包含GO语义学分析,数据库以及PubMed:
当然,通过这些信息,可以直接链接到相对应的数据库:
通过SignaL,我们能从信号通路开始进行发散,找到可能对应的线索,又或许是一个新的课题也说不定。有兴趣就自己去尝试下吧……可以自己去百度上下搜一下。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明眼亮。
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