原理
如本方案所述,λ 噬菌体 DNA 可很容易地从液体培养物中纯化出来。而前一个方案则阐述了从平板裂解物中纯化 λ 噬菌体 DNA 的方法。一般来说,λ 噬菌体在液体培养物中的生长不如平板裂解物中的。
材料与仪器
噬菌体重组子 大肠杆菌
氯仿 乙醇 高盐缓冲液 Tris-Cl NaCl EDTA 异丙醇 低盐缓冲液 酚:氯仿 SM TE TM
NZCYM 培养基 Sorvall SS-34 转子或相当型号 硼硅酸盐巴斯德吸管 Elutip-d 柱 水浴或加热设备 Whatman DE52
氯仿 乙醇 高盐缓冲液 Tris-Cl NaCl EDTA 异丙醇 低盐缓冲液 酚:氯仿 SM TE TM
NZCYM 培养基 Sorvall SS-34 转子或相当型号 硼硅酸盐巴斯德吸管 Elutip-d 柱 水浴或加热设备 Whatman DE52
步骤
一、材料
1. 缓冲液和溶液
氯仿
乙醇
高盐缓冲液(20 mmol/L Tris-Cl (pH 7.4),1.0 mol/L NaCl,1 mmol/L EDTA (pH 8.0))
异丙醇
低盐缓冲液(20 mmol/L Tris-Cl ( pH 7.4),0.2 moI/L NaCl,1 mmoI/L EDTA (pH 8.0))
酚:氯仿(1:1,V/V)
SM
TE ( pH 8.0)
2. 培养基
NZCYM 培养基
3. 离心机和转子
Sorvall SS-34 转子或相当型号
4. 专用设备
硼硅酸盐巴斯德吸管
Elutip-d 柱(Schleicher&Schuell)
预置于 47℃ 的水浴或加热设备
Whatman DE52
5. 载体和菌株
噬菌体重组子,生长于菌苔且完全独立的单个噬菌斑
大肠杆菌,单个的完全独立的生长于平板上的菌落
二、方法
1. 用硼硅酸盐吸管从平板上挑取一个完全独立的单噬菌斑,溶于含一滴氯仿的 1 ml SM 中,于一无菌小聚丙烯管中 4℃ 放置 4~6 h,使噬菌体颗粒从顶层琼脂糖中溶解出来。
2. 在一 25 ml 的离心管中,将 0.5 ml 噬菌体悬浮液(约 3X106 个噬菌体)与 0.1 ml 过夜培养细菌混匀,37℃ 温育 15 min。
3. 加入 4 ml NZCYM 培养基,37℃ 剧烈振荡培养约 9 h。
4. 在培养物中加入 0.1 ml 氯仿,37℃ 继续剧烈振荡培养 15 min。将裂解物转移至一 5 ml 聚丙烯离心管中,4℃、800 g ( 2600 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 10 min。
5. 将上清转移至一新鲜的离心管中,经 4℃、4000 g ( 5800 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 10 min 去掉细胞碎片。在这一步可留出小量清亮的裂解物组分作为噬菌体原种溶液,加入小量氯仿后于 4℃ 保存。
6. 取 10 ml 2:1 的 DE52 树脂悬液,转入一新鲜离心管中。室温 500 g ( 2000 r/min 于 SorvaIl SS-34 转子中)离心 5 min 沉淀树脂,去上清后将离心管置于冰浴中。
7. 将 DE52 重新悬浮于清亮的 λ 噬菌体上清中,通过在室温晃动离心管 3 min 使噬菌体颗粒吸附到树脂上。
8. 将 λ 噬菌体上淸/DE52 悬液于 4000 g ( 5800 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 5 min,小心地将上清转移至另一新离心管中,重复离心步骤。每次离心后都去掉沉淀物。
9. 将第二次离心的上清转移至另一新离心管中,用酚:氯仿抽提上清一次,上清中含有 λ 噬菌体颗粒。
10. 将含 λ 噬菌体 DNA 的亲水相转移至一新聚丙烯离心管中,加入等体积的异丙醇。将混合物于 -70℃ 保存 10 min。
11. 4℃、16500 g(12000 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 20 min 收集沉淀的噬菌体 DNA。
12. 倒掉异丙醇,并让残余的也流干。将 DNA 沉淀物风干。
13. 用 2 ml 低盐缓冲液重溶 DNA 沉淀。
14. 用 Elutip-d 柱进行层析以纯化噬菌体 DNA。
15. 在 DNA 洗脱液中加入 1 ml 乙醇,将离心管上下颠倒数次,冰浴 20 min。在微量离心机中离心以去除上清而收集 DNA 沉淀。用 0.5 ml 70% 乙醇冲洗 DNA 沉淀,去上清,然后使 DNA 风干。将 DNA 沉淀溶解于 50 μl TE ( pH 8.0)。
1. 缓冲液和溶液
氯仿
乙醇
高盐缓冲液(20 mmol/L Tris-Cl (pH 7.4),1.0 mol/L NaCl,1 mmol/L EDTA (pH 8.0))
异丙醇
低盐缓冲液(20 mmol/L Tris-Cl ( pH 7.4),0.2 moI/L NaCl,1 mmoI/L EDTA (pH 8.0))
酚:氯仿(1:1,V/V)
SM
TE ( pH 8.0)
2. 培养基
NZCYM 培养基
3. 离心机和转子
Sorvall SS-34 转子或相当型号
4. 专用设备
硼硅酸盐巴斯德吸管
Elutip-d 柱(Schleicher&Schuell)
预置于 47℃ 的水浴或加热设备
Whatman DE52
5. 载体和菌株
噬菌体重组子,生长于菌苔且完全独立的单个噬菌斑
大肠杆菌,单个的完全独立的生长于平板上的菌落
二、方法
1. 用硼硅酸盐吸管从平板上挑取一个完全独立的单噬菌斑,溶于含一滴氯仿的 1 ml SM 中,于一无菌小聚丙烯管中 4℃ 放置 4~6 h,使噬菌体颗粒从顶层琼脂糖中溶解出来。
2. 在一 25 ml 的离心管中,将 0.5 ml 噬菌体悬浮液(约 3X106 个噬菌体)与 0.1 ml 过夜培养细菌混匀,37℃ 温育 15 min。
3. 加入 4 ml NZCYM 培养基,37℃ 剧烈振荡培养约 9 h。
4. 在培养物中加入 0.1 ml 氯仿,37℃ 继续剧烈振荡培养 15 min。将裂解物转移至一 5 ml 聚丙烯离心管中,4℃、800 g ( 2600 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 10 min。
5. 将上清转移至一新鲜的离心管中,经 4℃、4000 g ( 5800 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 10 min 去掉细胞碎片。在这一步可留出小量清亮的裂解物组分作为噬菌体原种溶液,加入小量氯仿后于 4℃ 保存。
6. 取 10 ml 2:1 的 DE52 树脂悬液,转入一新鲜离心管中。室温 500 g ( 2000 r/min 于 SorvaIl SS-34 转子中)离心 5 min 沉淀树脂,去上清后将离心管置于冰浴中。
7. 将 DE52 重新悬浮于清亮的 λ 噬菌体上清中,通过在室温晃动离心管 3 min 使噬菌体颗粒吸附到树脂上。
8. 将 λ 噬菌体上淸/DE52 悬液于 4000 g ( 5800 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 5 min,小心地将上清转移至另一新离心管中,重复离心步骤。每次离心后都去掉沉淀物。
9. 将第二次离心的上清转移至另一新离心管中,用酚:氯仿抽提上清一次,上清中含有 λ 噬菌体颗粒。
10. 将含 λ 噬菌体 DNA 的亲水相转移至一新聚丙烯离心管中,加入等体积的异丙醇。将混合物于 -70℃ 保存 10 min。
11. 4℃、16500 g(12000 r/min 于 Sorvall SS-34 转子中)离心 20 min 收集沉淀的噬菌体 DNA。
12. 倒掉异丙醇,并让残余的也流干。将 DNA 沉淀物风干。
13. 用 2 ml 低盐缓冲液重溶 DNA 沉淀。
14. 用 Elutip-d 柱进行层析以纯化噬菌体 DNA。
15. 在 DNA 洗脱液中加入 1 ml 乙醇,将离心管上下颠倒数次,冰浴 20 min。在微量离心机中离心以去除上清而收集 DNA 沉淀。用 0.5 ml 70% 乙醇冲洗 DNA 沉淀,去上清,然后使 DNA 风干。将 DNA 沉淀溶解于 50 μl TE ( pH 8.0)。
来源:丁香实验